泡沫经济以来十几年间，世界上贫富差异激化日本也没有例外。 富人们为了寻求自己的欲望和快感，东京已经成为了充满了欲望的快感都市。 因护照问题而逗留在国内，无所事事的战地摄影家杂贺在某一天突然接受委托，要到一个秘密俱乐部进行暗访。 可以进出这个俱乐部的，都是一些从名人中选出来的特别人物，它被称为黑暗中的社交场 --- 六本木俱乐部 据说，只要成为其中的会员，就可以享受到极致的快乐。成功潜入俱乐部的杂贺，遇到了神秘的少女，神乐她被六本木俱乐部的老板水天宫当作俱乐部的台柱来控制。杂贺向带着神乐逃离，却没有想到，他接触神乐之后产生一种超能力。此外，来自六本木的追踪者，也因为本能唤醒自身的超能力。 六本俱乐部还有神乐身上究竟隐藏了什么秘密?杂贺的孤独之战开始了。

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庆长十九年（1614年），取得天下的德川家康为继承问题堪忧，他不想牺牲自己麾下的武士，便令相互仇视的伊贺和甲贺两大忍术宗家相争，进行十人对十人的忍术生死战，以解决继承问题。甲贺隶属国千代派（德川忠长），伊贺隶属竹千代派（德川家光），双方宗长在卷轴写上门下十个忍者的姓名，并在缔下战约后相杀，双双身亡。这些姓名中包括双方继承人甲贺弦之介和伊贺胧，他们分处两个阵营却彼此相爱，原本要论及婚嫁，但这场战事破坏了他们的姻缘。

卷轴传回甲贺卍谷和伊贺锷隐谷的边界，伊贺锷隐众读过卷轴后，隐瞒双方开战的消息并杀掉甲贺忍众中的三人，后朝甲贺卍谷出击，但他们的行动失败，只捉住甲贺的胡夷便撤退。甲贺忍众得知开战的消息后，杀死伊贺中的一人，并赶往锷隐谷营救弦之介。

双方首领都得知了开战的消息，弦之介靠着强大的眼术压制伊贺忍众，撤回甲贺卍谷。珑不愿意见到双方兵戎相见可能为锷隐造成的崩坏，使用秘药封住双眼及自己的眼术。弦之介打算率甲贺众到骏府城想向德川家康询问原委，伊贺众趁他们露宿时追击，封住了弦之介的双眼。双方在路途中持续激斗，各剩三人。

伊贺众遇见竹千代的乳娘阿福（春日局），与她一同前去骏府城，在阿福的协力下，双方厮杀之后，演变成仅剩弦之介和胧的局面。双方的决斗由服部半藏担任裁判，决斗开始后，珑自杀，弦之介在卷轴上写下珑的名字后也投海殉情。德川家光继任德川三代将军。

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本书标题中的“Trinity Blood”照字面直译是“三位一体之血”。在宗教角度来说，三位一体所指的是圣父、圣子和圣灵。作者吉田直引用这个名词去借代笔下的角色，分别是该隐?奈特罗德、亚伯?奈特罗德和塞特·奈特罗德三兄妹。该隐、亚伯和塞特亦是《圣经》中亚当和夏娃所生的三个孩子。

剧情

教廷巡视神父亚伯?奈特罗德表面上是个冒失鬼，实际上却是有“吸血鬼猎人”之称的教廷国务院特务分室（Ax）派遣执行官，负责到不同地方调解吸血鬼事件。在这个黑暗混乱的时代，教廷和真人类帝国互相对峙，加上蔷薇十字骑士团的恶意挑拨，亚伯是否能维护“长生种”（本作中指吸血鬼）和“短生种”（本作中指一般人类）的共存？为了赎罪而努力奋斗的男子，心底仍有难以磨灭的伤痕……

科幻设定

盖·保格之枪(Gae Bolg)

原为凯尔特神话中女神赠与英雄库丘林的魔枪。在故事中为强悍的超科技武器，基辅侯爵家传的“遗产”。可从真空管喷出激光光加以离子化的氙气，所产生的温度|高温密度|高密度周波足以斩断所有物质。可说是帝国科技中最优秀的肉搏武器。在Ｒ.Ａ.Ｍ中由亚丝所使用。

埃癸斯神盾(Aegis)

原为希腊神话中的胜利女神与智慧女神雅典娜所使用的盾牌。在故事中是帝国贵族札格雷布伯爵安德烈．库萨所使用的一种强力磁场防御系统，外观是悬浮着三颗或以上的金属球，如行星般围绕恒星旋转。其强力磁场足以将盖?保格之枪的攻击反转再扩散。缺点是自身要进行攻击时要停止使用神盾。在Ｒ.Ａ.Ｍ中由安德烈所使用，另外在R.O.M中“骑士团”的“红色男爵”亦使用神盾构成和碳Ｃ60一样的富勒烯球型磁场盾。

别西卜(Beelzebub)之剑

别西卜为马太福音中第12章第24节中描述的魔王，七原罪中司掌“饕餮”之罪，也是《失乐园》中出现的堕落天使。此为“失落科技”的武器，是一种单分子导线──以碳Ｃ60分子多重结晶粒子为材料制作的极细碳纤维，连钻石都能轻易切割，唯一弱点是不耐高温。在Ｒ.Ａ.Ｍ中由坎柏菲使用。

阿斯莫德(Asmoday或Asmodee)之盾

阿斯莫德为七原罪中司掌“淫欲”之罪的恶魔。也是一种强力磁场防御系统，可以轻易扭曲Ｍ１３的五一二超大型子弹。在Ｒ.Ａ.Ｍ中由坎柏菲使用。