在人类对自然的持续开发中，有许多生物失去了原有的容身之所，长久藏匿于人类历史的阴影之中的兽人正是其一。兽人拥有一部分兽的基因，可以在兽人与人类形态之间变化。为与其共存，世界各国探索了不同的道路。其中，日本政府设立了可以让兽人自由的以自己期望的姿态生存的兽人特区“ANIMA CITY”。本片的故事则发生在其设立的十年后。
突然之间，普通的女子高中生影森满变成了狸兽人。为了不必躲躲藏藏的生活，满来到了ANIMA CITY。初到之时，与狼兽人、大神士郎的初次相遇之时的经历就让她了解到了这座城市并非如表面一样平静。尽管顽固且极度讨厌人类，士郎在这之后对满一直照料有加。在这里，满与各色的人物相遇，体验兽人们生活中的喜怒哀乐。在这里，满也探寻着自己突然变成兽人的真相。在这过程中，满发现自己被卷入了意想不到的大事态中。满与士郎，突然变成狸兽人的原人类与厌恶人类的老派狼兽人，其之间的羁绊或许是改变ANIMA CITY与世界的关键。
每集列表
| 话数 | 标题 | 剧本 | 分镜 | 演出 | 作画监督 |
|---|---|---|---|---|---|
| 01 | Runaway Raccoon | 中岛一基 | 今石洋之、吉成曜 | 宫岛善博 | 竹田直树、杉本米歇尔 |
| 02 | Rabbit Town | 大冢雅彦、中野广大 | 古川晟 | 坂本胜、长谷川哲也 | |
| 03 | Rhino Melancholy | 小松田大全 | 下平佑一 | 田村瑛美、宫崎诗织、中村真由美 竹田直树、杉本米歇尔、清水麻未 |
|
| 04 | Dolphin Daydream | 樋口七海 | 佐藤龙雄、大冢雅彦 | 藤井辰己 | 宫崎诗织、中村真由美、荒井洋纪 西川将贵、糸川礼央 |
| 05 | Greedy Bears | 上野贵美子 | 今石洋之 | 宗广智行 | すしお |
| 06 | Fox Waltz | 樋口七海 | 宫岛善博 | 长谷川哲也、杉本米歇尔、田村瑛美 石山正修、横屋健太、小林沙耶香 土肥志文、清水麻美、金子雄人 |
|
| 07 | Easy Albatross | 中岛一基 | 大冢雅彦、中野广大 | 前田基匡、大冢雅彦 | Nyki Ikyn、なつのはむと、日向晴香 金泽龙、刘云留 |
| 08 | The Mole Rat Speaks | 牛岛新一郎 | 古川晟 | 田村瑛美、长谷川哲也、邓佳湄 土肥志文、杉本米歇尔、清水麻未 中村翠、安部葵 |
|
| 09 | Human Scapegoat | 上野贵美子 | 傅沙织 | 荒井洋纪、杉本米歇尔、宫崎诗织 田村瑛美、土肥志文、中村真由美 福地和浩、竹田直树、芳垣祐介 |
|
| 10 | Rabid Wolf | 中岛一基 | 芝久保 | 中岛政兴、球野たかひろ | 西川将贵、Nyki Ikyn、なつのはむと 日向晴香、阿部可奈子、沈霏 孙月、林梦赟、金子雄人 芳垣祐介、竹田直树 |
| 11 | A Beastly Feast | 大冢雅彦 | 小笠原一马、大冢雅彦 | 田村瑛美、长谷川哲也、土肥志文 杉本米歇尔、清水麻未、福地和浩 赤堀重雄、中村真由美 |
|
| 12 | Anima-City | 吉成曜、今石洋之 | 宗广智行、下平佑一 | 中村真由美、荒井洋纪、土肥志文 长谷川哲也、田村瑛美、杉本米歇尔 日向晴香、竹田直树、芳垣祐介 |
|
在一个海洋占了七成的星球，自从塞壬的出现，失去了九成的海权。为了合力抵抗塞壬，白鹰、皇家、铁血与重樱这四个阵营组成碧蓝航线阵营来阻止海洋威胁。而铁血与重樱受到塞壬的影响之下退出并且背叛碧蓝航线阵营，另组赤色中轴引发战争，人类的命运陷入了泥沼之中…。
除上述四个主要阵营外，游戏中开始实装北方联合、东煌、自由鸢尾、维希教廷、撒丁帝国的少数船只。
曾经，来自海洋的神秘敌人“塞壬”向人类发起了猛烈的进攻，“碧蓝航线”的少女们凭借着她们钢铁般的意志与敌人奋勇作战，最终击败了对手，守护了人类。然而，随着时间的流逝，碧蓝航线内部因为理念的差异逐渐产生分化，衍生出了名为“赤色中轴”大的对立阵营。
被称为“灰色的幽灵”的最强英雄企业(石川由依 配音)、每天都迷迷糊糊但关键时刻意外的顶用的拉菲(长绳麻理亚 配音)、虽然年纪不大但成熟体贴的大黄蜂(山本希望 配音)，个性好强但心地善良的哈曼(伊藤明日香 配音)，面对动荡的时局，当这些少女们再一次被推上战场，会发生怎样的故事呢?