闪电十一人
第一季—明日之星足球大赛篇
故事一开始，主角圆堂守就读于雷门中学，一开始雷门是一个很弱的足球学校，非常热爱足球的圆堂创立足球社。但是由于社员人数严重不足加上帝国学园也向雷门提出友谊赛的 情况。圆堂辛苦的招募球员终于找齐十一个人，开始和帝国学园比赛。于是由于雷门中学的兴起，雷门中学决定进军“明日之星足球大赛”。经过一番的特训与决斗，雷门终于打败拥 有神之水的世宇子国中得到全国冠军。
第二季—威胁的侵略者篇
雷门足球队获得全国冠军后，一颗黑色的足球摧毁雷门中学。这是自称外星学园的人们的战帖。然而，雷门开始和外星学园战斗，一开始是先和由雷杰带领的“双子星风暴”战斗 ，经过了多次挑战，终于打败双子星风暴，但是，接下来等著圆堂等人的是第一层级的极限零度、最终层级的太阳火焰和钻石冰晶，还有最后的创世纪。圆堂等人为了阻止外星学园到 日本各地寻找高手组成最强的足球队跟外星学园展开交战。
第三季—迈向世界的挑战篇
打败外星学园的雷门中学在某日突然号召全日本最强足球选手，圆堂、风丸、鬼道、豪炎寺、吹雪、浩人(外星学园最终层级队伍-创世纪的前任队长- 古兰)、染冈、栗松、土方、绿川(外星学园队伍-双子星风暴前任队长-雷杰)、目金、纲海、立向居、木暮、壁山、武方胜等皆有受邀参予国家代表选手选拔比赛，还有新的队员 有受邀，飞鹰征矢、宇都宫虎丸、不动明王(真·帝国学园前任队长)。比赛规则是：二十二人分为两组，一组由十一个人比赛，而且不可使用团体必杀技(两人以上所组成的招式) 。入选的有：圆堂守、风丸一郎太、鬼道有人、豪炎寺修也、基山浩人、栗松铁平(后来因为脚伤回日本修养，吹雪回归闪电日本)、土方雷电、绿川龙次(后来由佐久间代替上场) 、吹雪士郎(后来因为脚伤在日本修养，由染冈代替)、纲海条介、立向居勇气、木暮夕弥、壁山塀吾郎、飞鹰征矢、宇都宫虎丸、不动明王，共计十六个人创立“闪电日本队”(I nazuma Japan)。之后“闪电日本队”以日本代国家表队跟世界各国的代表队进行竞赛，经过不少的挫折与挑战后终于获得世界冠军。
闪电十一人GO
第一季—第五院篇
前作主角圆堂守所率领的日本代表队“闪电日本队”在FFI(Football Frontier International)世界大赛获得优胜的10年后，一位最喜 欢足球的少年松风天马因为憧憬圆堂等人的闪电十一人，于是进入雷门中学加入雷门足球队。不过那时受到社会高度评价而且人材辈出的足球队却已经消失，而让足球完全腐败。不知 为何全国足球被叫作“第五院”的组织所控制，如果不依照他们的指示踢球就不能比赛。而“第五院”的种子选手剑城京介只以一人之力就将整个雷门足球队打得遍体鳞伤。于是他们 为了找回十年前的足球精神，新雷门十一人们将要和成为雷门足球队教练的圆堂一起共同奋战……
第二季—时空之石篇
在神圣之路(HOLY ROAD)的决赛完结之后，天马某日回到雷门中学却发现虽然是同样的学校但足球社不存在，足球部的队员都说他们从未踢过足球。此时信助劝天马加 入别的部社，面对像平行世界般的现象，天马觉得非常困惑。在这个时候一个神秘的少年阿尔法(アルファ)出现在天马面前，并要从天马夺去足球。在与阿尔法(アルファ)争夺足 球的期间，天马误入一个奇怪的空间之中，在那里，天马看到的是没有足球的世界，并且中学时代的圆堂与剑城优一一同来到未来，面对著未知且强大的敌人，天马等人要将如何应付 ……
第三季—银河篇
时空之石事件之后，在神圣之路大赛足球场即将举办全新日本闪电十一人选拔，在获选的选手中，除了天马、剑城以及神童外，全是其他学校从没碰过足球的新手!?他们要如何 整顿球队迎接世界的挑战呢?
闪电十一人 阿瑞斯的天秤
第一季—阿瑞斯的天秤篇
时间线坐落在第一部作品后的平行世界。雷门中学足球队在Football Frontier大赛中取得优胜，外星学园并未出现及袭击雷门中学，FFI世界赛未登场，雷 门于亲善纪念赛对上西班牙少年联盟冠军队伍，以0比13惨败，雷门众人感受到不同次元的强大，为了未来的世界赛，与逼出寄宿著神秘力量的存在和强化全国少年足球总体实力， 雷门Football Frontier大赛的夺冠成员全员以强化委员之名义，被分散到各地的国中，此平行世界的中学足球队必须有赞助商才能营运足球队。之后，在伊那国岛 有一群热爱足球的中学生，因为伊那国中学的校长觉得伊那国岛无法继续追随足球的热潮加上毫无经费请赞助商，从而废止足球部。突然有个神秘赞助商表示，要是他们转入雷门并且 赢过一场的话，就提供伊那国赞助。主人公们认为这是他们最后的机会。为了证明他们对足球的热忱，决定前往东京入读雷门中学参加比赛。作品剧情将从三位主要角色稻森明日人、 灰崎凌兵、野坂悠马的视角个别展开，故事将围绕著阿瑞斯天秤的力量而出发。
第二季—猎户座的刻印篇
飞向世界!最强的十一人开始!最后“迈向世界的大门”开启了!足球日本代表“闪电日本”终于宣布了! 其中包括稻森明日人，灰崎凌兵，野坂悠马。 来自不同学校的菁英选手聚集在一起。 此外还增加了一个与海外日本籍选手一起比赛的新手“一星充”，现在国家足球队日本代通往世界的船将驶向大海了。然而等待著是远远超过他们预期的试炼。 神秘的组织“猎户座的使徒”，策略，背叛，冲突---。 大家期待的世界足球大赛FFI(国际级水平明日之星足球大赛)现在开始。闪电日本!飞向世界!
闪电十一人 英雄们的伟大之路
原预计在 2018 年发售的《闪电十一人》系列最新作《闪电十一人 阿瑞斯的天秤》，经过多次延期后原预计在 2019 年内发售，如今宣布再度延期至 2023 年发售，并同时将本作更名为《闪电十一人 英雄们的伟大之路(イナズマイレブン 英雄たちのグレートロード)》。
Level-5 表示，因游戏在开发过程中遇上数个问题，导致本作在还没发售动画就已经先播完的情况，对此感到非常抱歉。同时表示，原先除了本社之外还委托了外部公司 一同协助开发本作，但今后为了追求更好的游戏品质，决定改由社内自行开发。
也因此，本作将由原先标题《闪电十一人 阿瑞斯的天秤》改名为《闪电十一人 英雄们的伟大之路》，除了原本以《闪电十一人 阿瑞斯的天秤》为基础设计的内容之外，还会另外新增篇章，让过去角色在本作中登场。
作品以爱情来临前的孤独——“孤悲”来呈现“恋爱”的主题。梅雨时节，以成为鞋匠为目标的高中生秋月孝雄与神秘的女性雪野百香里，在雨中的新宿御苑中相遇。故事以女性留给少年的一段《万叶集》诗句为契机，就此开展……
故事以15岁高中生，秋月孝雄翘课来到新宿御苑内为开端，此时的东京随着入梅而开始进入雨季。喜欢雨季的孝雄为自己规定仅在雨天的上午翘课，他以成为制鞋师为目标，到庭院内来也是思考设计鞋子并画出草图。这一次孝雄在亭子里与神秘的女性雪野百香里邂逅，27岁的她翘班来到庭院内饮酒并配以许多种类的巧克力，有时她也会看书。在雪野注意到孝雄的校服后转身离去，留下了一首让孝雄不解的、出自《万叶集》的短歌。自此以后，雨季早晨的新宿御苑内的那座亭子便成为他们二人短暂交谈的地点，两人逐渐产生超越年龄的情愫。
为了表明对雪野的情意，孝雄开始专心于打工赚钱，并打算制作一双与雪野的脚相同尺寸的鞋。然而，随着雨季的结束，两人之间也逐渐浮现许多阻碍。暑假落幕后，孝雄意外在学校遇到雪野，发现她是校园里任教古文的教师，与此同时雪野因为校园女学生相泽造谣毁谤陷入困境，导致孝雄为了替雪野抱不平而和同校学生爆发肢体冲突。两者再约雨亭相谈期间，天气骤变成暴雨，雪野带着孝雄返回自己居住的公寓稍作歇息，孝雄鼓起勇气向雪野表白，但因为后者特意回避的举动，让按耐不住心绪的孝雄向她喊出内在的心声，终使得雪野不再逃避自己的内心，感谢对方让她拥有再度向前的勇气，紧抱着孝雄放声大哭。
故事近尾声，雪野因为无法再承受校园学生的造谣毁谤，辞去教职离开东京后，返回故乡四国的学校任教。孝雄因为多度翘课造成学业成绩受影响，仍为了成为制鞋师的梦想在课余打工赚钱。最终孝雄于冬季飘雪的日子收到雪野报备近况的来信，再次抵达两人曾经交谈的亭子，留下亲手制作的女鞋，离去之际期盼著未来能和雪野再次相会。
某天地球上空出现了无数网球大小的孢子，这些孢子飘落到物体上便裂开，外表像蛇的生物从孢子中爬了出来。
其中一条“蛇”爬进了一间屋子里，并逐渐向一名熟睡的男子头部接近，然后从男子的耳孔爬入。男子随即惊醒，并且无法自制地五官扭曲，从口中发出“格格”的怪声。妻子因男子的怪异行为而惊醒，询问发生何事。而此时男子便静静地睡着了，不再有痛苦的表情或怪声，妻子也不再深究，不久亦入睡。
镜头一转，故事的主人公——平凡的高中生泉新一正在床上听着随身听，此时有一条“蛇”从窗外悄悄爬进屋中。但因为新一戴着耳机，“蛇”决定从鼻孔进入新一的头脑。新一因为有异物钻进鼻孔而打了个喷嚏，看到“蛇”的时候吓了一跳，并打算以报纸把那条“蛇”打死。正当新一全神贯注防备时，那条“蛇”突然跳向新一的头部，他本能地以右手阻挡，“蛇”于是钻进新一的右手里，并不断往上爬，新一立即以耳机的电线捆着手臂，阻止“蛇”的行动。就在这时，被新一房里的声响吵醒的父母走进房间，他们对新一所说的有蛇钻进他手中表示怀疑。新一亦在此时发觉右手已无异样，不觉得痛，因此也上床就寝。
到了早上，镜头回到被“蛇”钻进耳朵的男子，只见他在镜子面前，不断做着各种各样的奇怪表情。不久妻子叫他要吃早饭再去上班，该男子突然双手按著妻子肩膀，口中慢慢地吐出“吃…早…餐…”三字。只见男子的头部突然裂开，宛如盛开的百合，带着成排的尖牙，整个朝妻子咬噬而去，妻子顿时身首异处，血花四溅。
镜头回到右手被入侵的新一，自学校回家的途中，他的右手也开始变得怪异，例如自行变换形状、不听使唤地四处扰人等等。右手甚至在电车上惹火了一群不良少年，又自动把他们全部收拾了，新一感到异常惊愕。回到家后，他尝试以小刀插向右手，却发觉右手已没了感觉，而在此时，右手的食指和中指之间突然裂开，变成了一张淌血的嘴，中指和无名指变成了眼睛，那“右手”甚至口吐人言：“遗憾…我…右手…失败了。”新一问道自己的右手在哪，那生物表示右手被它吃掉了，新一打算再次以小刀攻击它时，它动作利落地把小刀接下并把部分刀片折了下来，射向新一背后的天花板，吓得新一浑身颤抖。它告诉新一自己还不太会说话，希望新一教他。
从此开始，新一就与这奇怪的生物共存，虽因无法向任何人吐露真相而非常困扰，他与这生物之间的关系却也渐渐起了微妙的变化。同时，这生物的同类也接连出现在他们面前……