舞台是近向变动时代的“阿尔卡笛亚”，过去被称为理想城的这个世界，却遭到一种称为“桑纳托斯”的魔物所入侵，现在城里的居然剩下的只有不安而已。主角是晶石猎人的一员，与同伴一同接受关于桑纳托斯有关的委托，与之战斗并将之净化，帮助有困难的人们。

游戏过程是要玩家选择一位同伴共同解决不同的委托，完成委托可以同时增加幸福度及角色好感度，幸福度达到一定的数值之后才能引发主线剧情事件令故事延续下去。

玩家与每个同伴都有四个“恋爱阶段”，想要和同伴迎向恋爱结局的话，必须与该角色达到第四恋爱阶段。在处理委托的过程中，玩家可收集与攻略角色有关的“话题”，到角色的房间与角色进行赛果对话，只要能够将关于角色事件的话题连成一列，便可进入下一个恋爱阶段。

主人公日高佐菜是一位正在就读公立高中的的16岁少年。他在小学五年级以前一直生活在小镇，后来因为父母的工作关系而搬家到东京。然后，他在高中二年时再次回到这个小镇，故事就在那里开始。

经过5年的岁月，依旧的东西跟已经变化的东西，毫不客气地出现在他面前－在小时候经常冲去的小山丘所看到的风景，还有在海边被感受着海风吹着口哨，小学的校庭的铁栏的高度，在晴朗的夜晚可以见到很多的星星，然后是曾经是损友的健康的少年，还有曾经是初恋对象的少女，过去那闪亮的瞳孔。记忆跟现实的之间，或许就是一个鸿沟，各种各样的东西不断地在他面前出现，然后消失。各种各样的变化，如同尖刺一样刺向他的心。

出现在少年的眼中的人，物，事件，回忆…… 在已经过去的时间里，在新的学园生活中，他失去了什么，得到了什么。我本身，你本身原来的我，原来的你我还是我，你还是你生活在这个世界，当发觉谁跟自己很相符，他的人生踏进了新的一步。

故事便由一个误会的一个巴掌所展开－

每集列表

话数	标题	中译	剧本	分镜	演出	作画监督
1	なつかしい場所	怀念的地方	杂破业	下田正美	松田哲明	平冢知哉 曾我笃史 河野稔
2	大切なメロディー	重要的旋律		葛谷直行	佐藤豊	星野浩一
3	クッキーと小石	小饼乾和小石子		松浦锭平		曾我笃史
4	コドモじゃないよ	不是小孩子唷		きみやしげる	吉田俊司	内原茂
5	咲かない桜	不开的樱花		中西伸彰		岩佐とも子
6	オトナだもん	是大人了啦		下田正美	松田哲明	清水昌之 曾我笃史
7	先生のキャラメル	老师的牛奶糖		藤原良二	佐藤豊	星野浩一 梅村朋未
8	秘密のポスト	秘密的邮筒		松浦锭平		曾我笃史 清水昌之
9	がんばれ! アニメンジャー!	加油吧! 动画战队!		きみやしげる	吉田俊司	内原茂
10	桜のために	为了樱花		中西伸彰		岩佐とも子
11	告白	告白		藤原良二	松田哲明	清水昌之
12	赤い記憶	红色的记忆		きみやしげる	刚田隼人	星野浩一 梅村朋未
13	きずな	纽带		下田正美	松浦锭平	曾我笃史

《名侦探柯南》（日语：名探偵コナン；日版英文：Detective Conan；欧美版英文：Case Closed）是由青山刚昌创作的一部漫画，并有TV动画、剧场版、游戏、小说、广播剧、真人电视剧等衍生作品。中国大陆版权总代理为上海新创华文化发展有限公司。