有着血红色头发的高中女生阳子一心想做个好学生，得到周围人的认可。然而在她平静祥和的生活背后却是深沉的压抑与掩饰，一夜夜的梦魇给她带来无尽的烦恼与痛苦。一天，一头金发的男子来到她的面前，把她带入了另一个世界，一个充满未知却仿佛故里的地方。

那里有十二个国家，由十二只麒麟选出十二名国王。麒麟生于失身木，他们顺从天意选出具有王气的人，然后以台辅的身份辅佐国王治理国家。当国王失道的时候，麒麟就会得失道之病最终死去。带走阳子的金发男子即是庆国的麒麟，他认定阳子是王，并誓死效忠。阳子的世界发生翻天覆地的变化，历经磨难和内心的挣扎，她最终站在登基塔上接受了天赦，成为景王！

世界观

十二国记中的神仙和妖魔其原型是出自山海经，其世界观下的文化与政治制度取材自古代中国，特别是周朝十分类似，以专制王朝为基础，但王位不采世袭。

传说原本的世界由九州四夷合称十三州所构成，那时的世界没有条理、战乱不断，天帝一再训诫仍无法感化人民。因此天帝一度毁灭世界，其后以秩序与法度为基础重新创造十三国(地处中心的黄海与蓬山没有专属的王与麒麟，并非实质意义的一国，因此大多时候以十二国表示)，只留下五个神及十二个人，五名神祉成为龙神各自守护世界中心“黄海”的五山，此处也是西王母主宰的领域。十二个人各自获得长著三颗果实(民间说法是桃子)、有蛇缠绕其上的树枝。蛇离开了树枝便撑开了天地，三颗果实落下代表土地、国、玉座，剩下的树枝则成为了笔。蛇是太纲(天纲)、土地乃户籍、国是律令、玉座即为仁道(麒麟)、笔则是从今往后的历史。此十二国分配给十二个王统治，每国各有一只神兽麒麟依从天意选择王。每个国家均有九州，各州侯由王分封。

王、麒麟拥有神籍，与其他称为仙籍的系统做区隔，但统称为神仙。基本官吏包含国官州官不分文武均登入仙籍，即为数量最多的地仙，此外还有自我修练成的飞仙、隶属天界的天仙等，身体能力虽随仙的等级略有差异(伯位以上有严谨的资格与数量限制)，例如非胎果前往蓬莱要降低自身扭曲必须是伯位以上的仙人(非胎果的麒麟也要在王身边才能维持型体、发出声音)，但至少都能不老、不生病、饿不死、听懂山客海客语言。除非被冬器斩首或身体被截成两段外，基本上是长生不老的。一国的王有权赋予或剥夺源自该国的仙籍，例如现任采王黄姑在与翠微君交涉时便曾提到此事。若王不依从天意治国，悖离仁道，麒麟就会染上失道之症，衰弱直至死亡，解方只有王改过自身或向天帝请求退位（至蓬山请求退位后会立即身亡）。而麒麟死后，王也会随之在一年之内死亡。

与其他奇幻小说的世界设定不同，十二国的世界中除非得到他国王或朝廷（若王不在位时）的同意，不得干涉他国内政或向他国出兵，否则该国的王和麒麟均会暴毙死亡，而且御壐上的国氏亦会改变，为觌面之罪，是一种非常重大的罪行。而这并不在成为王时被告知的规范之内，是由于前人触犯才为后人所知，因此后世的王为避免触犯未明说的天帝规范，而有了前往蓬山寻求碧霞玄君协助的作法。西王母是神，对黄海以外的凡人事物基本保持不接触、不干涉的立场，仅能借助碧霞玄君的中介才可能获得祂的解答或帮助。例如请示多国合作将失去角的泰麒穿过蚀接回来的方案是否违规，协助净化泰麒、分离污秽的使令与女怪并另行净化。

本作首次将高达系列的舞台放到了名为“宇宙纪元”的世界中，在这个时空下，人类分为在地球土生土长的“自然人”以及被称为“调整者”的基因改造人类。故事剧情的主要矛盾冲突由自然人对调整者的能力的嫉妒和憎恶派生，进而产生仇恨，最终几乎所有调整者都移民到了外太空，在由他们自己设计名为P.L.A.N.T.的巨大轨道空间殖民地内，自号为“P.L.A.N.T.”并过着田园诗般的生活。但是地球和P.L.A.N.T.之间最终还是爆发了战争。

地球分为两个主要派系：“地球联合”由大多数自然人国家组成，主要是欧亚联邦和大西洋联邦，以及一个被称为“蓝色宇宙”的自然人至上主义团体，其口号是“为了保护我们的蓝色和纯净的世界”。“地球联合”不是一个统一的联盟，各民族国家之间存在着各种内斗和不信任；第二个主要的地球国家是欧普联合首长国，一个坚定的政治中立和孤立主义国家，位于由世袭君主制统治的小太平洋岛屿上，而且其公民中包含有部分调整者。

在故事开始前，发生了两件大事，其一是被称之为“血之情人节”的悲剧。事件中，隶属于P.L.A.N.T.的一个空间殖民地“尤尼乌斯7号”被地球联合的核弹摧毁；其二是P.L.A.N.T.发起了反击，将中子干扰器深埋在地壳中，使所有的核反应、远程雷达和无线电都被干扰而不能运作，进而导致地球大部分地区没有电力和通信，并使得机动兵器需要依赖可充电电池来驱动。

P.L.A.N.T.是一个技术强国，尽管人口非常少，但是开发了许多新技术使得能够与地球方面相匹敌。而对机动兵器的开发使得他们在战争开始时占尽优势。

故事开始于中立的欧普联合所拥有的太空殖民地赫立奥波利斯，秘密开发了5台先进的机动战士，用于投入地球联合的部队，以换取他们的技术数据与中立的欧普联合军队进行共享。此外，赫立奥波利斯还为地球联合军建造了一艘独特的航母战列舰——“大天使”号作为5台机动战士的母舰。该殖民地遭到调整者军队扎夫特部队的攻击，其目的是窃取新型的机动战士。在扎夫特军入侵期间，一名欧普联合的学生，同时也是调整者的基拉·大和在看到朋友处于危险之中时，驾驶GAT-X05“突击高达”以抵挡入侵者，但在随后的战斗中，殖民地遭到严重破坏。随着赫立奥波利斯的解体，幸存者们登上了“大天使”号，开始了他们前往阿拉斯加地球联合基地的旅程。在前往阿拉斯加的旅程中，基拉驾驶突击高达击退了一系列来自扎夫特军的袭击，但在与他童年好友阿斯兰·萨拉的一次战斗中，双方差一点都被对方击杀。基拉在袭击中幸存下来，并由一名盲人牧师带到一个P.L.A.N.T.太空殖民地，在调整者家中修养。在此期间，大天使号抵达了阿拉斯加，但是扎夫特军对那里发起了全面攻击，压倒性的击退了地球联合部队。

在地球联合即将溃败的时候，基拉驾驶ZGMF-X10A“自由高达”前往阿拉斯加，这是一台搭载有高度先进的核动力和反中子干扰器的扎夫特机动战士，由P.L.A.N.T.最高评议会主席西盖尔·克莱因的调整者女儿、P.L.A.N.T.流行歌星拉克丝·克莱因授意偷走。利用自由高达，基拉结束了扎夫特和地球联合两军之间的战斗，但阿拉斯加基地随后还是被摧毁了。大天使号最终逃亡了中立国欧普联合。最终大天使号和新造舰“草薙”号离开地球进入太空，之后他们与拉克丝·克莱因领导的P.L.A.N.T.反对派和他们窃取的扎夫特军新造战舰“永恒”号（原本用于支援扎夫特军造机动战士用）汇合，共同组成“三舰同盟”以结束自然人与调整者之间战争的共同目标。在冲突中，阿斯兰得知基拉幸存下来并依照命令追捕他以夺回自由高达，与此同时获得了同样强大的原型机动战士ZGMF-X09A“正义高达”。然而，在得知作为P.L.A.N.T.最高评议会激进派领导人的父亲帕特里克·萨拉计划实施种族灭绝之后，阿斯兰抛弃了他的父亲并加入了“三舰同盟”。在最终战斗中，地球联合部队部署了装备有中子干扰器对消技术的核武器，该技术是从自由高达和正义高达动力系统的被盗数据中复制而来的。地球联合部队打算用核武器摧毁P.L.A.N.T.太空殖民地，但被扎夫特的创世纪阻止，这是一种搭载有微波激光器的超级武器，旨在对自然界进行种族灭绝。在三舰同盟的干预下创世纪最终被击毁并结束了战斗。随着和平条约的签署，战争最终结束。