大佛弹在小泊和明日太的鼓励下向同班同学神泉安菜告白，但被她拒绝了。悲痛中的小弹到了附近的山上一个人想静一静的时候，不小心卷入巨大宇宙船坠落事故当中。
宇宙船上的外星人为自己的过失向地球人道歉，并且告知已对小弹加以治疗；同时也说明了小弹在治疗过程中变成女生一事，且这样的改变已经是无法更正的。
小弹开始以女生的身份上学了，但当初拒绝自己告白的安菜却开始积极的接近小弹。看着两人日渐亲密的关系，青梅竹马的小泊这才发觉到自己对小弹的感情。
三人之间展开了不可思议又错综复杂的恋爱关系……
每集标题
| 集数 | 日文标题 | 中文标题翻译 | 剧本 | 分镜 | 演出 | 作画监督 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 少年はその日変わった | 少年从那天起完全改变 | 花田十辉 | 中西伸彰 | 岩佐とも子 | |
| 2 | 彼女は彼女であることを自覚した | 她开始发现自己是女生 | 冈本英树 | 横山广行 | 松本好弘 | |
| 3 | はずむの心、やす菜の心 | 弹的心意、安菜的心意 | 小岛多美子 | 吉田俊司 | 内原茂 | |
| 4 | 少女三角形 | 少女三角恋 | 小岛多美子 | 松浦锭平 | 加纳绫、水口桂 | |
| 5 | やす菜の目に映るもの | 映入安菜双瞳的是? | 所俊克 | 横山广行 | 林旲列 | |
| 6 | お嫁さんとお婿さん | 新娘与新郎 | 福岛一三 | 黑田康弘 | 内原茂 | |
| 7 | みんなで海へ | 大家一起去海边 | 青岛崇 | 福岛利规 | 尾崎正幸 | |
| 8 | 見ているだけが | 旁观者 | 花田十辉 | 横山广行 | 松本好弘、宫下雄次 | |
| 9 | この願いはかないますか? | 此愿可成真? | 青岛崇 | 松浦锭平 | 内原茂、平冢知哉、三浦厚也 | |
| 10 | 小さな嵐 | 轻波微澜 | 花田十辉 | 青木新一郎 | 吉田俊司 | 大城胜 |
| 11 | やす菜の瞳から消えたもの | 安菜再也看不到的是? | 横山广行 | 松本好弘、大城胜、粟井重纪、重国勇二、藤原未来夫 | ||
| 12 | やがて恋がはじまる | 恋爱终于开始 | 中西伸彰 | 岩佐とも子 | ||
| 13 | 少女は少女に恋をした | 这个女孩爱上了女孩 | ||||
故事发生在面积占据东京都的三分之一，居住着230万名人口且其中八成人口是学生的巨大都市“学园都市”。学园都市的学生均会接受超能力开发，借由药物、催眠术与通电刺激等方式取得超能力。能力者以范围和威力分为无能力者Level 0至超能力者Level 5。
主角御坂美琴是学园都市中仅七位超能力者Level 5的其中一人，排行第三。她是拥有操纵电击能力的“电击使”，因其特有的绝招(将硬币以音速的3倍的初始速度发射)“超电磁炮Railgun”而得名。
本作通过美琴的视角来描绘学园都市的平常而不平凡的日常生活，也叙述学园都市秘密进行非人道性质的实验，从而使大家对于本作及本篇《魔法禁书目录》的背景(世界观中科学侧)的认识慢慢变得清楚。
这一天，班上转来了两个学生，一个是跳级生美滨千代(金田朋子 配音)，她拥有着和可爱外表完全不匹配的天才级智商，以及同智商完全不匹配的情商。另一个叫春日步(松冈由贵 配音)，她倒是表里如一的迟钝和呆萌。很快，她们便和同学们打成了一片。泷野智(樋口智惠子 配音)人称阿智，争强好斗的同时，却有着意外的单纯和天真。外表冷静成熟的榊(浅川悠 配音)对世上一切可爱的东西抵抗力为零。水原历(田中理惠 配音)是阿智的童年玩伴，成绩优秀的她毫无疑问的成为了阿智的挑战对象。再加上一个活宝班主任谷崎由佳里(平松晶子 配音)，这三年的高中生活一定会多姿多彩的。
动画片由漫画家东清彦的同名四格漫画改编，用过描绘女子高中生的日常，展现了一个可爱温暖，妙趣横生的世界。