2003年，在英国威尔士梅尔帝亚纳魔法学校学习魔法并以第一名毕业的涅吉·史普林菲尔德(ネギ·スプリングフィールド)(虚岁10岁)，目标是成为像他爸爸一样的“伟大的魔法师”(Magister Magi)。毕业的修业课程是“a teacher in Japan”——被指派到日本埼玉县麻帆良学园担任实习教师。想不到，他竟然被分配到“女子中学”，到有31个人的问题班级“2年A班”(2-A)担任班导师……

日本的御宅族文化在神秘组织“SSC”出现后遭到镇压，此时一位热爱御宅族文化的男子“御宅英雄”与仰慕他的三名魔法少女一起率领御宅族们挺身反抗SSC，双方展开一场壮烈的战斗。

2008年——因一股神秘的力量出现，

日本的动画、游戏、漫画、音乐、铁道、cos等御宅文化被消灭。

就这样，在维持秩序的「SSC」维护下，御宅文化几乎消失殆尽。

为了夺回御宅文化，比任何人还深爱秋叶原以及御宅文化的「御宅英雄」，

以及崇拜他的3名魔法少女「安那其」、「Blue」、「Pink」举起反旗。

舞台为2011年的日本，秋叶原革命军与SSC首领「SHOBON」展开激战。

“现代视觉文化研究会”(現代視覚文化研究会、The Society for the Study of Modern Visual Culture)，简称“现视研”(現視研)，是一个以研究动漫等综合性现代视觉文化为成立宗旨，但实吃喝玩乐之行的社团。主角笹原完士在成为大学新鲜人后，跟同为一年级新生的重度御宅族高坂真琴一起加入了现视研。但在都是“御宅族”的社团活动中，高坂的青梅竹马春日部咲对其展开攻势;即使与其交往之后发现了高坂的“御宅族”真面目，仍不放弃将他拉回正道，因而成为社团的常客。漫画《现视研》，即是活生生的描写大学内动漫社团里的日常生活与人际关系的作品。

坊间对于“御宅族”在外表、行为模式、与异性间的互动情形等面向上往往具有刻板印象;然而本作对此族群的描写呈现多样化，被部分动漫爱好者认为较为接近真实状况。