夜晚。如同逃跑一般奔驰在城市中的藏原走。他的侧面，突然有辆自行车冲来。素不相识的男子，对阿走发问了。 “你喜欢跑步吗?”

男子的名字是清濑灰二。就这样，阿走在灰二的引导下，到达了名为竹青庄的老旧公寓。 9名个性丰富的住民住在那里。阿走来到最后的空房间，虽然感到困惑，却仍然被强行留下。他怎么也没有想到，自己会成为这里的“第10个男人”……。

每集列表

舞台设置

故事舞台位于虚构的见泷原（日语：見滝原／みたきはら Mitakihara）市。城中充斥着可能实现的新科技，因此剧中的现代世界充满未来感，许多建筑物以迪拜、美国、欧洲与日本群马县的真实建筑为范本。在设置中，见泷原是近几年新开发的地方都市，新兴住宅区毗邻人工的景观绿地以及小溪，郊外则有风力发电设施、水门以及工厂等。见泷原作为行政区，有时被称为“市”，有时则又是“町”，官方资料并未统一。

剧中世界设置了魔法少女与魔女的存在，但不为一般人知晓。然而，早在史前时代全世界就有许多魔法少女了，历史借由她们的暗中活跃而被推动，包括克丽奥佩脱拉七世、卑弥呼、圣女贞德等史实人物都在其中。此外，被魔女盯上的人，则会原因不明地自杀或杀人。

本作故事围绕着鹿目圆、晓美焰、美树沙耶香、巴麻美、佐仓杏子5名魔法少女以及外星生物丘比（QB）依次展开。

本作所谓的魔法少女，是以“可以实现任何一个愿望”的代价与QB交换契约后，背负着“讨伐魔女”此一使命的存在。象征魔法少女资质的魔法系数，则取决于该名少女拥有的因果量，资质较高者通常是一国之主、被称为救世主的人物。然而，主角小圆虽然只是平凡的中学生，却拥有神明等级的高资质。

魔法少女缔约时，会同时生成名为“灵魂宝石”的物品。灵魂宝石是魔法力量的泉源，可以感知魔女存在的位置，也有发动变身的功能。基本外型都是鸡蛋状，但平常也化为戒指状，变身后依各人状况，变化为外型相异的饰品，镶嵌于身上某个地方。

魔女是一种奇形怪状的异物，通常伴随一般人看不见的异世界“结界”以及部下“使魔”出现。魔女身上携有名为“悲叹之种”的黑色宝石，这是魔法少女消灭魔女的直接酬劳。

使用魔法会使灵魂宝石逐渐混浊失去光辉，即使完全不使用魔法，维持一般身体活动仍会一点一滴累积混浊。悲叹之种可以转移灵魂宝石的混浊，以便魔法少女可以继续活动。因此，魔法少女必须定期消灭魔女，以避免灵魂宝石变得混浊。

在续作《［新篇］叛逆的物语》剧中，首次出现与灵魂宝石不同的“黑暗宝玉”。这是由“fort/da”游戏的粉红线轴与灵魂宝石的碎片、加上人类感情的极致所构筑而成的。黑暗宝玉通常呈夹式耳环状，附着在晓美焰的左耳上，耳环中的宝石封印了小圆的力量。

情节展开

出身于良好家庭，亲朋好友团聚，有哭有笑，是谁都拥有的日常生活。就读市立见泷原中学2年级的少女鹿目圆，如此平凡地过着幸福的每一天。直至一名神秘转学生晓美焰的出现，让小圆的命运开始改变。

当天，小圆与好友美树沙耶香在返家途中，撞见一只伤痕累累，被焰所猎杀的不明生物丘比（QB）。风波过后，QB希望少女们和自己交换契约，成为“魔法少女”讨伐人类之敌。然而此后，随着残酷真相渐遭揭露，小圆的想法也一再受到冲击……

故事发生在建立于日都岛(日都ヶ島)的小镇之上，男主角网代慎平由于青梅竹马小舟潮的逝世而重回故地，却卷入了牵涉到日都岛一个古老传说的重大事变中，并开始尝试和同伴们一道阻止即将到来的灾祸。

故事发生地的原型为友岛(友ヶ岛)，位于纪淡海峡，与淡路岛隔海相望，现实中是无人岛群，直到二战结束前都是军事要地，禁止一般人进入，颇具神秘色彩。

故事设定

“影子”为本作的虚构生物，能够复制其他人类、生物，甚至死物的讯息，并借此构成自己的外观。影子的设定随着剧情发展而慢慢揭露。在故事开首，提及日都岛的传说相传“见到自己的另一个(影子)不久就会死去”。

影子能够通过对人或物发出闪光照射来获得目标人类或物件的全部信息(包括肉体遗传信息、记忆、人格等)，然后生成类似投影的立体物。影子的本体是平面，受伤害后不能自行恢复，需要重新照射原件来重新获得信息修复;而立体身体受伤害后可自行恢复。立体的人体能潜入影子本体中来快速移动，但身体就会无法呼吸。影子本体讨厌被碰触，而成为慎平等人判断的方法。影子本体被钉固定就能限制其行动。影子本体受到对应人体的致命伤害则可以被消灭。影子的数据会慢慢消失，需要将复制的本体弄死后侵蚀消去才能永远存在，本体被消去的表面会留有黑印;对于物品也是同样，否则复制出来的物品无法使用。影子可以使用自身的一部分复制出其所掌握数据的实物。影子复制其他数据过多会劣化，失去拟态的能力，成为野生影子，退居野林。被影子复制过的本体，在其对应的影子被消灭后，就不能再被复制。影子复制的信息能被带到慎平的每次轮回中。除了影子波稻能多次复制出子代影子外，其他影子只能复制子代一次。

慎平曾在一次轮回中推断认为这是来自地球外的陨石带来物，然后通过复制海底生物为生，直到1732年(享保十七年)复制成鲸鱼而被冲上日都岛岸边，复制了渔民的女儿雁切波稻，再将全岛居民变成影子后度过饥荒，并设立蛭子神来供奉。最终目的似乎是2018年7月24日祭典上将岛上全部人侵蚀，菱形青铜后来交代是为了让影子波稻回到自己的故乡。