故事背景以日本的明治末期作为舞台，描述天才歌人石川啄木与同乡好友金田一京助为了揭开东京（江户）悬疑事件进行的侦探调查。故事随处可见当代文学新星汇聚“菊乳舍”清谈。

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成长于和平国罗贝塔的伊蕾娜十分喜爱短篇小说集《妮可冒险记》，更被书中主角魔女妮可所吸引，于是立志长大后要成为魔女，像妮可一样出去周游列国。后来，伊蕾娜以十四岁之龄通过了魔术测验，但没有魔女愿意收她为徒，直至遇见“星尘魔女”芙兰才得以成为学徒。修行过后，芙兰赐予了伊蕾娜“灰之魔女”的称号，并离开了罗贝塔。

满师后的伊蕾娜得到家人的认可，开始周游列国。身为旅人的她，在漫长的旅途中，总会与形形色色的人们邂逅，接触他们的日常生活，又或是被卷入某些事件。魔女日复一日的旅程，编织出相逢与离别的故事。

上杉炼和姐姐上杉美鸠是在家庭暴力及单亲的恶劣家庭环境下长大的。姐姐和炼为了脱离父亲的暴力，离家出走来到了七滨市。因为没有钱，所以在城市里生活非常艰苦。但是，意想不到的有一天被久远寺家的大小姐看中了……于是姐姐成了女佣，“炼”成了管家，开始在这里工作……

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