主人公恒为了寻找离家出走而下落不明的哥哥·巧美而奔波着。可是当他与哥哥重逢时，却发现巧美成为了美国侦探事务所的所长，完全没有跟他回家的意思。而同样不想回家的恒，也不情不愿地进入这家事务所开始打杂。

14岁的初中生楠本赖子性格阴暗，没什么朋友。有一天，班上才色兼备的美少女的柚木加菜子突然对她说道“我们是对方的转世”。因为加菜子常说些不可思议的事情，并且经常读很难的文学杂志，赖子一时不知如何是好，不过内心孤独的二人逐渐变得亲密起来。二人约定乘坐最后一班列车去看湖，可是加菜子却在中央本线武藏小金井站的站台被人推下，并被列车碾过。

那辆列车正好乘坐着在下班路上的刑警木场修太郎。修太郎将加菜子送到医院，在那里他看到了加菜子的姐姐阳子。阳子和他暗恋的女优美波绢子长得一模一样。

受伤濒死的加菜子被送到谜之研究所，并且受到集中治疗。

这时，多摩地区一带，发现了很多被分解的尸体。为这个事件取材的记者中禅寺敦子和陪同的小说家关口巽、杂志编辑鸟口守彦在森林迷路了，并发现了谜一般的建筑。那是一个正方形的巨大的“匣子”。加菜子正是在其中接受治疗。

此时，在严密的戒备下之中，应该在接受治疗的加菜子忽然失踪了...

每集列表

讲述冈岛绿郎，本来是一位普通的日本公司职员，在一次运送公司违法资料的途中被绑票，期间向公司求助时被公司抛弃后在一个名为黑礁商会的佣兵船队里做见习水手的故事。故事的地点设在一个虚构的泰国海滨城市——罗阿那普拉（Roanapur）。黑礁商会的雇主多为聚集在罗阿那普拉的各个黑帮势力，任务一般是在海上运送各种各样的“货物”或协助别人逃跑。黑礁商会主要的运输工具是一艘配备鱼雷的海上快艇。

本作包含大量对暴力和犯罪的描述，同时亦加插了些许黑色幽默。从故事的背景设定以至角色和其对白都可以看出作者对科恩兄弟和昆廷·塔伦蒂诺等导演，与及暴力美学的致敬。同时基于作者对枪械的浓厚兴趣，在黑礁里出现的各种武器和运输工具大部分都在现实中存在的。而在动画中对武器的描写也非常细腻，因此黑礁无论是漫画抑或动画均受一部分军事、枪械迷爱戴。

世界观设定

黑礁商会

罗阿那普拉当中小有名气的运输业者，与大部分组织的关系良好，目前成员只有四个人，主要的受雇工作内容大多都是以运输军火和窃取重要文件等非法物品运输业务为主。

莫斯科大饭店

俄罗斯黑手党，为罗阿那普拉众多黑帮中最强的势力之一。，在罗阿那普拉的分枝由巴拉莱卡带领，成员大多为前苏联红军。

三合会（中国香港黑帮三合会罗阿那普拉分部）

在罗阿那普拉担任调停以及联系各帮派的和事佬角色，与莫斯科旅馆和黑礁商会的关系良好。

暴力教会

当地的一家教堂，由神职机构以及慈善事业的掩护下进行军火走私以及毒品贩卖，为故事中当地最大且唯一被其他黑帮所同意下经营的军火供应商，所有神职人员都一律配带武器，此处为中立地带，任何擅自以武力攻击此处者都会遭受毁灭性的反击。

裴洛基欧家族

罗曼阿普拉的意大利黑帮，由于无法在当地占据有利地位而被祖国的总部施压，原本打算以汉赛尔与葛丽特打乱平衡，趁机占有一席之地，但计划失败后打算将双胞胎灭口，却反被汉赛尔与葛丽特全部铲除。

国家社会主义白人团结党

美国的少数派激进政党，信奉纳粹主义，企图建立新纳粹的势力。

鹫峰组

日本东京的黑道组织。

香砂会

和鹫峰组同为加盟和平会的黑帮。

真主党

存在于现实的伊斯兰教恐怖组织，为黎巴嫩的主流党派之一，立场上与以色列敌对，较为同情巴勒斯坦，因此多次与以色列隔空交火，甚至支持对以色列进行恐怖攻击的巴勒斯坦解放组织（PLO），令临近的沙特阿拉伯和约旦敌视。