在花店打工的青年·叶月亮介，对店长岛尾六花寄存着爱慕的心，她是一个寡妇，3年前她的丈夫·岛尾笃病死。死后化为幽灵的小笃干扰了叶月的恋爱，与不断破坏关系的小笃的三角恋爱就此开始。

性格别扭且有些阴郁的青年叶月亮介（中村悠一 配音）喜欢上了附近花店“SHIMAO”的女主人六花（大原さやか 配音），但是他的爱慕之情却始终不敢说出口，只能一次次从六花那里买花，自怨自艾。这一天，机会终于来了，叶月去六花的店里应聘，距离虽然拉近，可是相谈仍是一件难事。更让他懊恼的是，某天他去拜访六花时，竟然发现屋里有一个只穿着内裤半裸的年轻男子，叶月顿觉自己的感情受到欺骗。未过多久，叶月意外得知，那名男子其实是六花3年前已经去世的丈夫岛尾笃（福山润 配音）。生前因多病而性格孤冷，去世后依旧记挂孤独而温柔的妻子，笃久久盘桓家中，不愿离开。亡灵岛津、未亡人六花以及青年叶月，一段奇妙的三角恋情在这个夏日悄悄上演……

本片根据日本漫画家河内遥的同名原著改编。

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以状大的大海与小岛为舞台演绎的少女们的心灵之绊，

战斗、变身……美丽的魔法巫女幻想传说诞生!

那里是有着眩目阳光射入的海底。有着人类外表的纯洁无暇的少女与鱼儿们共同生活在一起。少女的名字叫玛琳。在海洋世界与妹妹乌琳一起生活的玛琳是憧憬着空中世界(地面上)的“海人”。某一天，海面上掉下了一枚闪耀着美丽光辉的戒指。玛琳想：“丢失了这么美丽的东西的话一定会很悲伤吧。我要还给失主。”她准备到空中世界去归还戒指，可是却遭到了妹妹乌琳的强大反对。对于海洋世界的人们来说，空人(人类)和空中世界(地面)都是相当恐怖的。

可是玛琳却坚信有着这样美丽事物的空人并不恐怖。最终决定和有着恋姐情结的乌琳一起去空中。来到了人界的玛琳和乌琳初次仰望清爽的天空，以及初次见识到在这清朗天空下正在进行中的“岛之夏祭”。

来到岛上的玛琳姐妹开始寻找戒指的主人，听到她们询问的叫声后，居住在岛上的女子高中生宫守音着急地飞奔过来。这枚戒指其实是以前她从抛弃她的恋人那里得到的，所以才会扔到海里去。夏音再度将戒指投进了大山中，玛琳与乌琳也去山里寻找戒指。可是就在这时，乌琳不小心打开了被封印的石棺。从石棺中飞出的黑烟就是让世界产生“暗”的“瑟多那”。瑟多那是为了让世界充满恶意而操纵鱼儿们的魔力，邪恶的灵魂也开始集合。

玛琳和夏音开始察觉自身隐藏的某种力量。作为“海之巫女”和“空之巫女”的她们决定挑战邪恶的瑟多那。要打倒瑟多那的话，只能提高巫女力量的源泉——心的纯洁度。可是夏音的心原来有着部分的邪恶，所以心之纯洁度怎么也无法提高，但通过与玛琳的关系，逐步取回了心灵的纯洁。玛琳也通过和夏音的接触而逐渐成长，两人之间的羁绊逐步确立……