为对抗残暴罪犯，存在着警察无法应对的治安危机的世界之中，出现了一种弥补警察不足的武装侦探，在法律限制内解决个人或组织的委托，通称“武侦”。2009年，东京武侦高中是专门培育武侦的特殊学校，学生的义务是必须携带枪械与刀剑，在这所学校侦探科二年级的男主角远山金次，被自己所拥有的某种特殊体质(一种会在某种契机之下使大脑细胞高度活性化，并且附带某种奇怪的副作用)所深深困扰著，对于这一点他始终希望对其他人保密，只祈求能过平凡的校园生活…
可惜事与愿违，二年级的远山金次在某天上学途中被卷入一起“武侦杀手”的炸弹魔攻击，在身处绝境时，一位美少女从天而降，从此金次与强袭科的超精英─S级武侦神崎·H·亚里亚相遇(外表可爱、身材娇小却非常有能力，同时也是个狂暴并富有攻击性的女孩)，就这样，被迫与最强武侦亚里亚组队的金次，开始了面对凶恶罪犯的日常生活，而他冀望的平凡生活也逐渐远去…
武侦相关
武侦(武装侦探)
为了对抗凶恶化犯罪而新设的国家资格。
武侦等级由低到高为E级、D级、C级、B级、A级、S级以及R级。
S级的评定标准是可以单人对战一个特种部队中队。而R级则可以对战整个大队，甚至可以单人灭掉一个极小国的全部军队。
S级的人数极少，R级更是全世界仅有七名的强者(取Royal字的头字R，代表其实力足以单独保护国家元首或王室)。
E级之下，还有一般不会用到的F级。
超侦
泛指使用超能力进行搜查及作战的武侦。
超侦以G为等级，G后面会有带有数字，数字越大代表能力越强。
双武者
会使用双刀、双枪或是任何双手同时使用武器技巧的武侦通称。
亚鲁卡达
在武侦之间广泛流传的一种近身格斗技的通称。
在防弹技术长足进步的时代，多数的手枪弹药已经无法打穿武侦所穿着的防弹衣，而两名穿着防弹衣的武侦之间发生近距离格斗战时，手枪不是一种贯穿杀伤性武器，而是作为一种重击武器被使用(被击中虽然打不死，但还是会很痛)，这种战斗就被称为亚鲁卡达。熟练的武侦甚至能利用手枪的冲击力加速或是改变身体轨迹。
不只是手枪，多数拥有双武者称号的武侦也会交替使用小刀或是匕首等近身武器作战。
武侦宪章：
武侦宪章第一条：相信同伴，帮助同伴。
武侦宪章第二条：与委托人订下的契约，必须确实遵守。
武侦宪章第三条：要有实力，不过在那之前，必须先走在正道上。
武侦宪章第四条：武侦应当自立自强，对方没求援就不该出手干涉。
武侦宪章第五条：行动快速。武侦必须以先发制人为第一宗旨。
武侦宪章第六条：自我思考，独立行动。
武侦宪章第七条：凡事要做最坏的打算，乐观去行动。
武侦宪章第八条：任务必须彻底完成。
武侦宪章第九条：放眼世界。展翅高飞，不分国籍人种，共同奋战。
武侦宪章第十条：不要放弃，武侦绝不放弃。
(此宪章是以作者在高中时的母校校训为蓝本，并加以修改而成。)
注意：此为作品中国际武侦联盟创立的宪章，与日本武侦法不同，勿混淆。
四月十日。春假在昨天结束，今天早上就是所谓的开学日。五河士道被可爱的妹妹琴里吵醒后，原本以为今天也会如同往常般度过平凡的一天;直到他遇见一名被称为“精灵”的少女，伴随着一阵突如其来的冲击波，街道就这样消失得无影无踪。在宛如陨石撞击而变成环形山的街道一隅，一名少女正站在坑洞的正中央。“你也是来杀我的吧?”摧毁世界的灾难、充满谜团的怪物、被世界否定的少女。阻止这一切的方法只有两种：歼灭或对话。身穿军服的琴里对士道说：“所以你必须与精灵约会，并且让对方迷恋上你!”新世代“Boy Meet Girls”故事，隆重登场!
精灵(精霊(せいれい))
在与这个世界相异的邻界存在着神秘的生命体。关于其产生的原因与存在的意义至今仍被谜团所包覆，并且在战斗上拥有强大的能力，而当之出现在这边的世界之际，会引起被称为空间震的大爆炸，人类便将这些引发特殊灾害的特定生命体，当成是天敌般的存在并畏惧著。
精灵的外貌性格各不相同，但共同的特点是，都具有强大的战斗能力。其战斗力来自每人独有的被称为“灵装”的力量服装，以及被称为“天使”的独有武器。小说中借用了卡巴拉(生命树)的概念，生命树的十大要素质点与精灵一一对应，精灵名字中的数字为质点编号，天使名为质点守护天使名，灵装名为质点神名。目前得知的精灵除威斯考特外皆为女性，且外表皆为年轻少女，实际年龄不明。
根据二亚所言，所有精灵原本可能皆是人类。而从澪口中证实，除十香外，其他精灵均为吸收灵魂结晶的人类。在三大“罪人”艾略特·伍德曼、艾萨克·威斯考特、艾莲·梅瑟斯的不明目的下，创造出了第一个精灵。变成精灵后，身体将不会再成长，不过被封印的精灵能够正常的成长。
空间震(空間震)
当存在于邻界的精灵现界时，会造成空间的剧烈摇晃及造成损坏的大爆炸，空间震即此一状况之统称。在爆炸中心的建筑物及地面设施都会像火山口一样被消灭殆尽，而周围也会因为爆炸的产生而蒙受损坏。最初一次空间震发生于30年前，造成了近1亿5000万人的死伤人数，被称为“欧亚大空灾”(ユーラシア大空災)，其后世界各地皆频繁发生此一现象。而在那之后的六个月──南关东大空灾之后就像平息似的，不再发生空间震。但是在5年前，在士道他们所居住的天宫地区又开使发生此一灾害。在爆炸“余震”到来以前，会发生名为“空间的地震”此一征兆现象，就如把石头丢入水中会有涟漪，涟漪就是空间震。
一般人并不清楚造成此一现象的原因，知晓此现象的仅有以对付精灵为目的的AST、SSS及DEM公司与以保护精灵为目的的〈拉塔托斯克〉Ratatosk。另外也有精灵现界但却没有发生空间震的情况，造成此一现象的依然成谜。
再者，也存在着依据精灵自身的意识所引发的空间震，当引发的空间震的规模与另一空间震相同时则可以被相抵销。
现界、消失(現界、消失(ロスト))
当平常在另一个相邻的世界休眠的精灵出现在人类世界的情况被称之为“现界”，而当精灵从人类世界返回相邻的世界实则谓之“消失”〈LOST〉。在邻界休眠的精灵由于不知名的原因被人类世界“拉扯过来”伴随着“现界”的现象引发而产生空间震，经过一定的时间后再“消失”返回邻界。发生这样的现象不仅无关精灵本身的意志，而且精灵也不知道产生的原因。而“现界”的情况又依据空间震的产生有无而划分定义为2种，其前者(有产生空间震)的情况被称之为“通常现界”，而后者则称为“静穆现界”，但同样无法得知产生现界差异的原因。
通常现界后的精灵，必定会遭遇AST的袭击。也不知是否有与此有关，在与AST有交战的状况下，与本人意志无关的“消失”现象会发生在较短的时间内，当“消失”现象产生，AST的该次精灵讨伐作战行动旋即告终。但是，也有不被AST观测到的静穆现界的精灵，一如作品中所述，能长时间内停留在人类世界。十香第一次的静穆现界发生时遭到AST的攻击，再加上被激怒之故(其深信士道已遭杀害)，而将AST逼至全员歼灭绝境，该事件最终并没有“消失”的现象。
被士道封印力量的精灵无法从人类世界“消失”返回。