故事背景始于自从开发FRACTALE系统(フラクタル・システム)成功后，人类不再需要工作就能生活下去。这样的乐园维持了千年，系统仍然运作，可是再没有人能准确解析系统的状态。居住在世上大部分的人类，依然相信只要系统维持运作，就能永远的幸福下去。可是随着某小岛的FRACTALE系统开始崩坏，故事进入序幕。

每天过着平淡生活的少年克莱因救下了因被人追赶而堕崖的少女芙琉奈。这次的偶遇使克莱因的心神起伏不巳，然而一晚过后芙琉奈却突然消失得无影无踪，只遗留了一枚胸针。芙琉奈说这是她笑容的泉源，看了克莱因婴孩时期的笑容后更相信胸针能守护着克莱因。胸针内封印着一个跟芙琉奈相似的女孩奈莎。克莱因与从胸针具现化的奈莎一起踏上找寻芙琉奈的旅途，终于发现FRACTALE系统的秘密......

用语

FRACTALE系统 (フラクタルシステム)

又称“分形系统”，为22世纪网络化的科学产物，是数量高达数兆的电脑的总称。通过植入体内的FRACTALE终端定期向浮空服务器传送生活数据，使所有人能得到基本的保障，并且赚取一定数量的收入。系统主宰著世界，造就了一个就算不工作也能保证生活、没有争端的世界。

浮空服务器

又称“Balloon”(气球)，漂浮在平流层固定点的高空浮动服务器中继站。

FRACTALE终端

微型装置，能植入人体内，能对人体的营养进行调节，也能培植药剂成分，防止人体患病。还能使人直接与电子分身沟通。可是会使人容易受跟收发器同步协调的影响。个体能除去FRACTALE终端以避免系统的监控，但同样会丧失系统所带来的利益。

星

实为卫星般的收发器，围绕着地球运转，主要用作数据连输(像现今的互联网)，也负责与植有FRACTALE终端的个体进行协调，当人凝视星时，就会自动获得当事人的数据。

奉星祭 (星祭り)

由修道院举行的“庆典”。与普通的节日不同，人们需要靠近向一条指向天空的天线，亦要凝视着在天线上方的“星”。修道院对外称参加奉星祭是为了获得星的庇护，但事实上是更新人体中的纳米机器，即“洗脑”，以使人们摒弃不必要的疑惑。另外，在更新过程中，装有FRACTALE终端的人都将无法移动。此外，附有FRACTALE终端的人可以带上特制的眼镜，以避免与“星”进行同步更新。

迷失千年运动 (ロストミレニアム運動)

是为了摆脱FRACTALE系统而诞生的运动。参与运动的有不同的部族，其中就包括以桑达(Sunda)为首的部族“格拉尼茨家(Granitz family)”，有关“格拉尼茨家”详情请参见格拉尼茨家。

修道院 (僧院)

由教士主理的教派，负责维护FRACTALE 系统。鼓励人民对星许愿，以协调人体。院内设有高科技武器，作防卫用途。

电子分身 (ドッペル)

名称取自德文doppelgänger的简称doppel，真实世界内以虚拟的层面互动地呈现一个人。大部分分身为真人创立的代替物，一般的电子分身外型以机器人为主，但也有例外，如奈莎的外型跟人类无异。电子分身能触碰及被触及，能拥有像真人般的感觉，但只有奈莎为唯一的例子。电子分身由数据组成，因此能渗透入电子显示屏，在任何地方随意出现。可是遇上电流干扰，分身便会消失。

不善与其他人相处的少女－葵，在成为高校生的这天，有位做事不经大脑，名为日向的少女前来热情地搭话，并且劝诱葵从现在开始一起去登山。虽然害怕与人交往且患有畏高症的葵不断拒绝，但在日向强行拖拉之下，一同前往了日向的家。葵的内心虽然对日向抱有不满，但在进入日向父亲所展示的帐篷参观时，看到日向与自己重逢后的举动与喜悦，及自己的所见所闻，加下从帐篷望见美丽的夕阳，令葵勾起一些回忆。

葵在幼年时，曾与日向跟随日向的父亲前往某座山上观看日出。少女们在受到这情境所感动后，2人约定在成为高校生时定要再次看到相同的景色。回想到这个场境，葵很自然地从口中说出“前往不太高的山也不错（高くない山ならば行ってもいい）”这话。

虽然知道与日向一起登山，但因担心可能在山上遇难并有生命危险，令葵相当不安。就这样日向就选择了标高197米的天览山，作为与葵第一次登上的山。就在沿山径上山时看到穿着普通服装的小孩时，葵的不安感一扫而空，后来更在山顶欣赏到远方的美景。葵在知道日向了解自己不习惯登山而选择了天览山后，开始对与日向登山的看法有所转变。而开始对登山有兴趣的葵，这时在下课回家途中就逛了逛登山用品店。与日向进入了店内的葵，遇上了一位穿着相同校服的女学生。这女学生正为选择睡袋的事而犹豫不决，但后来在跟葵谈话，终于确定了自己想购买的睡袋。这位女孩就为齐藤枫，在跟葵说自己也喜欢登山后，两人就交换了电邮地址，而枫亦为葵在日向以外的第一个朋友。

接着，日向就提议登另一座山，但这次让葵去选择。但因葵没有任何山岳知识，所以对如何选择感到迷惘，这时只好跟枫商量。后来枫就列举出秩父、丹泽、八岳、谷川岳等这些位于关东内并适合新手登上的山，而葵最后选择了自己最有兴趣，在山道中拥有能量景点（power spot）的高尾山。为了准备前往登山，日向就陪伴葵去购买之前从没拥有过的登山用背囊，葵亦很欣赏日向不害怕与别人相处的态度。就这样就到了登山当日，在葵心中，日向虽然有时会强人所难，却十分为自己着想，因此葵很想送件礼物给日向，但对找不到时机而非常烦恼，不过无论怎样，葵与日向一起在高尾山登山确实十分快乐，最后葵亦成功在山顶将礼物送给日向。在下山时，日向提议取道高尾山中难道最高的登山道下山，途中，2人就遇上了一名因鞋破损而相当苦恼的少女可可奈。可可奈前来高野山的原因是为寻找鼯鼠，其后葵与日向就和这位带有“天然”气味的女孩共3人一起回到登山口，最后看到可可奈发现松鼠时露出的笑容，感到十分快乐。