2006年7月9日，不巧撞见正要飞翔到月球的幽浮而促使南波六太和南波日日人两兄弟俩“两人立志成为宇航员”就此立下约定，说将来都要当宇航员。然而时光飞逝到了2025年，因为当时的交换约定促使日日人成为NASA的宇航员，并且已要向月球迈进。但另一方面，因为上司说了他弟弟的坏话，让六太一时气愤给了上司一记头锤，使他被汽车开发公司的人开除了，让六太因此变成失业人。想振作起来的六太便想要再就业，却也非常不顺利，因此让他变得意志消沉而颓废，但在听到事情原委的日日人当天寄了封邮件告诉他，要他找出邮件上写的日期“指示他去听某天的录音带。”。那是年幼时期的他们俩录音的录音带，他要六太拿出来听。就在那个时候，六太被抛弃过去的“约定”很鲜明的被刻画出来。
对于打工的事情感到厌烦，因此在辞退打工回到自己家之后，六太他收到JAXA给他的包裹。在其内容里，写着新宇航员选拔测验的书面资料考核通过的通知书。那其实是他母亲随手寄送到JAXA的文件。
而六太的宇航员选拔测验的挑战现在正式开始。
用语
南波兄弟（Nanba Brothers）
南波六太与南波日日人两兄弟。年幼时一起看见幽浮为契机便促使两人约定要立志成为宇航员。
谜题
没有任何印刷的雪白拼图。因为上面只有形式没有线索，因此比平常还要难以解决。在漫画里，六太他们陷入了苦战。贤治在做这件事情时，曾和主考官要求最后做完再交出去，而在试验结束后被当成纪念品，上面有着同班的签名和鼓励的话。
绿卡
写着令人讨厌般的命令的卡片。宇航员第3次试验时出现，由于那个原因，让每个团队都陷入疑神疑鬼还有紧张兮兮的状态。在平常，并不清楚是谁发出的命令，不过对六太来说，他很清楚犯人自己是收到命令而行事的。
宇航员候补人员（AStronaut CANdidate（ASCAN））宇航员基础训练期间里人们的名称。宇航员选拔考试的合格者并非就是一个正式的宇航员，他们必须在2年间接受宇航员的基础训练，并能够第一时间获得宇航员的资格。2025年班（训练开始是2026年正式展开）是在训练教官的政策在1年半（2027年后半）的宇航员的基础训练结束时达成目标。
宇航员
在NASA实行宇航员基础训练并获得宇航员的在美国的资格，在其他国家的资格的有效性有其范围，那是留给该国家的标准来判断的。
在故事中有以太空探索为目的而发射的载人火箭，其发展用途在美国与俄罗斯。※重力弹弓效应（日本的民间修理公司）授权持有。
NASA所属的宇航员的俄罗斯联盟号在前往宇宙使用，使用联盟号来做训练的必要。在NASA获得宇航员的资格后必须从NASA辞职，但所属俄罗斯时并未决定这一块。
候补人员（副人员）
实际要前往宇宙的宇航员（正规人员·总人员）里，因为身体不适而不能前往宇宙时的预备人员。实际上要前往宇宙时，要和宇航员一样接受相同的训练。正规人员要到宇宙的期间，必须在地上管制中间进行管控等工作。在故事中被称呼为副人员并经常被使唤。
在为了宇航员前往宇宙的宇航员资格后，被指名的候补人员，有了候补人员的经验后，会被指名为正规的宇航员，并能首次进入宇宙。候补人员成为新手宇航员在累积经验后，有可能走在飞黄腾达这条道路上。
ISS（国际太空站）
在故事中已经进而变得老旧的事实，打算要在月面基地计划给在地化的事实，预定不久的将来要将它给废弃。现在作为医疗关系的研究设施而被使用着。伊东芹夏以此为目标。
在2029年的时候，因为老旧到很严重的地步，不得已必须要进行修理，所以下次ISS任务不得不把花费用在上面。因为这个修理费的预算遭到压迫的地步，所已出现了要废弃ISS的意见来。
月面基地
在月面生活的（因为月球的重力很弱）天花板很低。日日人他在跳跃时不小时撞到了头，而贴了OK绷。
CES
月面基地建设任务Crew Exploration System的略称，后面以作为在月面的太空基地的一连串的任务名。
CES-43
2023年11月，返航艇猎户座的降落伞未打开造成正规人员全数死亡。
正规人员有，布莱恩·杰伊、塔克·拉贝尔（洛维尔）、麦可·艾洛夫（爱尔洛夫）。副人员是南波日日人。
CES-51
2026年。为了保护月面基地不受宇宙线与太阳风的危害，还有让月面基地不被Regolith（月尘）所包覆等事情的主要目的的计划。
正规人员有，南波日日人、佛莱迪·萨坦、巴迪·华特斯、达米安·克威勒、卡莲·琼斯、琳达·克里夫。副人员是罗利·库欧摩。
CES-62
任务时期是2029年夏天。宇航员在返回地球时使用的发射台被舍弃，基地周围的发射台残留的大量遗骸被放置在那里，月面的登陆点渐渐地比基地还要远这样的问题。因此，把发射台的残骸给集中到一处，并让今后月面登陆点能够确保并做到主要目的的计划。
正规人员有，安格斯·洛伊德、文森·波尔德、赖瑞·拜森、包含塔拉等6名。副人员是南波六太、爱迪·杰伊、安迪·泰勒、贝蒂·瑞恩、卡洛·葛雷柯、菲利浦·路易斯。
CES-66
莎朗月面天文台的设置为主要任务的计划。正规人员有，南波六太、爱迪·杰伊、安迪·泰勒、贝蒂·瑞恩、卡洛·葛雷柯、菲利浦·路易斯。副人员是摩许·贝尔默Regolith（月尘）
指在地表附上的柔软的累积层的言词。在故事中指的是月尘。
月面天文望远镜（月面望远镜）
在月面设置望远镜的计划。在2025年时这项计划的预算变得余裕有建设的可能。但到2026年时，全部的内容却遭到否定，要发展望远镜的计划变得没有了。
船外活动（EVA）
穿着宇航服在船外（外太空）工作的事情。
J（杰伊）兄弟
在世界上著名的美国宇航员兄弟。哥哥是爱迪·杰伊，弟弟是布莱恩·杰伊。在年幼时期，兄弟俩誓言将来要到月球去，但是前宇航员室长不能理解为何爱迪前往ISS，并让布莱恩得以前往月面为目标而工作。在故事开始前稍微提到要返回地球的返航艇猎户座的降落伞未打开使的弟弟布莱恩·杰伊死亡。哥哥爱迪在ISS是优秀的宇航员，在2028年时并没有去月面的训练经验。
两尊宇航员玩偶
是打以在宇宙中也不会坏的广告标语的玩具店所贩卖的BUZZ（巴兹）和NEIL（尼尔）的玩偶。布莱恩与爱迪兄弟有写给圣诞老人想要的东西的信。布莱恩去月球的时候在月球上证实了不会坏。这个玩偶掌握着日日人的命运。顺便一提巴兹以及尼尔都是来自于在阿波罗11号登陆月球的宇航员相同的名字。
氧气生成装置（爱称·BRIAN（布莱恩））
在月面供应氧的装置。在2025年的时有3台在月面。2025年日日人参加的任务以来自太空探索中留下大功绩的布莱恩·杰伊为其爱称而称呼著。
CTV28
“幸运草”队的通称，用来称呼4位ISS搭乘人员。指挥官：罗宾·布朗、副指挥官：道格·怀特、人员：伊东芹夏、北村绘名。
猎户座
在故事中现在被使用的，美国的返航艇。
战神
在故事中被使用的美国火箭。有I和V两种类。
加耶─（かぺー）
真壁贤治的女儿风佳说出的话语。“加油（がんばれ）”的意思。
耶～～～～！！
日日人登陆月球的时候说出的话语，也是芭蕾舞者奥莉嘉喜欢的话语。因为日日人在月面说了这话后，变得在日本开始流行起来，而推出了“耶～～～～！！牛奶（イェ～～～～！！牛乳）”。
Mr.日日人
以日日人为原型的动画主角，外表像一只兔子，于2026年8月23日开播，其首播收视率超过过去当红的海螺小姐。
多任务处理
同时处理多数的事情。日日人在布莱恩·杰伊的多任务处理的高度的眼前，想起了六太成为滚来滚去的六太时的样子。
滚来滚去的六太
六太在遇到讨厌的事情时，会进入同时处理多数的事情，到处搜集琐碎情报的状态来转移心中的焦躁，南波兄弟的母亲觉得六太看起来就像滚来滚去的除尘滚筒，故因此得得名。
T38
为了培养双引擎喷射机飞行员的练习机。价格低但使用率高，容易维护，其性能也很稳定。它也可以超音速飞行，但最近以亚音速的训练为主流。双座（操纵席有两个）。自从1961年开始到现在世界上还在持续的使用着。在故事中的NASA的ASCAN训练机正在服役中。
麦克斯号
丹尼尔使用的T-38所取的名字。经过丹尼尔精心的调整而使用时，速度会变得非常快。
丹尼尔化
在驾驶时，很轻易和搭乘的丹尼尔教练聊天，就算眼前处在危及的情况下也一样处变不惊，并有很充分的时间来可以开玩笑。
月面越野车
NASA独自开发的月面移动用的越野车。
甲虫号
大型月面车。在室内是保持着1气压，可从月面基地连接舱口从基地内直接进入的高级机能，不过因为充电耗费时间，也成为速度较慢的机动性较差的越野车。
辉夜姬II
在故事中，它沿着月球绕行的人造卫星。但现在是否还让它服役并不详。
杜哈的奇迹DVD
放映不明飞行物（幽浮）。
企鹅14号
瑞克、皮可、文斯一起视布莱恩·杰伊为英雄而崇拜的三位少年自行做出了火箭来。但他们做的企鹅14号在实验时却严重失败而毁坏。瑞克他就把那个碎片搜集起来，并分成三份。并想像当他们三人长大时，瑞克会是控制官、皮可会是宇宙线的设计、文斯会是宇航员，并在到时候文斯以作为宇航员到月面去的时候，以达成三人携手发誓的誓言，但是皮可与文斯因为梦想不能当饭吃，而到采矿场就职。
空中飞车计划
六太在汽车公司离职前着手的计划。六太的想法是因为车在上下班时间常被卷入塞车状态，为了从塞车的状态中舒缓而所想出的在空中飞的想法而提交的企划书。为了解决空中飞车的道路和标志等的问题而开发出的放映不遮挡视觉的半透明的CG挡风玻璃。后来空中飞车计划本身受到瓶颈了，不过放映的半透明的CG技术的挡风玻璃却以六太为中心仍然继续秘密的开发着，但是六太因为暴力事件的起因而被开除离职，计划只好给后辈接手。
NEEMO（NASA极限环境任务运用）训练
在海拔20米的位置而做的海底基地的两周里，与其他的宇航员们一起生活的训练。基地内为了防止水渗入的高气压，坚硬的容器硬到连糖果类的点心都会破坏掉的程度。因为高气压的关系会时常会有耳鸣的现象，所以很难以听见别人说的对话。在NASA英语是基本，对于训练的日本人可以听见其对话是什么也很辛苦。
戴胡子·面罩·头盔·服装
日日人康复时用的秘密道具。根据这个，可以让日日人得到的恐慌症慢慢的变轻，直到恢复到正常不恐惧的状态。
PD
1.以巴哥犬为主角的美国动画“漂亮狗（Pretty Dog）”的简称。2.恐慌症（Panic Disorder）的简称。
罐头卫星（CanSat）
空罐尺寸的模拟卫星。宇航员候补人员里作为训练的一环里的罐头卫星的竞赛而出场，并通过这罐头卫星的制作·运用来体验太空探索的工程师从事什么样的工作。
皮耶可（PIECO）
六太他们在罐头卫星竞赛使用的越野车所取的名字，是把PICO（皮可）与E班（发音转成（耶））组合而成的。
有人小行星探索计划
从2028年开始的NASA，仍然还处于准备的状态，因为国家的科技至今尚未完全成熟，所以就秘密地进行准备的状态。计划派四位宇航员送到小行星“14225AN41”去。后来以正式发表“汗们”的绰号来称呼四位人员。船长：佛莱迪·萨坦、人员：巴迪·华特斯、真壁贤治、新田零次。
重力弹弓效应
1.利用两个巨大天体的重力，加速对象物品的宇宙航行的一种方式。2.日本民间修理公司。
芹绘名
伊东芹夏与北村绘名的爱称。在故事中两人是在2029年的时候被分配出任务。
描述私立高中“碧阳学园”的学生会成员们在学生会办公室闲聊的短篇小说系列。每章的标题基本上都是“○○的学生会（○○する生徒会）”。
本作以后设小说的形式写成，有本系列是“为了让全校学生知道学生会有多优秀，会长‘樱野玖璃梦’命令副会长‘杉崎键’动笔将学生会的作息写成小说，再和富士见书房合作出版”的设定。
以作者自比为“四格式小说”的登场人物的喜剧性聊天内容（装傻和吐槽）和随处可见对其他作品的戏仿，为本系列最大的特征。担任责任编辑的中村昭子形容本作是“许多的要素凑在一起，能用各种方式享受的作品”；作者则说是逆转“被卷进大事情后，想取回日常生活”这种常见的桥段，而去书写有让人想取回的价值的日常生活。
私立碧阳学园的学生会成员，是用和其他学校不同的特殊方法选出，就是很单纯的人气投票。结果选出樱野玖璃梦为首的众多美少女们，可是学生会里有一位是靠着用功读书，在期末考中拿到第一名、以优秀学生名额加入学生会的男学生杉崎键。故事内容主要是描写学生会日常运作的情形。
每集列表
| 话数 | 日文标题 | 中文标题 | 剧本 | 分镜 | 演出 | 作画监督 | 总作画监督 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 第1作 | |||||||
| 1 | 駄弁る生徒会 | 闲聊的学生会 | 花田十辉 | 佐藤卓哉 | 高林久弥 | 森本浩文 | - |
| 2 | 勉強する生徒会 | 用功的学生会 | 加藤敏幸 | ウクレレ善似郎 | 佐野惠一 | ||
| 3 | 取材される生徒会 | 被采访的学生会 | 上田茂 | 服部宪知 | 森本浩文 | ||
| 4 | 創作する生徒会 | 创作的学生会 | 金崎贵臣 | 内山まな | 石川洋一 | 佐野惠一 | |
| 5 | 休憩する生徒会 | 休息的学生会 | 柳泽哲也 | 吉田俊司 | 樱井正明 | 森本浩文 | |
| 6 | 差し伸べる生徒会 | 同心协力的学生会 | 高本宣弘 | 神保昌登 | 工藤裕加 | 佐野惠一 | |
| 7 | 踏み出す生徒会 | 出发的学生会 | 福田道生 | 筑紫大介 | 森本浩文 | - | |
| 8 | 嫉妬する生徒会 | 嫉妒的学生会 | 渡边哲哉 | 星野尾高广 ウクレレ善似郎 |
佐野惠一 | ||
| 9 | 私の生徒会 | 我的学生会 | 金崎贵臣 | 高森久弥 | 石川洋一 山本佐和子 |
森本浩文 | |
| 10 | 片付ける生徒会 | 收拾的学生会 | 上田茂 | 小岛正士 | 胡杨树 服部宪知 |
佐野惠一 | |
| 11 | 欠ける生徒会 | 缺少的学生会 | 加藤敏幸 | 樱井正明 星野尾高广 森本浩文 |
森本浩文 | ||
| 12 | 生徒会の一存 | 学生会的一存 | 金崎贵臣 佐藤卓哉 |
神保昌登 | 石川洋一 佐野惠一 |
佐野惠一 | |
| 第2作 | |||||||
| 0 | 第1話「始まる生徒会（仮）」 →第0話「すぎさきメモリアル」 |
第1话“起源的学生会（暂）” →第0话“杉崎纯爱手札” |
吉田玲子 | 今泉贤一 | 片山敬介 小林理 岩田幸大 古川英树 |
小野田将人 依田正彦 |
|
| 1 | テコ入れする生徒会 | 转型的学生会 | 今泉贤一 | 阿部雅 | 渡边浩二 小林理 |
||
| 2 | 疑う生徒会 | 怀疑的学生会 | 国泽真理子 | 濑藤健嗣 | 辻智子 | 依田正彦 | |
| 3 | 就職する生徒会 | 就职的学生会 | 大知庆一郎 | 荒川真嗣 | 村田凉一 小川一郎 |
小野田将人 | |
| 4 | 回収する生徒会 | 回收的学生会 | 国泽真理子 | 柳濑雄之 | KIM YONG-SIK | 依田正彦 | |
| 5 | 聖戦 | 圣战 | 岸川宽良 | 石本英治、百濑惠美子 | 小野田将人 | ||
| 6 | 歓迎する生徒会 | 欢迎的学生会 | 吉田玲子 | 矢野孝典 驹屋健一郎 |
山崎淳、绪方美枝子 | 依田正彦 | |
| 7 | Sサイズハンター | S尺寸猎人 | 大知庆一郎 | 内山まな | 海堂浩幸、舛馆俊秀 舆石晓、横田拓己 |
小野田将人 | |
| 8 | 追いかける生徒会 | 追逐的学生会 | 国泽真理子 | 柳濑雄之 | KIM YONG-SIK | 依田正彦 | |
| 9 | 終わらない生徒会 | 不会结束的学生会 | 吉田玲子 | 阿部雅司 | 谷口元浩、舛馆俊秀 泷川和男、志贺道宪 小林理、山本周平 谷拓也、岩田幸大 |
小野田将人 | |
| EX话 (OVA) |
渡す生徒会 | 送礼的学生会 | 大知庆一郎 | 岸川寛良 | 泽田英香、谷口元浩 舛馆俊秀、山本周平 |
- | |
就读箱庭学园的少女黑神目泷，是一名成绩优秀，运动万能，外表秀丽，家财万贯，十全十美的一年级生，于第98代学生会长选举中以压倒性的98%支持度胜出。她根据选举公约设置了“目标箱”，并招揽了青梅竹马人吉善吉和其他特别的朋友作为成员，一起解决学生的问题。
随着意见箱所引发的事越来越高调，统领学园的其他势力开始注意到黑神的异常性。在合作不果后，这群人正式展开各种抗衡手段。这些争斗的过程，使黑神显得更像一个实实在在的人类，继而被要求去面对千丝万缕的家族关系。尽管，她真正追求的事情，由始至终都十分简单……
用语
箱庭学园相关
箱庭学园
故事的舞台，创立年份近100年的高中。前身为“黑箱塾”，重头戏是要将各地的异常者聚集于此，推行高度机密的“玻璃瓶计划”。
班级编制
第1到4班为普通科，5、7、9班为体育科，6、8班为艺术科。以上的学生多被称为“一般”。
第10班为特别普通科，11班为特别体育科，12班是特别艺术科。以上的都是以特殊优待生的资格入取。以上的学生多被称为“特别”。
而13班则是“异常”班，即使人数超标也无妨。后来以紧急事项的结果而成立了类似的负13班，也就是“过负荷”班级，虽然草率成型，人数却多达千人。
箱庭学园学生会执行部
学园内代表学生的最高组织，负责管理大型典礼活动、管理委员会和各大学部的工作。按照惯例，由会长、副会长、书记、会计、庶务五人组成。
会长资格是支持率达全校半数千名以上，同样的只要达到合格人数就能成为即刻被罢免，前提是罢免人必须胜任学生会会长。
目标箱(目泷箱)
自第98代后设置的屋形意见箱，让成员可优先处理部分学生的问题和请求。
每当目标箱中的一件事被解决之后，学生会办公室就会多放一朵花，但是由于解决问题的数量和速度过于异常，导致学生会办公室空间不足，因而将多出来的花移置校园。
委员会
犹如一般高中，有着各项委员会负责学园中日常事项的管理。
风纪委员会
将学园治安的维持作为至上目的游击部队，人称学园警察。从理事会·职员室为首所有权力开放的独立特别任务机关。由于条件赋予准许携带武器。
选举管理委员会
无限地把公平，公正的选举的进行，正确的裁判作为目的的学园组织。在基本的是只选举期间职务，因而把自己称为背阴处的机构，还不忘要别人忘记他们。
特技相关
异常性(Abnormal)
世界上有三种人，分别是“普通”、“特别”跟“异常”。异常性就是与普通和特别不同的强化性质，背后支撑的是世间上最极端的物理常规和身体构造科学。
刚出生的小孩发育并不完全，但“身体的能力”并不会有很大的差别。大部分人都是因着环境的状况，驱使身体的构造发展和适应，造就不同的生活方式和才能，“三岁定终生”的原则就是如此来的。因着群体社会，不少人都有“普通”的品性，部分就会受超优质环境的影响和身边人的发掘而变得“特别”。
可是，异常偏偏无视了这些努力、环境、运气、才能和资质的影响，而是在于“身体的能力”一开始就跟其他人有着庞大的差别。究其而言，每个异常者的出现，本身都有一套由上天赐予的理论去解释，换句话说就是真正被天生注定的才能。不论身心年龄，只要知道自己被赋予的是怎么样的技能，与及技能可以达到的极限，异常想得到什么结果都肯定会如预期那般。
部分人为了培育出包含所有这些天赐异常性的存在，与及将其推展到每一个人类身上，便展开了经历数百年的“玻璃瓶计划”。
过负荷(Minus)
一种更趋近思绪、情感、妄想等心理作用所触发的现象，类似用超常的思考方式来感变周遭所谓的平常。
有别于异常性的是，过负荷并非出于天生“身体的能力”，而是因某些后天环境和状况而产生的负面思想。这种现象归因于由自身沉重的感受，向外传达的实体化的扭曲意象和创伤。如果说特别和异常等等令自己感到比其他人优越，那么过负荷就是令自己感到比其他人卑劣。偏执的意象如果没有连根拔起，是可以完全不受自主控制，力量不发动的时候都可以令周遭出现物理性影响。
有一些过负荷甚至会用极端的心情去牵制另一个极端的心情，结果成为披着正常外表的“负完全”，故意作出行动时都可以看似没有心情起跌那般。
恶平等(Not Equal)
主张现世中一切都要趋向平等，在世界定律容许下除去所有的不平等关系。
世界上有着无比的相对关系，如光和黑暗、正义和邪恶、毒和药、胜和败、强和弱、黑和白、成功和失败、幸福和不幸等等。但这当中往往有部分是出现缺陷，被其中一边操控大局。恶平等认为不论是非，这些状况都必须矫正，要么创造与之对立的存在，要么把操控大局者抹杀，让世间一切恢复平衡。
根据安心院的说词是，恶平等一共有七亿人，相当于每十个人就有一名是恶平等，其中亦包括参加目泷后继者选拔的600名参赛者。这些人都是安心院一个人的分身之一，但每个人都拥有个性、意识、内涵、感情、过去还有生活，所以每一位恶平等被赋予的最初使命，也就是所谓的“自由”。每个人生存下去的理念，是不要计较生活中的高低得失，最重要是把握自我意识，好好解决眼前的问题。
风格(Style)
影响世界运行规律(Pattern)的攻守方法。跟异常和过负荷等技能截然不同，前两者仍可用现世中一些超乎想像的科学和医学理论去解释，惟风格就连这些理论和概念都可以推翻，令倚赖那些生存定律的人出现物理上完全无法解释的异变。前提是使用者和被施加者之间拥有理性交流的基础，面对情绪激烈的人会因无法正常传输而导致失效。
由于风格(规律)本来就是千变万化，所以使用者之间即使有实力高低的分别，仍可以用招式上的相生相克，束成意料之外的结果。旗下亦有着许多分支，其中较多人是巧妙地变换字词的言语使，亦有卡片封印和返老还童等的超自然现象。使用者的舌头都印有与其风格相关的字。
地下研究设施
箱庭学园作为烧瓶计划的研究设施，从地面以上的13层钟楼加上地面以下的13层，形成如同圆形实验瓶的设施。
拒绝之门
位于钟楼1楼的位置，是地下设施唯一的出入口，外面用电子锁锁上，而暗号是6位数字，不过被通过一人后每次号码就会变更，能通过的概率是一百万分之一超低概率，反过来说就是对能参加烧瓶计划的异常程度的异常者以外者就是不能通过。讲来十分严肃，结果却被阿久根用暴力破坏强制登门。
地下十三楼直达电梯
一楼的设施，简单来说就是能到达各楼层的电梯，然外头也用电子锁锁上，难度却在拒绝的门之上，因而能够使用的人却只有7个人(里之6人和云仙冥利)，而黑神是第8个人(回1楼时得知)。
地下一楼设施 巨大迷路
高千穗是这个层的居民。
地下二楼设施 日本庭园
日式的房屋、石灯笼，日本庭园的踏脚石，池子，小花园等被铺土的地板的，近似真实的自然空间。
糸岛军规是这个层的居民。
地下三楼设施 实验动物园
有很多很多动物，全部都由名濑亲手完全肉体改造，因此不怕黑神的“动物趋避”。
古贺是这个层的居民。
地下四楼设施 名瀬夭歌的实验室
名濑是这个层的居民。
地下五楼设施 停车场
百町破魔矢是这个层的居民。这里的车全是百町破魔矢的，后来因凶化合宿的关系遭到-13班的袭击而毁坏
地下六楼设施 图书馆
上峰书子是这个层的居民。
地下七楼设施 温泉
汤前音眼是这个层的居民。
地下八楼设施 大舞台
鹤御崎山海是这个层的居民。
地下九楼设施 坟场
宗像形是这个层的居民。
地下十楼设施 美容院
筑前优鸟是这个层的居民。
地下十一楼设施 球赛场地
云仙冥利是这个层的居民。因为被剔出计划，现在是跟下层打通的。
地下十二楼设施 游戏中心
采用最新技术集结的游乐设施，为了磨练著行桥未造接收的灵敏度。
行桥未造是这个层的居民。
地下十三楼设施
都城王土是这个层的居民。没有任何标示，只有13万1313台超级电脑并24小时365天不断运行着，全部用来对异常者的分析。
也由于考量电脑的散热，因而室温如同在冷冻库一般。
地上五楼 机械室
学生会选举战
罢免现任学生会时所举行的选举战。参加者必须集齐反对者的签名，与及集齐五人的团体去参与角逐，胜者方可继任新一届学生会。
由于规则上有很多可以钻入的缝隙和不同的解释方法，所以选举管理委员会拥有所有比赛事务的最终决策权。
如果有成员因事故而无法上场，委员会是容许公平情况下的替代者。
毒蛇的巢窟
人吉善吉对球磨川禊的庶务战斗法。
被认为是在13决斗法中最残酷的。在学校操场中开凿一个10*10*10的立方洞口，地下布满著名为龟壳花的毒蛇，由上方搭建未固定的铁网，虽无时间限制，但如果铁网触底就必须判处平局，而且会遭到毒蛇攻击，虽然不是必须承担的风险却也十分危险。获胜条件为成功夺取徽章，或某方投降两种情况。
冬眠与脱皮
名瀬夭歌对志布志飞沫的书记战斗法。
同样也是13种决斗法中最为残酷的规则，在摄氏负48度的学校食堂冷冻库中进行。获胜条件是剥光对方身上衣服，时间同样也是无限制。
火付卯
人吉瞳及人吉善吉对江迎怒江及球磨川禊的会计战斗法。
于植物园“树影筛落”中举行。采2对2的方式进行，时间限制为1小时，双方各自持有打开对方手环炸弹的钥匙，获胜条件就是局限在用钥匙解除己方的炸弹，而只要其中一方解除后就结束，所以一旦时间到就以平局告终，同样的双方不能将钥匙藏匿起来，同时也不能毁坏钥匙。
狂犬陷阱
日之影空洞对蝶蝶崎蛾蛾丸的副会长战斗法。
在只有钢筋的建设中校舍举行。获胜条件就是将对手逼落地面，即便建筑倒塌，只要参赛者没有直接触碰到地面都仍可获胜。为了安全起见，建筑内部挂着许多铁网。
人间竞赛
黑神目泷对球磨川禊的会长战斗法。
整个箱庭学园偕属战斗范围。获胜条件是认为自己输的一方就算输。
接班人系统
作为因应对恶平等的对抗所提出的策划，同时也针对孕育次世代接班人的育成计划。形式上采取‘参加者跳级’，目的是为了让参加活动的中学生以‘体验入学’的资格，在两个学期之间———也就是9月到12月的期间，一边学习，一边担任学生会执行部的见习生的培训。每个月还必须举行一次特别企划。
越野识途比赛
实际内容是寻宝比赛，透过最初的提示导向然后以闯关方式进行，直到最后找到宝物的简单规则。
第一关 暗号文
最初的提示，解开地图背面的暗号后将只引下一关的去路。
第二关 读书対决
寻宝探险第二关，由钟塔入口的图书委员长十二町矢文镇守。
挑战者须以身上某个物体作为抵押，然后选出一本书以出题者的方式出谜题。问一个问题需要放弃身上一件物品，只要关长无法回答或回答错误即可过关。
第三关
挑战以前要先选择墙上分别写着“S”和“C”的分岔路。
第三关“S” 无人气投票.同伴分裂选举
“S”是指通向选举管理委员会的大刀洗斩子，SLEEP。
写出在队伍中最讨厌人的名字以及理由，得票数最高者将被放逐(进入下一关)，其余的人则在活动结束前在房间等待，一人一票，禁止商量讨论物件，并且无法投给自己。
第三关“C” 下棋
“C”是指通向风纪委员会的云仙冥利，CHILD。
赢者过关。
第四关
第三关完结后再次会出现分岔路，分别在墙上写着“1”和“2”。“1”是布有陷阱的通常关卡，“2”是通向中楼第五层的机械室，由保健委员长的赤青黄担任主考官。
第四关“2” 痛感的殿堂 完全神经衰弱
根据注解，神经衰弱是日本的一种纸牌游戏，主要考验记忆力。使用一副扑克牌，去掉王牌然后打散牌组，并且平铺于桌面，由猜拳来决定开始。
每轮轮流翻开两张牌，数字相同就拾起，不同就盖上，然后换对方翻牌。最后由牌数最多者为赢。
完全神经衰弱的特别处是采行完全轮流制(抽中者只能抽两张牌，然后轮替下一人)，并使用两副牌组，还有要求花色必须相同才能拾起，而最后的成绩并非牌数多寡，而是比累积纸牌的数字，得分数越高者获胜。总计分数416分，只要超过半数就能获胜。
完全神经衰弱其中还混有王牌，如果抽到牌组“A”可得14点，抽到“王牌”，桌面的就必须重新洗牌，而抽中“王牌”牌组，则双方的得点分互换。
第五关 料理对决
位于钟塔第十层，由食育委员会镇守。
每人做出一道料理，通过超理师米良孤吞的认可即可过关。
第八关 猫狗大战
位于钟塔第十三层，由饲育委员会镇守。
过关条件是将第八关的房间内除了委员长以外的20只猫关进笼子，附加限制是禁止使用暴力和药物催眠。
第八关追加战 斗犬
原主题是猫狗大战，内容却跟狗无关。真正的第八关，由追加主题“力量的比拼”来补足。限时5分钟内打倒面前的敌人，赢出的一方方可离开牢笼。
最终关 魔法冒险
位于钟塔展望室，由美化委员会镇守。
内容是打倒美化委员会委员长幻想中的魔兽“刻耳柏洛斯”。
奖励关卡
位于钟塔顶楼，由学生会长黑神目泷镇守。前置条件是早前必须通过五关以上。
又称目泷关卡，是个可选择不参加的关卡。过关条件是射门射进一次就算通过，守门员由目泷担当，只有一次射门机会，输的人就得取消参赛资格。
黑神家族
漆黑宴
由月下冰人会所举办，目的是挑选出够格成为黑神家族的婚约者，包含了七个分家：鹤喰、潜木、寿、桃园、赘波、叶野、杠，并由月下冰人会担任裁判，由于本家黑神的强大势力，导致了七个家族的明争暗斗，些许恶趣味的活动。
第一次会场-“BLACK” 航空战舰
第二次会场-“暗黑要塞” 南极大陆黑神基地
第三次会场-“月球” 由武器子的一等品收藏-火箭“黑色光速”(造价1兆7000亿日圆)乘搭前往
一京分之一的技能
安心院拥有的1京2858兆519亿6763万3865个技能，平日可跟其所属分身份享使用。
因为数量之多而要用上性质分类，分为后继者篇登场之技能(10)、刀剑系技能(100)、格斗系技能(100)、魔法系技能(100)、精神系技能(100)、生物系技能(100)、首领系技能(100)、枪弹系技能(100)、忍者系技能(50)、Jump系技能(50)。