作品以爱情来临前的孤独——“孤悲”来呈现“恋爱”的主题。梅雨时节，以成为鞋匠为目标的高中生秋月孝雄与神秘的女性雪野百香里，在雨中的新宿御苑中相遇。故事以女性留给少年的一段《万叶集》诗句为契机，就此开展……

故事以15岁高中生，秋月孝雄翘课来到新宿御苑内为开端，此时的东京随着入梅而开始进入雨季。喜欢雨季的孝雄为自己规定仅在雨天的上午翘课，他以成为制鞋师为目标，到庭院内来也是思考设计鞋子并画出草图。这一次孝雄在亭子里与神秘的女性雪野百香里邂逅，27岁的她翘班来到庭院内饮酒并配以许多种类的巧克力，有时她也会看书。在雪野注意到孝雄的校服后转身离去，留下了一首让孝雄不解的、出自《万叶集》的短歌。自此以后，雨季早晨的新宿御苑内的那座亭子便成为他们二人短暂交谈的地点，两人逐渐产生超越年龄的情愫。

为了表明对雪野的情意，孝雄开始专心于打工赚钱，并打算制作一双与雪野的脚相同尺寸的鞋。然而，随着雨季的结束，两人之间也逐渐浮现许多阻碍。暑假落幕后，孝雄意外在学校遇到雪野，发现她是校园里任教古文的教师，与此同时雪野因为校园女学生相泽造谣毁谤陷入困境，导致孝雄为了替雪野抱不平而和同校学生爆发肢体冲突。两者再约雨亭相谈期间，天气骤变成暴雨，雪野带着孝雄返回自己居住的公寓稍作歇息，孝雄鼓起勇气向雪野表白，但因为后者特意回避的举动，让按耐不住心绪的孝雄向她喊出内在的心声，终使得雪野不再逃避自己的内心，感谢对方让她拥有再度向前的勇气，紧抱着孝雄放声大哭。

故事近尾声，雪野因为无法再承受校园学生的造谣毁谤，辞去教职离开东京后，返回故乡四国的学校任教。孝雄因为多度翘课造成学业成绩受影响，仍为了成为制鞋师的梦想在课余打工赚钱。最终孝雄于冬季飘雪的日子收到雪野报备近况的来信，再次抵达两人曾经交谈的亭子，留下亲手制作的女鞋，离去之际期盼著未来能和雪野再次相会。

公元2195年，谜一般的兵器群“木星蜥蜴”突然出现，并以压倒性的战斗力占领了火星的殖民地以及月球的背面。地球的各地均有被称为“郁金香”的母舰降落。与此同时，民间企业尼尔加重工(ネルガル重工，NERGAL)完成了实验战舰ND-001抚子号(ナデシコ，Nadesico, 纳迪斯高/力高号)的建设。

即使是对着木星蜥蜴的兵器，装备在抚子号上的兵器依然具有技术上的优势，包括扭曲力场(Distortion Field)防护罩以及重力波炮，使得抚子号成为了当时唯一能与木星蜥蜴抗衡的战舰。在人员的任命上，由于采取了“能力一流，不问性格”的选拔方针，结果使得整艘舰的工作人员都是些有点“特殊性格”的人。

火星出生的主角天河明人，在一次偶然的机会遇见了儿时玩伴御统百合香。想再次与百合香相会的明人，一直跟在她的后面，并意外地登上了准备出港的抚子号。其后明人虽然被聘请为抚子号的厨师，但却发生了一些意外，使得明人要驾驶舰载的机动兵器艾斯特巴利斯(Aestivalis)进行战斗……

本故事就讲述一班在抚子号上的成员的经历，他们一方面和木星蜥蜴作战，另一方面又要在地球政府吞并的压力下力求独立自主，而他们随着不断的战斗，渐渐揭开隐藏在背后的惊人事实真相……

憧憬都市的异常事件的少年龙之峰帝人因为青梅竹马纪田正臣的邀请，决定进入来良学院读书。

正臣告诉他，在池袋生活千万不能与特殊的几个人为敌，特别是不良青年平和岛静雄和经营情报屋的折原临也这两人。还有，有着奇妙的组织体系、正体不明的街头暴力组织“DOLLARS”。

到达池袋的第一天，对正臣的话语感到不安的帝人所目击的，正是驾驶漆黑摩托车的都市传说“无头骑士”……。

不止连续在道路发生的事件，池袋街头暴力组织“黄巾贼”的出现，让池袋的街道渐渐崩坏——。