在架空世界的日本，为了公序良俗等理由，政府制定了侵犯人权的“媒体良化法”（媒体优质化法），并成立了“媒体良化委员会”（媒体优质化委员会）与“良化特务机关”（优质化特务机关）来进行媒体检阅工作。与这个强权机关对抗的唯一组织，即为“图书馆”。一群热爱图书馆自由的人们，武装自己与良化机关进行战争，守护图书馆的自由。笠原郁在高中的某一天看到了想买的书，却遇上了良化委员会的成员，这时却出现了一名图书队员，使对方离开。公元2019年（正化31年），笠原郁加入了战争……

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公元1939年9月1日，架空的二战欧洲，专制国家日耳曼尼亚掀起了战争，并很快侵占了欧洲大片领土。公元1940年，为配合非洲的战事，日耳曼尼亚向南侵略，开始威胁阿尔卑斯山山麓的小国埃尔施塔特公国。为抗击侵略，当时的公女菲涅代表大公秘密前往中立国维斯特里亚与不列颠尼亚外相瑞德弗德会面，争取与不列颠建立同盟。

但因公国战事的爆发使得谈判未果，菲涅也被突然闯入的日耳曼尼亚军逮捕。随后菲涅与魔女伊泽塔相遇，伊泽塔是世界上最后在世的魔女，幼时便与菲涅相识。伊泽塔就帮助了菲涅安全回国。在了解当时时局后伊泽塔打算用她的魔法守卫公国。于是在魔法的介入下日耳曼尼亚的侵略计划受阻并打乱。随后公国大公逝世，菲涅继承王位。伊泽塔同时透露魔女的魔力源自地脉，只有在地脉密度较高之地才能发挥力量。在见识到魔法的力量下，日耳曼尼亚秘密开展了找寻魔女的新计划，并找到了曾经与公国结怨的白色魔女佐菲的骸骨。公国也相应的展开了宣传魔女魔法的计划，希望通过魔法的强大震慑日耳曼尼亚。伊泽塔的魔法事迹于是向全世界进行传播。此时公国暂时恢复平静。

不久在诺斯王国召开了同盟国大会，借助伊泽塔击沉日耳曼尼亚航母龙岩的展示，菲涅赢得了与会成员的信任，来自亚特兰大合众国的大使也向总统发电报请求出兵欧洲同时消灭日耳曼尼亚与埃尔施塔特。但同时因为魔法的强大使得人们既惊叹于魔法也产生了恐惧。在击沉航母时地脉的秘密也被日耳曼尼亚得知。日耳曼尼亚加快了进度，透过克隆技术将佐菲复活。并透过伊泽塔的血液唤醒了佐菲的意识。另一方面日耳曼尼亚秘密获取了可吸收地脉能量的半块魔石。但它的使用会减损寿命。一番准备后日耳曼尼亚卷土重来，伊泽塔与佐菲爆发战斗。因魔石的助力伊泽塔被佐菲击败。随后日耳曼尼亚攻占了公国首都，不久公国沦陷。菲涅与大臣逃往阿尔卑斯山藏匿，并奋力救回了伊泽塔。伊泽塔苏醒后，公国方齐克拿出了另半块魔石，伊泽塔为守卫公国接受了魔石。后来菲涅从投诚的贝格曼得知，日耳曼尼亚利用魔女的力量研发了类似核武器的战略兵器，打算摧毁公国以威胁同盟国。但战略兵器仍需要依靠地脉和佐菲的力量控制。

为阻止这场悲剧，带着魔石的伊泽塔再次跟佐菲爆发战斗。伊泽塔已和菲涅商量好，透过吸收欧洲的地脉能量使得魔法不再存在于欧洲，而菲涅赴维斯特里亚将她们的计划告诉同盟国。这也是伊泽塔提出的作战策略。最终佐菲因身体是复制体而无法承受过多的地脉能量聚集而死亡，伊泽塔虽然活了下来但落下双腿残疾，魔法从此在欧洲消失。此后亚特兰大合众国与伏尔加联邦两路出兵日耳曼尼亚。日耳曼尼亚皇帝自尽、帝国覆灭、欧洲最终恢复和平，此后菲涅致力于维护世界和平，伊泽塔则在幼时与菲涅相遇之地静养，菲涅不时会来看望伊泽塔。