砂刑历93年—被砂海覆盖的世界中，有一群在小岛般的漂泊船“泥鲸”上生活的人们。这座几乎与世隔绝的岛上的人口是，513人。拥有以感情为源头的超能力、但却以短命为代价的“印”，以及没有能力却长寿的“无印”，分为这两个种族的他们，形成小共同体并平稳地度日。

岛的记录员“印”查克罗，某天在调查漂流到“泥鲸”的废墟船时，与神秘少女“莉可丝”相遇了。对于岛上的人而言，这是他们首次与外界人类的接触。这会是打开新世界的福音吗——。

用语

情念动（情念動（サイミア））

“印”能够使用的超能力。为沙海狩猎是不可欠缺的能力。虽然以感情作为发动源，但在无法控制感情下使用，被认为是禁忌。

泥鲸（泥クジラ）

查克罗等人生活的巨大漂泊船。除了五个塔，还有农场和蓄水池等。帝国称泥鲸为“法莱那”。

魂形（魂形（ヌース））

灵魂的形状。为船只航行的动力源，会吸收人类的情感。泥鲸上的魂形为不会吸收人类感情的异质魂形，位于体内区域的深处。

长老会（長老会）

由年长的“无印”所组成，知晓泥鲸的秘密，掌握泥鲸的实权，年满六十一岁的无印即可加入长老会。

体内区域（体内エリア）

泥鲸的体内区域，无法使用情念动，被做为关押犯人的场所。

印（印（しるし））

能够使用以感情作发动源的超能力“情念动”的人们。寿命较短，只能活到三十岁上下。约九成在泥鲸生活的人为“印”。

无印（無印（むいん））

无法使用“情念动”的人们。寿命较长，多掌管泥鲸行政，长老会皆为无印组成。于泥鲸上只有一成的少数派。

帝国（帝国）

崇尚将自己的情感交给魂形，认为有情感是相当恶心碍事的国家，拥有八艘装载魂形的船舰。百年前将不愿舍弃情感的人们，送上同有不会吸收情感缺陷的法莱那，欲将他们囚禁于沙海之中。为了不让法莱那落入他国手中，决定将法莱那摧毁。

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上条当麻是学园都市的一名高中生。在这座位于东京都西部的封闭都市中，学生占到了总人口的八成，“超能力开发”被列为绝大多数学生的必修课，在Level 0到Level 5的等级排名上相互竞争。不幸地，上条当麻被评定为无能力者；但他的右手有着能将一切异能消除的不明力量，他本人称其为“幻想杀手”。似乎是连同神的祝福一同抹杀的关系，他每天都过着不幸的生活。

暑假的一天，在宿舍的阳台上，上条当麻遇见了一位挂在阳台栏杆上的修女。她自称“禁书目录Index”，脑海中装有十万三千册“魔道书”，正在从不为人所知的“魔法”世界逃亡。就这样，上条一脚踏进了魔法与科学的纷争。

本作的世界观以现实世界为蓝本，但并未说明详细历史时期，大致可以推测故事发生在虚构的近未来[d]。其历史与现实世界有共通点（如前两次世界大战、冷战等；亚雷斯塔更是现实中存在的人物），但也有显著的差异。

学园都市是科学势力的大本营，同时也是本作的主要舞台。位于日本东京西部，居住着230万人口，其中八成人口是学生，而这些学生大都是超能力开发的实验对象。学园都市具有领先世界20-30年的科技实力，掌握着多种近未来高科技兵器，并公开地培养超能力者；事实上是由统括理事会所主导的、严格封闭的国中之国。

而魔法势力则较为分散，主要由名目繁多的宗教组织和魔法结社构成，也有不属于任何组织的魔法师存在。教会势力中，十字教有三大主要教派：英国清教、罗马正教和俄罗斯正教（分别以英国圣公会、天主教和东正教为原型）；而魔法结社则包括以黄金黎明为源头的黄金系结社、依靠北欧神话理论的“捣蛋鬼”，阿兹特克系的“有翼者的归来”等。魔法势力之间常会出于各自不同的目的互相斗争，魔法师出于个人信念私自行动的现象也广泛存在。

在魔法势力与科学势力之外，尚有两不从属的一般组织与国家，如美国；作品中也出现了许多虚构的政权，除学园都市外，还有“伊莉沙里纳独立国同盟”、“巴格吉城”等。

本作中，除“现实世界”之外，尚存在更高等级的、无法以一般手段探知的其他次元的“位相”；神、魔神、天使、妖精、无法以语言名状的高等级存在[e]，也均在作品中有所提及。

枝村真人自称是日本第一的天才欺诈师，与小弟工藤一起游走在浅草的街道上合伙诈骗。某日他们用钱包诈骗法国游客罗兰后，被罗兰摆了一道，随后便跟着罗兰一起前往美国洛杉矶做一单大的，一场最大的欺诈游戏正在上演。

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