鸣海孝之是一位面临考试的三年级学生，每天平平凡凡地生活。他与死党平慎二及水泳部主将速濑水月一直是好友的关系。后来他认识了一直对他有好感的凉宫遥。在速濑水月穿针引线下向孝之表白成功。

同样喜欢孝之的正是他的好朋友速濑水月，她知道孝之和凉宫遥开始恋爱后变得迷失。在暑假结束的一天，当孝之正赶往与凉宫遥约会途中遇到速濑水月，她以生日的借口希望孝之买一只戒指作为生日礼物，怎知这就是恶梦的开始：当孝之来到与凉宫遥的约会地点时，看到一个已经在处理中的伤害现场以及染血的蝴蝶结，那人就是为了等待迟到的鸣海孝之而遇上车祸的凉宫遥。

三年后，孝之放弃大学深造而成为餐厅侍应，水月放弃游泳而成为OL，两人过着同居生活。一天孝之收到凉宫遥苏醒的消息，但凉宫遥的记忆还停留在三年前，孝之、水月及凉宫遥的家人欺骗凉宫遥，说她在昨天遇到车祸。孝之在这三年里仍然无法忘记凉宫遥，正面临影响三人命运的交叉点。由于电视动画版是依据游戏版水月路线的结局，2007年推出OVA版(游戏中凉宫遥结局)。

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在许多的百合动画之中，少数比较深入讨论女同性恋的课题的一个。其它大部分都是以同性友情来带过，而不像本作能够那么直截了当，而且十分深入地描写到她们的心理。

漫画版及动画版的结局部分都各留下令人遐想的空间

漫画版内容较为严肃，动画版在情感的铺陈上较深刻。

本作题作的构成元素包括日常学园、日本古代神话、巫女、法术、武术格斗、机器人战斗等很多元素，在选材上采取的方向相当特殊。

远古之神"大蛇"企图灭世，因而产生了两位救世巫女。两位巫女经由不停的轮回转世，相遇后以两人之力封印住大蛇。而原本只是普通高中生、却是"日之巫女"的转世"来栖川姬子"以及"月之巫女"的转世"姬宫千歌音"，为了再次封印大蛇，不得不想办法召唤传说中的剑神"天丛云"。大蛇的八个仆人们（人性的八个黑暗面）为阻止两人召唤天之丛云，而屡次对她们发动袭击；这时，原本应该是大蛇之一顺序七的"大神相马"因为暗恋姬子已久，而背叛了大蛇的意志，屡次地拯救她们，但却又引发了另一场风波。不停轮回的两人，无法分离的命运，这是身为“神无月之巫女”的命运。

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