设定

第二次世界大战后，日本因为战败而必须将忍者组织废除，然而仍有为数20万的忍者隐藏在现代日本社会的各个角落，执行各种暗杀或秘密任务。这些忍者使用的忍术并非超能力或魔法，而是光学迷彩服和电击棒等科技制品。

剧情大纲

主角云隐九郎是最低阶的忍者，在历经长期失业后，接下渗透进讲谈高中的任务。在他正式潜入前，有位渴望成为忍者的俄罗斯人来到日本，并误以为只要切除三根阴茎就能成为忍者，进而在地方引发骚动。九郎派高中生吉田去探听此事，并辗转击败了那名俄罗斯人，以佐佐魔为首的三位忍者让俄罗斯人成为同伙。在上司加藤的协助下，九郎潜入讲谈高中，和此前潜入的三名忍者会合。击败敌对小组后，九郎和对方的首领打成平手。

那是与我们的地球相似，存在着魔力的世界。二十世纪初，突然出现的敌人“涅洛伊(异形军)”，以压倒性的武力与瘴气的污染大举入侵。人类将唯一的希望寄托在能够驱动魔力机械装置“飞行脚”和“翱翔内裤”、具有魔力的“魔女”们身上;而从世界各国齐集的她们，被称为“强袭魔女”。

小说版“索穆斯没人要中队系列”

1939年，欧洲大陆面临异形军侵略的危机，远离欧陆战场的扶桑皇国决定派遣陆海军的魔女援助欧洲。在皇国近海异形军袭击事件“扶桑海事变”中声名大噪、一跃成为国民英雄的魔女穴拭智子，十分期待自己能被派遣至卡尔斯兰。然而，就任的目的地是欧洲最北境的索穆斯，同伴尽是表现不佳、被各自祖国如同资源回收般送到这里、实力与干劲都低人一等的魔女。集结各国问题儿童、被戏称“没人要中队”的“索穆斯义勇独立飞行中队”，究竟要如何抵挡异形军的威胁?

动画版

1944年，欧洲大陆已殆半沦陷，世界各国纷纷为此筹备反攻作战计划。集结各国素质优异的年轻魔女，联合军第501统合战斗航空团“STRIKE WITCHES”就此成立。在这之中，扶桑皇国出身的宫藤芳佳，因为稀有的强大魔力潜能而被501航空团教官坂本美绪相中。尽管最初因父亲之死而相当排斥参与战争，芳佳在领悟自己的能力可以用来拯救受战火波及的人们以后，带着父亲遗留的飞行脚，加入为人类战斗的行列……