故事以游戏中的“马纳历亚魔法学院”为背景，描述人、神、魔共存的魔法学院名校中，两位公主入学、相遇的故事。拥有卓越魔法才能与领袖魅力的马纳历亚王国公主“安”，以及身为龙与人混血的内向龙族公主“古蕾娅”。两人的相遇让生活染上光辉，在马纳历亚魔法学院度过了无可取代的时光。

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名为“HUGE”的巨大生命体出现在近未来的地球，人类面临毁灭的危机。

于是人们开发了名为“CHARM”的决战兵器。CHARM对于十几岁的女性显现出高同步率，而能够操纵CHARM的女性被称作“莉莉（LILY）”并逐渐被视为英雄。为了对抗HUGE而成立的莉莉养成机构“GARDEN”设立于世界各地。

这是在这些GARDEN当中，以成为出色的莉莉为目标而战的少女们的故事。

故事发生在未来世界之中，彼时，一种凭空出现的名叫“HUGE”的生命体让人类的命运走到了濒临灭绝的边缘。就在此时，世界各国联合起来发明了能够同HUGE抗衡的武器，而只用这些武器的少女面则被称之为莉莉。

很快，在世界各地便建立起了培养莉莉的专门学校“Garden”，每个学校都有着自己的名字和特点，我们的女主角一柳梨璃（赤尾光 培养）便就读于百合丘女学院。待人冷淡极具个性的白井梦结（夏吉优子 配音）、含着金汤匙出生的千金大小姐努韦尔（井泽美香子 配音）、拥有超高智商和广阔的知识面的二川二水（西本里美 配音），在学校里，梨璃结识了这些并肩作战的同伴们。

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在漫画中就已经设定了架空都市“流川市”为场景，在确定动画化后，负责制作动画之feel.将主角们生活的地点“流川市”以千叶县流山市为蓝本，但主角们就读的“流川第三女子高中”则以流山市的邻市——千叶县松户市的千叶县立松户六实高等学校为蓝本。流山市因电视动画的播出，而成为了许多动漫迷圣地巡礼的地点之一。

居住在流川市的女高中生宇佐美奈奈子原本过着平静的生活。一日，在流川市役所工作的舅舅拜托她参演了一场为振兴城市经济而举办的活动。而在活动的现场，奈奈子遇到了同校的学姐小日向缘。并且从此以后两人结成了以宣传流川市为目的的偶像团体“流川GIRLS”，并以“流川GIRLS”的名义开始参与各种活动和电视节目，而两人的人生也开始了新的篇章……