在过去的一场大战中，传说的英雄小双侠打败了恶党杜伦布贼党赢得了胜利，并将骷髅兵卫和多龙芝三人组放逐至边疆，之后为了世人的安全而在北国建立了双侠王国，但随着时间过去，双侠王国已变成一个排外且不允许外人随意接近的封闭国家。

经过多年以后，在双侠王国外海的边境地区，一名九岁的少女，同时也是身为多龙芝后代子孙的蕾帕特，注视着代表正义的一方“小双侠”所统治的“双侠王国”，为了想要治好生病的母亲而想要向小双侠求助，而与世代服侍自己家族的伯尔特卡切和艾列潘图斯企图前往双侠王国，但难以预料的是海上出现了巨型的铁墙阻挡了他们，并出现了酷似小双侠的二人组(小双侠兵)将他们给拒之墙外，而且还毫不留情的对他们开枪，使得蕾帕特一伙人不但无功而返，母亲也因为等不到特效药而病逝。

经过这次失去母亲的伤痛后，本来对小双侠颇为景仰的蕾帕特对小双侠的正义使者传说产生了怀疑，认为也许小双侠才是真正的坏人，而身为祖先的杜伦布贼党才是为了对抗他们的存在的正义使者，而继承了祖先的名字“多龙芝”，与身为祖先部下伯亚基的子孙伯尔特卡切，以及另一个部下东兹拉的子孙艾列潘图斯，以打倒小双侠的后裔为目标重组了的新生杜伦布贼党。

各集列表

主角变更

本作的世界观与过往不同，舍弃了时空母舰系列惯例中以主角双人组对决敌方三人组的设定，而是将主角换为敌方三人组，而本次的反派设定改变为“杜伦布贼党一伙的末裔”。

声优变更

在过往时空母舰系列中，都会按照惯例请小原乃梨子、八奈见乘儿和立壁和也来为敌方的三人组配音，本作也舍弃了此惯例，将“杜伦布贼党一伙的后裔”的配音全面更换，让喜多村英梨、平田广明和三宅健太来为“新生杜伦布贼党”配音，而因为喜多村英梨之前就有为格斗游戏‘龙之子 VS. CAPCOM’中的小双侠一号配音的经验，所以获选为本部动画女主角蕾帕特的配音者。

另外敌方三人组的上司“骷髅兵卫”，为原作与2008版本配音的泷口顺平已于2011年去世，所以本代配音也换成了堀裕人。

善恶立场逆转

小双侠所建立的双侠王国在经过世代更替后，与杜伦布贼党的善恶立场对调，其后裔也变为反派。而正反派两方的立场逆转在时空母舰的第八部作品《怪盗小双侠》中已有前例，而自本作开始再次使用。

《GATCHAMAN CROWDS》剧中设定每一种生命体都有独自的精神性特异能力，只要利用高科技就能够把这股能力转化为实际的能量物体‘NOTE’。把‘NOTE’原生能量提炼且制作成功的强化服装，即是科学小飞侠“G team”的战斗服。在地球上活跃的科学小飞侠，成员均来自‘评议会’派遣过来的宇宙人、具有潜在特质的地球人。他们的首要任务是保卫地球的珍贵资源和地球人的生命，以免落入企图入侵地球的外星罪犯之手。只不过他们最近接到评议会的指示，开始着手调查一种神秘的存在‘MESS’……

第1期

故事发生在虚构的日本第二首都——2015年的东京都利川市，在高科技的应用下智能手机和社交网络已经成为和人们不可分割的一部分.不过在城市中出现了麻烦与骚乱的未知存在“MESS”，而主角一行则是作为解决此事的“Gatchaman”，利用特殊的笔记本“NOTE”将灵魂的特殊能力实体化为铠甲，并利用这种力量介入事件，维护城市的和平。但同时网络社交媒体“GALAX”也已经悄然对城市有所改变，而“GALAX”的一位名人“LOAD”并不认同“Gatchaman”为城市和带来的意义。通过“GALAX”，不同职业和身份的“GALAXER”——“GALAX”的用户可以各司其职的帮助周围的人，每当“GALAXER”遇到困难时，他们能受到软件自带的人工智能“X总裁”的指导，掌握紧急事件的状况、保持冷静并尝试通过自己和周围的人解决事态。“GALAX”称其为“更新”，GALAX的创立者想通过这个方式创立理想的横向社会。

由于“LOAD”对“Crowds”能力的错误把握，导致了本季故事的最大危机。

第2期

在立川事件过去一年后，CROWDS的力量在日本首相菅山的推广下已经遍及全民，但仍然有对此感到不满的声音存在，其中最为活跃的是一个名叫“VAPE”的组织。他们使用与普通的蓝色CROWDS相对的红色CROWDS引发各种恐怖袭击，使得人们对于CROWDS的不信任感加强。

另一方面，长冈市突然降临了不明飞行物，乘坐它的是名叫杜兰莎的外星人。而居住在长冈、梦想成为英雄的普通少女·三栖立翼，则被选拔为新的GATCHAMAN。

某天，一封招待信送到一群少女们的手中。这个招待信可不一般，那是融合了时尚、舞蹈、音乐等的孩子梦想的“美妙天堂”(プリパラ)世界入场券。在那儿，每天都可以参加唱歌、跳舞、时尚的竞赛，而比赛实况也将通过电视和网络向全世界播出。如今的顶级偶像也都是从“美妙天堂”当中诞生的。

主角啦啦和他的朋友们也对于“美妙天堂”的世界充满兴趣。不过啦啦的学校却禁止小学生参加这些活动……然而，因为一次奇妙的契机，啦啦第一次走进这个传说中的世界，结果还登上了比赛的舞台。那么啦啦的“美妙天堂”出道演出究竟会如何呢!?

第二季

时隔不久，“美妙天堂”的新地区开放了!

在被取名为“梦幻剧场”(ドリームシアター)的表演会场，魅力所引领命运的五人组合，献上最好的演唱会，并为最盛大规模的活动“美妙天堂梦幻游行”(プリパラドリームパレード)拉开了序幕。“美妙天堂”的偶像们将会遇上兴趣盎然的新故事。被命运选中的五人将会是谁呢?

第三季

小学生偶像的闪亮故事终于进入“神级偶像篇”!这一次啦啦竟然当上了妈妈?谜之小宝宝“茱露露”的登场在美妙天堂引发了大骚动!另一方面，一个全新而神秘的三人偶像组合“TRIANGLE”来到了美妙天堂，为美妙天堂注入了一股前所未有的新风潮!