未来世界，人类被未知病毒“毒蛇”所杀死，人类全部毁绝。没有被“毒蛇”杀死的人被转换成了量子数据，并把所有数据资资料转移到了分散于世界各地的量子服务器，并生活在量子计算机中的虚拟世界。真实世界被名为“世界蛇”的东西所控制，世界蛇不断建造实验场破坏地球。在虚拟世界中，有一些人发现自己是生活在虚拟世界中，称为“引导者”。“引导者”的目标就是为了把所有数据化的人类重新还原到现实世界，成为引导者后，会被传送到“海神号”，成为“枪手”或“术士”并和世界蛇对抗。

主角是快活的游泳少年，他在千叶县舞滨近郊的高中上学，是个忙碌于恋爱和友情的普通高中生。但是，有一天在神秘的转学生紫雫乃的引导下，被卷入了异世界的巨大机器人的战斗中。于反复的战斗中怀抱着各种疑问并且苦恼著的京，为了保护自己与同伴而挺身投入战斗之中……

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无印

一支企图征服海洋的民族——帕哒拉萨族，原本被亚夸·蕾吉娜女神封印在海底，但此道封印在某日遭解除，之后该族首领卡酷特（凯特）及其手下接连侵略了印度洋、南太平洋、南大西洋、北大西洋、北极海等美人鱼王国，并掳走其中几位美人鱼公主。

主角七海露西亚是来自北太平洋王国的美人鱼公主，为了救活一个男孩而将自己的真珠给了他。七年后，她为了寻回真珠而来到陆地，并再次遇上了这位男孩——堂本海斗，但如果直接告诉海斗她真正的身份，就会化为泡沫，因此她努力的要让海斗察觉。露西亚也遇上了因王国被侵略而在陆地流亡的南、北大西洋的美人鱼公主——宝生波音和洞院丽娜，为了恢复海洋世界的和平，她们必须聚集七位美人鱼公主，让亚夸·蕾吉娜女神得以重生。在找寻其他公主的过程中，她们利用真珠的力量，用歌声对抗敌人；然而，她们后来发现了一位消失的美人鱼公主与海洋世界纷乱的关联，且海斗的身世也藏着不为人知的秘密……

Pure

在结束了与卡酷特（凯特）的战役之后，露西亚、波音与丽娜以外的美人鱼公主们各自回到自己的祖国重建家园，海斗也决定前往夏威夷寻根，与露西亚约定后会有期。但原本平静的海洋中，却突然出现了一位叫“美克尔”的神秘人物，让海底世界蒙上一层诡异气氛，同时也传来海斗失踪的消息……

aqua

剧情设定主角为露西亚的女儿，七海露琪亚。