中央线版

作品名为“奇迹列车~欢迎来到中央线~”，此为本系列的第一版本。本次角色包括东京、新宿、中野、立川及吉祥寺5站以主。中央线版推出过小说及漫画，动画则只是1集OVA。

大江户线版

作品名为“奇迹列车~欢迎来到大江户线~”，此为本系列最新的版本。本次角色包括都厅前、新宿、六本木、汐留、月岛及两国6站以主。

本次也推出过小说及漫画，但另外更有13集动画。

故事设定

大江户线列车外观，使用了都营12-000型4号车作为蓝本。但是，在车厢内却是使用1号车的装修。但是，对于喜欢1号车的车掌（12号）来说，4号车的外观也无所谓。

整列车最前头的地方是驾驶室，也是车掌的房间。但是，除了德川、六本木、月岛之外的人，也不知道里面的内容。在第7话中，看见车掌在房间内穿着浴衣出来，也是令全体唯一知道的内容。

在最后一集，也只有一个独立的场景给予六本木及月岛进去。

当一个女性遇上麻烦的地方，当经过票务机，就会自动派入奇迹列车之内，直至由“车站”完成任务为止。虽然是只给予女性，但是也有误乘的问题（第9集是男性乘坐的）。当然，在故事设定中，车务员小明也是其中一个遇上麻烦的女性。

除了车掌12号之外，其他人也不可以给予命令式行动。

这个春天就要进入高中的广岛少年桐岛青大家里，出现一位来自东京且从没见过的少女枝叶柚希寄住在他的家里，并且跟青大上同一所高中。然而事情不如青大所想那么顺利，除了要照顾老是搞砸事情的柚希外，还常常无意中被柚希故意肢体碰触告白；从那天开始青大每天都一直被自由奔放且笨手笨脚的柚希的行动所困惑着。然而原本从国中开始直到高中就对同班女同学神咲七海有着好感的青大，却在柚希即将离开广岛回东京前夕开始渐渐地开始喜欢柚希了。知道了青大想法的柚希在离开广岛后会怎么样呢？而青大跟神咲七海的关系又会产生什么变化呢？

每集列表

时间是2019年的夏天，“口袋电脑”变得普及，扩张现实亦已成为普遍现象。中央种子岛高中的“机器人研究社”面临着即将废社的危机。社内仅有的两名社员之一的八汐海翔在这样的情况下，依旧对机器人社提不起兴趣，整天猛玩机器人格斗游戏。而莽莽撞撞的社长－“濑乃宫秋穗”以完成“巨大机器人”为目标，为了避免被废社而奋斗着。

就在这样的某日，海翔发现名为“君岛报告”的 A.R.标注。里面记载一位名为君岛孝的人物，揭发一项将世界卷入其中的巨大阴谋。

本作是继《CHAOS;HEAD》和《Steins;Gate》之后，5pb.和Nitro+的协作企划“科学ADV系列”的第三部作品。

故事背景位于2019年的种子岛，世界线变动率“1.048596％”，也就是《Steins;Gate》中 TRUE END 的世界线。 因此部分《CHAOS;HEAD》和《Steins;Gate》的角色也会在本作中登场。

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