一直都过得很平凡，不管是运动还是读书都差强人意，绝对无法成为第一名的普通人——斋藤，被召唤到了异世界。即使在异世界，斋藤也绝非是特别的，一点都不强。但在与超有个性的伙伴一起挑战攻略迷宫的过程中，告诉严重健忘的魔法师咒语、用身体当盾来保护小妖精、将针对敌人的合适武器拿给战士，他逐渐成为了队伍当中不可或缺的存在。

坐落于日本南方的丰饶岛屿，南十字岛。某天夜晚，一位名叫特纳西·塔科特的少年来到了这座岛屿上。这个独自从大陆游来的少年，进入岛上的南十字学园高中部学习。性格开朗向上的他遇到了像扬卷·和子、新藤·须方等充满个性的学生并与他们深入交流。但是，这个南十字学园隐藏着巨大的秘密。沉睡于地下的，巨大的人型像“赛巴迪”。围绕着这20多个巨像，人们都抱负着各自的秘密。自称“绮罗星十字团”的谜之秘密结社在暗中活跃，以及巫女们的歌声，还有塔科特自身也抱有着巨大的秘密…。

以被蓝天大海包围的南国之岛为舞台，有爱情、梦想、友情的‘青春的讴歌’，在此掀幕！

特殊用语

银河美少年

与塞巴迪一体化的驭星者（广义来说少年有包括女性的意思，故女性亦会被称为银河美少年）的称呼。由于只有真正印记的持有者才可在第三阶段以后驯化塞巴迪，因此亦有针对真正印记的持有者的意味。

目前已知的真正印记持有者有特纳西·塔科特（ツナシ?タクト）以及绮罗星十字团（綺羅星十字団）第2队放逐时代（バニシングエージ）的全部成员。

塞巴迪（Cybody）

外表似巨大的机器人，且只有被选上的人才能操纵。每个塞巴迪都有着不同的外貌、能力。

被选上的人，可以借由“驯养（Apprivoiser）”进入塞巴迪体内，操纵塞巴迪。操纵塞巴迪的条件是要有印记，在诞生时，印记会出现在胸前，印记会在驯养时发光，借此出入零时间。

在南十字岛中央，旧时金矿开采场地底深处，有许多巨大的谜之石像，这些石像是被四方巫女封印住的塞巴迪。

塞巴迪还能细分为王、巫女和战士三种。（Tauburn虽归类于战士，不过却是个特殊的存在，每次登场都从零时空间外侧进入，第22话证明是唯一一台为地球人建造的Cybody）

事实上除了王－－札麦克以外，所有的塞巴迪都是为了封印“札麦克”而存在的

阶段

用以决定塞巴迪和其Driver的状态。

最开始每个塞巴迪的Driver都处于第一阶段，会依据解除的巫女封印来决定每个Driver是进入第几阶段。例如解除气多的巫女（気多の巫女）封印的话，则所有Driver都会进入第二阶段。

唯一例外的是特纳西·塔科特（ツナシ?タクト），在解除气多巫女的封印的时候，只有他进入第三阶段。

若是塞巴迪因为战斗等原因被破坏的话，不是银河美少年的Driver将会失去各阶段的能力。举例来说，剧中品田·红绪（シナダ?ベニオ）因巍≮ーシェント被破坏，于是失去自己第一阶段能力－－“操纵亲吻过的对象”；但ケイ?マドカ的ヘーゲント被破坏后，自己依旧能使用其第一阶段能力。

另外，解除封印一定要照着气多、日死、ひが日死、皆水的顺序来才行。提前解除其他巫女封印是没有意义的。举例来说，若第一集绮罗星成功解除和子的封印，则大家依旧维持在第二阶段，因为日死和ひが日死的封印还在。

绮罗星十字团（綺羅星十字団）

潜伏在南十字岛的神秘组织。

借由各种研究，利用“电棺”控制塞巴迪，使绮罗星十字团的人即使没有印记，也能操纵塞巴迪。

人员分为6队：

第一队“皇帝”(第23话新藤·须方加入前处于空缺状态)

第二队“放逐时代”

第三队“九重葛”

第四队“成人银行”

第五队“蕊”

第六队“科学公会”

绮罗星十字团团服

绮罗星十字团内的高层干部，例如Driver等的，每人的服装都是自己设计的。

底层团员则全都是清一色样式。

十字团内的不同队员以扑克牌的不同花色加以区分，并反映在其团服上(第二队为黑桃，第三队为红桃，第四队为方块，第五队为草花，第六队则为百搭牌)

绮罗星

绮罗星十字团，互相确认身份所使用的暗号。

动作为右手伸出拇指、食指和中指，放到右眼前，然后喊出“绮罗星”。

电棺（電気柩）

绮罗星十字团所研发出来，让驭星者遥距操纵Cybody的装置。

造型为一类似电梯的物体。让驭星者进入塞巴迪（Cybody）内后插入驭星者的面具即可启动塞巴迪（Cybody）。

每队有一专用的电棺，但传送及连接装置只有一套，故每次只能启动一台塞巴迪（Cybody）。

在绮罗星十字团进入第三阶段前是除了特纳西·塔科特（ツナシ?タクト）以外所有人启动塞巴迪（Cybody）的唯一方法。

进入第三阶段后，没有印记的人，就算使用电棺（電気柩）也无法启动塞巴迪（Cybody），亦因此被海德“没有必要”为理由全部破坏。

本作首次将高达系列的舞台放到了名为“宇宙纪元”的世界中，在这个时空下，人类分为在地球土生土长的“自然人”以及被称为“调整者”的基因改造人类。故事剧情的主要矛盾冲突由自然人对调整者的能力的嫉妒和憎恶派生，进而产生仇恨，最终几乎所有调整者都移民到了外太空，在由他们自己设计名为P.L.A.N.T.的巨大轨道空间殖民地内，自号为“P.L.A.N.T.”并过着田园诗般的生活。但是地球和P.L.A.N.T.之间最终还是爆发了战争。

地球分为两个主要派系：“地球联合”由大多数自然人国家组成，主要是欧亚联邦和大西洋联邦，以及一个被称为“蓝色宇宙”的自然人至上主义团体，其口号是“为了保护我们的蓝色和纯净的世界”。“地球联合”不是一个统一的联盟，各民族国家之间存在着各种内斗和不信任；第二个主要的地球国家是欧普联合首长国，一个坚定的政治中立和孤立主义国家，位于由世袭君主制统治的小太平洋岛屿上，而且其公民中包含有部分调整者。

在故事开始前，发生了两件大事，其一是被称之为“血之情人节”的悲剧。事件中，隶属于P.L.A.N.T.的一个空间殖民地“尤尼乌斯7号”被地球联合的核弹摧毁；其二是P.L.A.N.T.发起了反击，将中子干扰器深埋在地壳中，使所有的核反应、远程雷达和无线电都被干扰而不能运作，进而导致地球大部分地区没有电力和通信，并使得机动兵器需要依赖可充电电池来驱动。

P.L.A.N.T.是一个技术强国，尽管人口非常少，但是开发了许多新技术使得能够与地球方面相匹敌。而对机动兵器的开发使得他们在战争开始时占尽优势。

故事开始于中立的欧普联合所拥有的太空殖民地赫立奥波利斯，秘密开发了5台先进的机动战士，用于投入地球联合的部队，以换取他们的技术数据与中立的欧普联合军队进行共享。此外，赫立奥波利斯还为地球联合军建造了一艘独特的航母战列舰——“大天使”号作为5台机动战士的母舰。该殖民地遭到调整者军队扎夫特部队的攻击，其目的是窃取新型的机动战士。在扎夫特军入侵期间，一名欧普联合的学生，同时也是调整者的基拉·大和在看到朋友处于危险之中时，驾驶GAT-X05“突击高达”以抵挡入侵者，但在随后的战斗中，殖民地遭到严重破坏。随着赫立奥波利斯的解体，幸存者们登上了“大天使”号，开始了他们前往阿拉斯加地球联合基地的旅程。在前往阿拉斯加的旅程中，基拉驾驶突击高达击退了一系列来自扎夫特军的袭击，但在与他童年好友阿斯兰·萨拉的一次战斗中，双方差一点都被对方击杀。基拉在袭击中幸存下来，并由一名盲人牧师带到一个P.L.A.N.T.太空殖民地，在调整者家中修养。在此期间，大天使号抵达了阿拉斯加，但是扎夫特军对那里发起了全面攻击，压倒性的击退了地球联合部队。

在地球联合即将溃败的时候，基拉驾驶ZGMF-X10A“自由高达”前往阿拉斯加，这是一台搭载有高度先进的核动力和反中子干扰器的扎夫特机动战士，由P.L.A.N.T.最高评议会主席西盖尔·克莱因的调整者女儿、P.L.A.N.T.流行歌星拉克丝·克莱因授意偷走。利用自由高达，基拉结束了扎夫特和地球联合两军之间的战斗，但阿拉斯加基地随后还是被摧毁了。大天使号最终逃亡了中立国欧普联合。最终大天使号和新造舰“草薙”号离开地球进入太空，之后他们与拉克丝·克莱因领导的P.L.A.N.T.反对派和他们窃取的扎夫特军新造战舰“永恒”号（原本用于支援扎夫特军造机动战士用）汇合，共同组成“三舰同盟”以结束自然人与调整者之间战争的共同目标。在冲突中，阿斯兰得知基拉幸存下来并依照命令追捕他以夺回自由高达，与此同时获得了同样强大的原型机动战士ZGMF-X09A“正义高达”。然而，在得知作为P.L.A.N.T.最高评议会激进派领导人的父亲帕特里克·萨拉计划实施种族灭绝之后，阿斯兰抛弃了他的父亲并加入了“三舰同盟”。在最终战斗中，地球联合部队部署了装备有中子干扰器对消技术的核武器，该技术是从自由高达和正义高达动力系统的被盗数据中复制而来的。地球联合部队打算用核武器摧毁P.L.A.N.T.太空殖民地，但被扎夫特的创世纪阻止，这是一种搭载有微波激光器的超级武器，旨在对自然界进行种族灭绝。在三舰同盟的干预下创世纪最终被击毁并结束了战斗。随着和平条约的签署，战争最终结束。