住在丰富且受到自然恩惠的神滨市里御子神家的双胞胎姊妹莉可和莉咪。某一天，偶然闯入家里的阁楼，也就是她们的爷爷勇气博士的研究室，发现了可以变身成动物的小道具“奇鲁米”，在那之后她们的姊姊奈沙，同班同学的建和玉夫也得到了奇鲁米。同个时段，来自东欧布拉德尼亚的女孩羽鸟佳诺转学到莉可她们班上的卡特雷亚学园小学部，佳诺的母亲羽鸟美纱带著“亚涅摩里安牙组”的手下去接近神滨市长，企图在神滨市暗中进行著掀起“亚涅摩里安革命”计画。同时身为亚涅摩里安的龙童帕鲁斯也有著寻找出协助革命的重要关键“棺材”的使命。莉可等人除了熟练地运用奇鲁米之外，也要挑战身边的动物事件之中，例如在日本不可能看见的野生动物、目击谜之怪人出没的奇妙传闻等等。各种事情解决之后，认为奇鲁米可以解决人们及动物的烦恼的莉可等人，在已经知道关于奇鲁米的御子神三姊妹的母亲遥的允许下，专门为动物事件而成立了侦探团“神滨奇鲁米(神浜キルミンズ;かみはまキルミンズ)”(韩国版为Zoororing动物侦探团)。

每集标题

故事发生在日本虚构城市“友枝市”。木之本樱某天将父亲的古书籍打开，意外把封印在书中的卡牌释出。它们是由魔法师库洛·里多创造的称之为“库洛牌”的魔法卡牌，每张卡牌都有不同的能力和自我意识，卡牌的随意行动能够对世界造成灾难。为了防止灾难发生，樱受封印书之守护者“可洛贝洛斯”的委托下，将四散的卡牌回收至书中。卡牌在成功回收后，樱也能将卡牌的能力解放给自身使用，以方便回收下一张卡牌。

回收卡牌不久后，来了一位转校生，他是库洛·里多的母亲家族“李家”的后人——李小狼。李小狼在得知库洛牌的封印解除后，便来到日本打算回收卡牌。起初李小狼认为木之本樱无法胜任卡牌回收，故常和木之本樱争夺卡牌回收，但最后认同木之本樱回收卡牌的能力。在所有卡牌回收并写上名字后，封印书之另一守护者“月”便会进行审判，判断持有卡牌之人是否能成为卡牌的新主人。木之本樱在审判中改变原有的封印杖，创造出星封印杖，最终通过了审判者月的审判。

在通过审判后的第二学期，班中转入一位从英国来的留学生——柊泽艾力欧。与此同时，木之本樱所持有的库洛封印书变成为樱封印书，以及木之本樱受到不明的攻击。在应对攻击时，却发现审判过程中转变而成的星封印杖与库洛牌无法使用，而令木之本樱、守护者与大道寺知世遭遇危险，最后木之本樱使用新魔法阵并将库洛牌转变成樱之卡，解决当前危险。