故事背景为一场史无前例的大灾害彻底摧毁了现代文明并且已经过去了十五年。故事使用双线描述，其中一支为一群孩子被圈养在某个封闭设施中，他们被告知外面世界充满各种怪物，一天时男收到一条消息询问他是否想到设施外面，而和他亲密的弥美姬则预言到外面会有两个人到来救她出去，而且其中一个人和时男样貌相同;另一支则是在外面荒废的世界，贵留子受委托作为保镖，带着小丸前去一个名为“天国”的地方。

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在人类对自然的持续开发中，有许多生物失去了原有的容身之所，长久藏匿于人类历史的阴影之中的兽人正是其一。兽人拥有一部分兽的基因，可以在兽人与人类形态之间变化。为与其共存，世界各国探索了不同的道路。其中，日本政府设立了可以让兽人自由的以自己期望的姿态生存的兽人特区“ANIMA CITY”。本片的故事则发生在其设立的十年后。

突然之间，普通的女子高中生影森满变成了狸兽人。为了不必躲躲藏藏的生活，满来到了ANIMA CITY。初到之时，与狼兽人、大神士郎的初次相遇之时的经历就让她了解到了这座城市并非如表面一样平静。尽管顽固且极度讨厌人类，士郎在这之后对满一直照料有加。在这里，满与各色的人物相遇，体验兽人们生活中的喜怒哀乐。在这里，满也探寻着自己突然变成兽人的真相。在这过程中，满发现自己被卷入了意想不到的大事态中。满与士郎，突然变成狸兽人的原人类与厌恶人类的老派狼兽人，其之间的羁绊或许是改变ANIMA CITY与世界的关键。

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雷因是勇者队伍的一员。他身为“驭兽使”，能够跟动物签订契约，以使用它们的力量。他并没有战斗技能，一直以辅助形式协助勇者队伍。某天，勇者认为不会战斗的雷因对队伍实在没有作用，便将他赶出勇者队伍。

雷因十分失落，决定以冒险者的身份活下去，因而去参加冒险者测试。在测试中，他遇上被杀人虎袭击的女孩——奏。他原来为了让奏逃走而跟杀人虎战斗，最终却是奏一击把杀人虎击倒。原来奏是属于世上众多“最强种”之一的“猫灵族”，力量异常强大。奏感知到雷因作为驭兽使的天分，觉得他可以身为最强种的自己跟签订契约。他们顺利签订契约，雷因成为了使役最强种的驭兽使，并通过冒险者测试，成为冒险者。