本作品主角"三桥廉"是个希望自己成为所属球队王牌投手的少年，在中学时期被认为靠着爷爷是三星学园经营者的关系，才能成为该校棒球部的王牌投手，因此队友对三桥有着极大的反感，在比赛中捕手不愿意引导三桥，其他队友在守备上也没有全力配合，任凭三桥独自一人在投手丘上面对打者，结果不但造成其在中学三年一胜难求，更导致他懦弱、自卑又孤僻的个性，甚至一度考虑放弃棒球。

希望自己有所改变的三桥在毕业后决定不直升三星学园的高等部，转赴埼玉县投考高校，并进入县立西浦高校就读。他在社团展览徘徊，之后抱着只是看看的心情走到棒球部，没想到意外被监督百枝麻里亚半强迫地加入，而且是全队唯一具有投手经验的成员，顺理成章成为西浦高校棒球部的投手。该校棒球部全体成员都是一年级，且刚从软式棒球部转型成硬式棒球部。三桥在捕手阿部隆也的引导下发挥出苦练而成的极精准控球能力，透过一场场的比赛、兼顾技术及心理层面的严格训练及队友间的紧密互动逐渐找到自信心及朋友间的信任感，全队携手朝着甲子园优胜的目标迈进。

创作背景

作者樋口朝毕业于埼玉县立浦和西高等学校，而故事舞台的埼玉县立西浦高校是以作者母校为蓝本。故事是以主角三桥廉就读西浦高校并意外加入该校刚从软式转型成硬式的棒球部，十名成员都是一年级的新生做为开始。本作在校园、运动场的风景等亦完整呈现出来。作者自己常常访问母校的棒球部，亦长期观察棒球部的练习。在作品中登场的车站和棒球场也按照实物描绘。

也因为这部作品的大风行，作者的母校就以这部动画的画面作为首页的宣传图。

主要登场学校

西浦高校

是本作品的主角学校，其原型是作者樋口朝的高中母校埼玉县立浦和西高等学校。西浦高校是一所公立的共学（男女合校）私服校。本学年将学校的软式棒球部改成硬式棒球部，所招收到的十名选手皆是一年级，并且聘请软式棒球部时代的校友百枝麻里亚（女性）担任监督。指导老师为志贺刚司，经理为筱冈千代。

武藏野第一高校

武藏野第一高校是本作动画版特别篇“基本中的基本”的故事舞台。是一所足球部的比赛成绩与名气皆大大优于棒球部的学校。由于无法招收到技术方面较为优秀的选手，因此在各项比赛当中往往是第一战就败北。但是从去年秋季大会开始，在阵中王牌投手榛名元希带领下，战绩大幅提升，今年夏季大会更名列C种子学校。

桐青高校

桐青高校是西浦高校在夏季大会（全国高校野球选手权大会，又称“夏季甲子园”）埼玉县大会初战（二回战）的对战学校。基督教的教会学校，中高一贯。曾于去年夏季大会获得埼玉县优胜而打进甲子园（即全国大会）。传统上，棒球部每年都会让一位高一选手成为正选；同时，除了三年级之外的选手背号都很大，则是该校的另一项传统。

三星学园

是本作主角三桥廉的中学母校。位于群马县，是“中、高一贯校”（中国台湾称为“完全中学”），采男女同校但分班的管理方式，理事长是三桥的祖父。该校高中部以体育推荐的方式招收来自他县的学生。中学时期的三桥虽然是该校棒球部中学部的王牌投手，却因为三年来一胜难求及和队友相处上的困难而度过了十分不愉快的中学生活。

此校的原型是位于大阪的PL学园高等学校。

埼玉高校

是西浦高校在夏季大会三回战的对战学校。埼玉县立的农业高校。棒球部成员共十一人，其中仅有一位三年级学生，故以一、二年级学生为主。春季大会因为社团人数不足而没有参赛，夏季大会在阵中打击率将近百分之百的第五棒，捕手佐仓大地的带领下，连过两关打进三回战。

美丞大狭山高中

是西浦高校在夏季大会五回战的对战学校。监督为两名年轻男性。其中一名仲泽吕佳则是桐青高中候补捕手仲泽利央的哥哥，另一名为滝井朋也。有三名投手，三位都并没有相当出色，但拥有各自擅长的领域。与西浦高中对战时，借由桐青捕手的帮助，充分了解并解读了西浦。

故事设定在24世纪。彼时人类在火星上进行地球化改造工程，由于两极冰帽融解的水量超乎预期，全星球有90%被海洋覆盖，因而被称为“水星”(Aqua)。在此星球上有个以过去被称为“水都”的威尼斯为范本所建造的城市新威尼斯(Neo-Venezia)，因其仿古的建筑与承袭传统的生活方式而广受观光客喜爱;而其中有一种驾驶贡多拉穿梭于运河之间、带领观光客游览整座城市的职业，称为领航员(Undine)。

出身于地球(故事中称为“行星Manhome”)的水无灯里，以成为能独当一面的领航员为目标而来到新威尼斯，在“亚利亚公司”(Aria Company)见习;身为半熟手的她，每天都持续练习操控贡多拉及观光导览。《水星领航员》便是在描写灯里以及她身旁的朋友在一年四季中的日常生活点滴。

在本作品里出现的Undine(本意为水之精灵温蒂妮)指的是专为观光导览的贡多拉操控者。能从事的只有女性，是Aqua的明星职业。

领航员手上是否有戴手套为能力的指标：见习生的手为双手套(Pair)，半熟手为单手套(Single)，能独当一面的老手则无手套(Prima)。这是因为有本事的领航员不必使用过多的力量即可操控贡多拉、手也不大会起水泡，所以也就没有戴手套保护的必要了。

Pair 升级 Single 的测验是操控贡多拉到达称为“希望之丘”的地点，而此为测验内容、其位置与路程皆禁止泄漏;要升格为Prima，虽须通过贡多拉协会特定的考验，但升级并无明确标准，一般是交由各家公司或负责指导的前辈，关于测验的方法或标准完全由主考官决定。Prima 的平均升格年龄为18～20岁，成为 Prima 后便可允许为自己取个通称。

可以自由营业载客的只有无手套，单手套需有负责指导的无手套陪同。渡船(Traghetto)则允许单手套自行营业的，费用上比起Prima 较为便宜，也是由于 Prima 所操控的贡多拉较为安全之故。灯里经常使出“不收取费用，而以朋友的名义乘船”的钻漏洞招数，因为“规则上所禁止的是单手套以下的领航员所控船之营业行为，并非禁止让人一同乘船”，而周遭的人们也会默许。此招的发明者是以消磨时间为目的而想免费乘船的看火人阿晓;动画里的发明者则是小爱，只是后来阿晓也免费乘船。此外，单手套也能以助手的身份搭乘无手套所操控的贡多拉，动画中却有身为双手套的艾里须搭乘雅典娜或晃所操控之贡多拉的场面，小说里同样也有雅典娜的贡多拉让艾里须搭乘的情况。在月刊Undine第3集(18月号)里，艾里须操纵贡多拉，却在有雅典娜搭乘的情况下接受采访，想来也是用这个招数来随机应变。

领航员的制服为统一，夏天为类似水手服的衬衫(亚利亚公司的设计有很大的不同，衬衫的前襟为西服领，只有后领还保留水手服的形式)、贴身衣则为下䙓带有开口的连衣裙，再加上帽子、鞋子、和半指手套，胸口系上领结;冬季服饰方面，从长袖连衣裙的上面、肩膀的地方披着系有领结的短斗蓬(手套的设计也和夏天不同)。每家公司的服饰花样、帽子、领结、鞋子、手套、及连衣裙下䙓的开口位置不尽相同，成为各家公司的特色。另外在袖子和帽子上则带有各家公司的标识。

初中二年级学生天野雪辉习惯远离所有人，以一个“旁观者”的角度把亲眼所见的事记录在自己的手机中。他唯一的朋友，是在梦中空想的时空神宙斯，连带着其小使魔姆鲁姆鲁。在日益的交流下，宙斯对于雪辉的价值观感到相当有趣，决定正式推行某个计划。

一天，天野雪辉发现手机的日记出现了不应出现的内容，这日记竟然记录了未来发生在雪辉身边的事，包括考试内容和遇到的危险等，拥有绝对预知的能力令雪辉感到大为欢乐。然而，雪辉亦发现自己被一位神秘的同班同学──我妻由乃纠缠着，而对方亦知道宙斯的存在，甚至也有一部未来日记，记载的是预知雪辉所有动向的“雪辉日记”。之后，宙斯将拥有未来日记的十二个人召唤到“因果律大礼堂”说明自己的计划，原来是因为掌管时空的宙斯寿命即将到达尽头，因此要利用“未来日记”来选出一位继承自己的人。游戏规则为：未来日记持有者要循着自己手上能预知未来的日记，找出其他的持有者，并展开你死我活的生存游戏，而最后生存的人将会成为宙斯的继承者，掌握支配时空的“神之座”。由于雪辉的日记有强大的无差别特性，他旋即被众人视之为头号歼灭目标。真正站在他这一边的，就只有疯狂追随的我妻由乃。

被宙斯编号为1st的天野雪辉和2nd的我妻由乃，就此一同邂逅其他持有者，亦在机缘下牵连了身边的同学和一位刑警等等。于充满背叛和苦衷的言辞中，雪辉多次在战斗中倒下，只能倚赖由乃的高度战斗力，然而我妻由乃不时显现出过分病态的一面，令雪辉不时怀疑我妻由乃的可靠性。随着游戏发展，雪辉惊觉这个一直在身边“扶持”的女孩，可能隐瞒了许多惊天动地的真相。这除了动摇雪辉的信任外，亦使他不得不直接面对世界崩坏的大事……