《ZEXAL》的故事发生在近未来都市“心之地市”，而《ZEXALII》里则转往两个更高次元的世界：“星光界”和“巴利安世界”(又译异晶人世界，下同)。在心之地市盛行AR决斗(AR·デュエル)，AR意为扩增实境，在规则和一般站立式决斗无异。决斗者需使用“D视镜(D・ゲイザー)”和“D面板(D・パッド，D Pad)”进行决斗，这些装备只用于提升作中角色视角的视觉效果。《ZEXAL》的主流召唤方式是超量召唤(エクシーズ召喚)，借由将两个以上的怪兽“叠放”而召唤超量怪兽入场，在超量怪兽中有100张“编号怪兽”，是主角欲搜集的目标。

中学生九十九游马与学校头号不良少年神代凌牙决斗，而这场决斗改变游马的命运。于该决斗中，出现在九十九游马梦里的诡异大门突然出现，并由九十九游马利用挂坠打开。大门散发出无数光芒，站著九十九游马身旁的是从异世界来的神秘生命体阿斯特拉尔，为取回阿斯特拉尔失去的记忆，需要拿回99张编号怪兽，因此九十九游马及阿斯特拉尔两人开始一起行动。

阿斯特拉尔出现真正目的是什么?新的怪兽“编号怪兽”的存在到底是何方神圣?面对持续出现在游马面前的强力劲敌，阿斯特拉尔身上的谜团也逐渐明朗。而本作就是讲述这搭挡缔造的新决斗传说。

在发生革命后数年的堤亚穆帝国，被蔑称为任性皇女的米雅被革命军推上了断头台处决……因此惊醒的米雅原本以为只是一场恶梦，却发现现在十二岁的自己身边有本日记，内中记载了之后几年米雅的未来，直到她二十岁那年被处刑为止。

为了回避这样糟糕的未来，米雅决心要以“自身的安全第一”为目标，远离过去的仇人，拉拢起有力的人脉来重建帝国，但她不经意间的举动，却误打误撞的改变了整个大陆的局势。

随着剧情发展，米雅成功解除了上断头台的命运，那本染血日记也化作光芒消失。在镇压革命的半年之后，优雅地享受春假的米雅面前，米雅贝尔出现了。 “我呀，一直好想见到祖母大人喔!”这名少女是米雅来自未来的孙女，回到过去与米雅一起再次改变历史。

在未来的帝位继承斗争中，米雅遭到毒杀，皇室禁止提起米雅的名字，米雅的亲友忠臣包括迪欧娜、克萝伊、路德维希、迪奥都在保护其孙女贝尔的过程中殒命，即将遭杀害的贝尔在手中米雅皇女传引发的奇迹之下回到过去，要与祖母一起改变未来。

在这众人都会魔法的世界，魔力高低成为了衡量地位的标准，而不会使用魔法的人则会遭到处决。马修天生不会使用魔法，被养父藏匿起来照顾。他为了自己跟家人能平安生活，决定用长年锻炼出来的一身肌肉与世界抗衡。

这里是任何人都能够使用魔法，魔法的优劣决定一切的魔法界。

在人迹罕至的森林里居住着一个每天坚持锻炼肌肉的勇猛少年——马修，他的身上有一个秘密，那就是完全不会使用魔法……

当他人知晓这个秘密之时，马修的日常生活随之发生剧变！！为了过上平静的生活，他进入魔法学校，目标直指巅峰……！？

用日复一日锻炼的肌肉力量，粉碎一切魔法的奇幻故事，在此开幕！