第1季

天才黄金脑(Phi-Brain)是指拥有黄金比例大脑之人，而主角大门界人作为Phi-Brain的候补者之一，为解开传说中的“神之谜题”而展开一场冒险。热爱解谜的私立路德学园高一学生大门界人，在偶然的机遇下挑战了潜藏在学园近郊地下遗迹中的“不可解之谜”，那是由神秘的智囊集团POG所制造的、招致生命危险的“贤者之谜”。被真相激怒的大门界人漂亮地攻克了贤者之谜和愚者之谜，意外地从中获得了“Solver(解答者)”的指名。于是大门界人与青梅竹马的少女井藤野乃叶以及其他拥有解答者身份的同伴们一起，以存在于世界各地的“贤者之谜”和“愚者之谜”为舞台，与POG展开解谜对决。

第2季

与POG结束战斗的界人及同伴们，不断挑战世界各地馀下的愚者之谜并过着和平的学园生活。

有一天，持有俄尔甫斯手镯的谜之团体“Orpheus Order”将整个路德学园封锁了。

接受了从Orpheus Order发出挑战的界人，在学园内的制裁之谜内与普利谢尔对决。可是，之后等着他的，是被由复制的俄尔甫斯环操控着的路德学园学生所制作的致命谜题。

第3季

在Orpheus Order之战后，成功晋级并开始了平稳的学生生活的大门界人面前，新的敌人莱赛尔出现了！

第2轮的挑战开始了！握有关键的是挑战“神之谜题”的男人——真方仁。而最终界人是否能掌握“仁的真实”呢？

故事以现代学园为背景，星奏学院是一所分有普通科和音乐科的高中。两个学部有着极大的分别，无论校舍、校服、课程都各自为政。修读普通科的日野香穗子是个平凡的女孩子，充满阳光气息，无论遇到事情也会率直面对。一日她意外的看见音乐精灵利利，任性的利利便趁香穗子迷迷糊糊时把魔法小提琴强行送予她，并软硬兼施逼使她参加学校的音乐演奏会。这个小提琴的特点是使用者不需任何技术都可以演奏出美妙的音乐，但使用者的心情需与小提琴共鸣才能弹奏。而一起参加比赛的其他五位成员都是来自音乐科的精英，其他无法参赛的音乐科学生对于香穗子这个普通科学生的加入也大感不忿。而同时要保守魔法小提琴的秘密对坦率的香穗子亦十分困扰烦恼。

漫画版的剧情中，在只学了小提琴七天的情况下，香穗子意外揭穿临时的钢琴伴奏想要蓄意失踪的计谋，香穗子只好硬著头皮没有伴奏的情况下表演，最后幸运地得到土浦的帮助才没有失礼于人前，但因为只是临时组合表演水准差强人意。不过可幸的是音乐科的同学开始接受她，也使得土浦成为第七位参赛者。

游戏初代的主要过程是要玩家在每回比赛前的期间，限时内于校园中找寻乐谱跟诠释方法的音乐精灵，并加强练习以增进自己的小提琴能力，渡过为期共四轮的音乐比赛。在这段期间，玩家过程中可以跟参加比赛的成员等角色萌生恋爱和友情的种子。练习过程、角色之间的相处互动、比赛结果等都是影响亲密度与对手值的极大要素。

到了二代，游戏则进化成要与过去的比赛敌手一同合奏让演奏会成功。故事舞台是在一代比赛结束后的秋～冬天，玩家要与原本是敌手的男性角色一同练曲，以完成各项演奏会的目标。比起前作，二代加入了更多日常校园生活之描述，以及友情恋爱方面的要素。除了要提升自身的熟习度外，与合奏伙伴的练习在二代成为非常重要的关键。二代也加入了两个新角色：转学生加地葵&理事长吉罗晓彦。

各话列表

第一季：金色琴弦～primo passo～

无法置信的前奏曲(ありえないプレリュード)

前途多难的嘉禾舞曲(前途多難なガヴォット)

匿名希望的萧邦(匿名希望のショパン)

心情迷惘的华尔滋(迷い心のワルツ)

赤脚的颤音(裸足のヴィブラート)

忐忑不安的波卡舞曲(胸騒ぎのポルカ)

秘密的二重奏(秘めやかなデュエット)

心连心的卡农(こころ紡ぐカノン)

安祥的协奏曲(安らぎのコンチェルト)

孤高的演奏名家(孤高のヴィルトゥオーソ)

白与黑的慢板(白と黒のアダージョ)

内疚的极弱音(後ろめたさのピアニッシモ)

无法替代的旋律(かけがえなきメロディ)

少女情怀的奇想曲(乙女心のカプリチオ)

心动的咏叹调(高鳴る胸のアリア)

骗人的小提琴(うそつきなヴァイァ￡ン)

焦躁的渐强(焦躁のクレッシェンド)

伤心的组曲(傷心のパルティータ)

失落的帕望舞曲(失くした心のパヴァーヌ)

欲哭的回旋曲(涙色のロンド)

再次,行板(もう一度、アンダンテ)

为你而奏的号声(君のためのファンファーレ)

我们的装饰奏(俺たちのカデンツァ)

满足的和声(心満たすハーモニー)

爱的圣母颂(愛しのアヴェ?マリア)

SP < 特别编 > . 夏的安可曲(ひと夏のアンコール)

第二季：金色琴弦～secondo passo～

第一集 第一乐章 于2009年3月26日放送

第二集 第二乐章 于2009年6月5日放送

前田一也(岛崎信长 配音)是一个过着平凡生活的高中生，但当他从父亲那里获得了一台数码照相机后，前田平凡的生活划上了休止符。对于照相机强大的功能，前田兴致极高，但照相机必须有被拍摄的对象才能产生价值，那么个性耿直善良的前田会将谁作为拍摄的对象呢?

品学兼优在学校有着极高人气的学院偶像新见遥佳(伊藤加奈惠 配音)，行事严谨个性严肃的学生会长室户亚岐(中原麻衣 配音)，个性内向沉默寡言的可爱少女早仓舞衣(金元寿子 配音)，温柔贤惠成熟可人的料理能手柚之木梨奈(大龟明日香 配音)，随着前田不断的按下快门，这些漂亮的女孩子们逐渐聚集在了他的身边。