佐藤和真在某次意外中死亡。负责管理日本意外死亡青少年的水流女神阿克娅表示，某个异世界正受到魔王军肆虐、人口大量减少，假如和真愿意转生到该世界，和真可以受到保留记忆、带走一样额外的神装或技能等优待。与此同时，阿克娅不断嘲笑和真在原世界的颓废与丢脸的死法。于是和真受不了阿克娅的冷嘲热讽，在转生前选择不带走任何神装而带走阿克娅——负责接替阿克娅的女神表示，唯有打倒魔王，才会让阿克娅回到原本的职位。
被当成冒险者送到异世界的和真，与明明是水流女神却只精进于宴会才艺的阿克娅、每日限定一发爆裂魔法的红魔族少女惠惠、命中率0%且被打反而会高潮的抖M波霸美女达克妮丝这些特别的角色结伴，过着在异世界为获得安定生活而努力的日常，但基本上故事没有一个是正常人。
然而这是一个相当疯狂且超乎现代一般人常识的异世界，虽然背景设定极似和真熟悉的RPG游戏，但里头从动植物、怪物、恶魔到冒险者们都具有各自的“强烈”特性，让原本想循一般冒险者晋级模式在新手城镇平淡过日子的和真一开始就相当辛苦。偏偏身边这些个性特别的伙伴惹出许多事端，一度让和真陷入背负庞大债务又被怀疑是魔王军人马而论罪的险境，好在每次都有惊无险又意外不断地度过难关。
之后在解决阿尔达普逼婚达克妮丝的风波后，稍显成熟了点的和真一行开始踏出新手城镇，先后在红魔之里、贝尔泽古王都和埃尔罗得王国经历“不可思议”的冒险，又阴错阳差间打倒了许多魔王军干部，最终成功打倒魔王。
设定
因着繁星引导，或者是其他人为原因，会有来自日本的“迷途人”误闯至异世界。这些迷途人在转移至异世界时，会有“纯粹概念”固定在其灵魂，让他们获得异于常人的力量。远古时期的迷途人曾经以其特殊力量建立过先进文明，以致于全世界文化统一，连语言都统一为日语。然而，那时因迷途人力量失控，引发大型灾难，导致文明毁灭之余，影响持续至千年之后的现今。其中以“四大人灾”（Human Error）最为严重，包括让整片西方大陆化成白盐，溶化于海的“盐之剑”、让白雾笼盖南方诸岛的“雾魔殿”（Pandemonium）、支配东方未开发区域的“络缲世间”和使北大陆中央部漂浮在空中的“星骸”。
自此之后，为免重蹈覆辙，教会将“迷途人”视为禁忌。教会人士位属“第一身份”（Faust），贵族阶层为“第二身份”（Nobless），而世上其他大部分人都是“第三身份”（Commons）。第一身份监察，第二身份管理，第三身份劳动，故第一身份的地位最高。也因为第一身份权力甚高，故必须由未婚女性担任，并终身不能成立家庭，以消除世袭风险。除了迷途人、纯粹概念外，还有“发动原罪魔导”、“持有三原色宝石”等禁忌。
这个异世界存在伟大的“力”，又称为“导力”。人们可使用“导力”经由不同纹章和素材来发动“魔导”。如神官能够以结构复杂的“教典”作为媒介来使用魔导，也能将纹章刻在武器上来发动简单魔导。魔导除了可以攻击（如教典·第三章第一节：“来袭的敌人听见了，响彻四方的钟声”）和防御（如教典·第二章第五节：“是的，你们应当知道保护虔诚羊群的墙壁不会崩塌”）之外，也能作通讯（如教典·第一章第四节：“主的意志通达天地，直到千里的彼方”）、记录（如教典·第一章第一节：“应将映照在这双眼中的奇迹留存下来，誊写于书中”）等战斗以外的用途。
剧情
玛瑙是隶属于教会的神官“处刑人”，有着消除禁忌的职责，其中就包括杀死迷途人。教会得知位属第二身份的王国召唤了异世界人，为此派遣玛瑙解决事件。玛瑙虽然找到了来自日本的灯里，却发现自己无法杀死她。为了寻找杀死灯里的方法，二人踏上旅途。
故事设定在24世纪。彼时人类在火星上进行地球化改造工程，由于两极冰帽融解的水量超乎预期，全星球有90%被海洋覆盖，因而被称为“水星”(Aqua)。在此星球上有个以过去被称为“水都”的威尼斯为范本所建造的城市新威尼斯(Neo-Venezia)，因其仿古的建筑与承袭传统的生活方式而广受观光客喜爱;而其中有一种驾驶贡多拉穿梭于运河之间、带领观光客游览整座城市的职业，称为领航员(Undine)。
出身于地球(故事中称为“行星Manhome”)的水无灯里，以成为能独当一面的领航员为目标而来到新威尼斯，在“亚利亚公司”(Aria Company)见习;身为半熟手的她，每天都持续练习操控贡多拉及观光导览。《水星领航员》便是在描写灯里以及她身旁的朋友在一年四季中的日常生活点滴。
在本作品里出现的Undine(本意为水之精灵温蒂妮)指的是专为观光导览的贡多拉操控者。能从事的只有女性，是Aqua的明星职业。
领航员手上是否有戴手套为能力的指标：见习生的手为双手套(Pair)，半熟手为单手套(Single)，能独当一面的老手则无手套(Prima)。这是因为有本事的领航员不必使用过多的力量即可操控贡多拉、手也不大会起水泡，所以也就没有戴手套保护的必要了。
Pair 升级 Single 的测验是操控贡多拉到达称为“希望之丘”的地点，而此为测验内容、其位置与路程皆禁止泄漏;要升格为Prima，虽须通过贡多拉协会特定的考验，但升级并无明确标准，一般是交由各家公司或负责指导的前辈，关于测验的方法或标准完全由主考官决定。Prima 的平均升格年龄为18～20岁，成为 Prima 后便可允许为自己取个通称。
可以自由营业载客的只有无手套，单手套需有负责指导的无手套陪同。渡船(Traghetto)则允许单手套自行营业的，费用上比起Prima 较为便宜，也是由于 Prima 所操控的贡多拉较为安全之故。灯里经常使出“不收取费用，而以朋友的名义乘船”的钻漏洞招数，因为“规则上所禁止的是单手套以下的领航员所控船之营业行为，并非禁止让人一同乘船”，而周遭的人们也会默许。此招的发明者是以消磨时间为目的而想免费乘船的看火人阿晓;动画里的发明者则是小爱，只是后来阿晓也免费乘船。此外，单手套也能以助手的身份搭乘无手套所操控的贡多拉，动画中却有身为双手套的艾里须搭乘雅典娜或晃所操控之贡多拉的场面，小说里同样也有雅典娜的贡多拉让艾里须搭乘的情况。在月刊Undine第3集(18月号)里，艾里须操纵贡多拉，却在有雅典娜搭乘的情况下接受采访，想来也是用这个招数来随机应变。
领航员的制服为统一，夏天为类似水手服的衬衫(亚利亚公司的设计有很大的不同，衬衫的前襟为西服领，只有后领还保留水手服的形式)、贴身衣则为下䙓带有开口的连衣裙，再加上帽子、鞋子、和半指手套，胸口系上领结;冬季服饰方面，从长袖连衣裙的上面、肩膀的地方披着系有领结的短斗蓬(手套的设计也和夏天不同)。每家公司的服饰花样、帽子、领结、鞋子、手套、及连衣裙下䙓的开口位置不尽相同，成为各家公司的特色。另外在袖子和帽子上则带有各家公司的标识。