2095年，魔法不再是一种虚无缥缈的幻想，而是一种已经应用了近一个世纪的科学技术。在例行的新生入学的春天，国立魔法大学附属第一高中，通称“魔法科高中”，迎来了一对兄妹。哥哥是什么事都拿得起放得下的“二科生”，而妹妹是对兄长抱有超越血亲感情的“一科生”。伴随着两人的入学，平稳的日常生活开始变得波澜万丈。

2095年，魔法不再是一种虚无缥缈的幻想，而是一种已经应用了近一个世纪的科学技术。在例行的新生入学的春天，国立魔法大学附属第一高中，通称“魔法科高中”，迎来了一对兄妹。哥哥是什么事都拿得起放得下的“二科生”，而妹妹是对兄长抱有超越血亲感情的“一科生”。伴随着两人的入学，平稳的日常生活开始变得波澜万丈。

具有卓越才能的自信傲慢的投手原田巧，和捕手永仓豪组成Battery的一年间的故事。

身为一名投手，原田巧是位拥有着拔群棒球才能的少年。在初中入学时移居的山间城镇新田市，巧与接住自己全力投球的捕手永仓豪相遇了。进入新田东中学棒球部的两人，被卷入部员间的摩擦以及教师们的大人事情，时而相互产生冲突，与此同时，身为投手和捕手，作为两人一组的“投捕搭档”成长着。