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在这个世界，人类的生活遭到被称作“耳无”的神秘生命体威胁。只有能插上（Plugin）战斗装甲“装备”（Equipment）、并操纵它的能力者“祈手”（Prayer）能够与耳无对抗。生活在废铁城市“里弗切斯特”的少年“艾可”，自从10年前目击到耳无和祈手（Prayer）在大战“Fes”中留下传说的祈手“吉米”以来，暗地里对祈手产生强烈憧憬的同时，他也闷闷不乐地生活着。然而在某天，一如既往在垃圾山做着采掘工作的艾可，与丧失记忆的少女“缪”相遇了。腰间有着插孔（Input Jack）的她也曾是祈手。不久，两人为了追寻缪的出身以及身为Fes的中心人物却谜团重重的人物吉米，踏上了旅程。

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付丧神是寄宿在人们漫长岁月中使用的器具或物品的思念所产生的妖精。

母亲所留下的遗物“樱花腰带”对一也来说，是片刻也不想离手的贵重物品。某日，一也突然受到了不可思议的物体的袭击；而在那时出现救了一也的，是腰带所幻化成的付丧神桐叶。随着桐叶的现身，一也开始学习面对和解决许多离奇现象，逐渐理解攸关母亲不为人知的过去；与此同时，攸关人类和付丧神之间的问题逐渐浮出台面。