西国一流间谍“黄昏”奉命调查东国政治家多诺万·德斯蒙之政治阴谋。然而，德斯蒙深居简出，唯一公开露面的场合只有他儿子所就读的东国名校——伊甸学园举办的恳亲会，故只有让“自己的小孩”进入伊甸学园就读，并以家长的身份参加恳亲会，才有机会与其接触。为顺利执行任务，黄昏以“劳埃德·福杰”的身份掩人耳目，并先后找到“女儿”阿尼亚和“妻子”约尔组建一个临时家庭，殊不知阿尼亚其实是有读心能力的超能力者“实验体007”;而看似温柔善良的妻子，另一身份是职业杀手“荆棘公主”。三人互相隐瞒真实身份，就此过起虚假的家庭生活。

全世界被产业革命的波澜推动，自近世变迁至现代之时，不死的怪物“卡巴内”突然出现。卡巴内被钢铁的皮膜包覆，只要心脏不被破坏就不会消灭。被卡巴内啃咬的人几乎会变成卡巴内，并开始袭击人类。之后卡巴内爆发性地增殖，并覆盖全世界。

远东岛国“日之本(日ノ本/ひのもと)”的人们，为了对抗卡巴内的威胁，而在各地建造名为“驿”的城市并困守在其中，想方设法残存下去。能够在驿之间来往的只有装甲蒸气机关车(通称“骏城”)。驿之间通过各自生产物的融通，总算是保全生活。

某天，穿越前线的骏城之一“甲铁城”来到显金驿。为了车辆的清扫整备而被召唤的生驹，目击到从义务性的卡巴内检阅中被免除的不可思议少女。当晚，生驹与自称“无名”的那位白天的少女再会，此时一架骏城“扶桑城”突然暴走并突入了显金驿，那架骏城乘员全灭而且全部变成了卡巴内，卡巴内从骏城向显金驿溢出。如同要从被恐慌袭击的人浪中逆行一般，生驹奔跑着。这一次不能逃避，与卡巴内的战斗开始了。

在不知什么时候，整个世界被突如其来的未知病毒攻袭，几乎彻底毁灭。但是只有13岁以下的孩子不被病毒所感染，侥幸活了下来。可是这些孩子们却被从地底出现的吸血鬼所统治，并作为提供血液的家畜饲养。故事的主人公——百夜优一郎和百夜米迦尔就是被抓住的孤儿们之一，而面对不堪的命运，他们没有屈服，开始计划逃亡与复仇……

前传小说描述本传8年前，百夜优一郎的上司一濑红莲还是高中生时(故事时间5岁、15岁─16岁)，在同一所学校所发生的故事。那时世界还没毁灭，咒术师集团“帝月”、“帝鬼”旗下小孩们成长阶段相遇、相交，与百夜教交缠不断的孽缘。主角一濑红莲十五岁，涉谷第一高中入学.....