十四岁不良少年浦饭幽助，为救一个小孩被汽车撞死。由于他的死亡是预计之外，灵界没有他的容身之所，因此他得到一个重生的机会。经过灵界考验，幽助重回自己身体，并成为“灵界侦探”。一次任务中，幽助结识了妖怪藏马和飞影。他们三个加上死党桑原和真，替灵界解决不少案子。

其后更在“暗黑武术大会”中，一路击败众多强敌获得冠军，他们实力和友情与日俱增。为阻止意图打开魔界通道的前任灵界侦探仙水忍，幽助他们进入了魔界，战斗中幽助被仙水所杀害。但原来幽助是魔族的后代，具有第二颗心脏，因此又再复活为魔族。在魔族父亲雷禅插手“附身”下，幽助打败了仙水，事后众人亦回到人间。

幽助四人和仙水的决战，惊动魔界三国国王：雷禅、黄泉和躯。他们各自向幽助、藏马及飞影发出邀请，希望他们加入自己阵营。幽助不满雷禅打断他和仙水的决战，因此要去找他“算账”。藏马则因多年前的恩怨，加上人间界“父母”及“弟弟”被劫持，不得不接受黄泉的邀请。飞影为获得更多战斗经验，亦接受了躯的邀请。他们三人都再次进入魔界，不到一年便成为各国的次强者。

一年后雷禅因爱拒绝食人而饿死，幽助成了国王，并提议举行“魔界统一战”，胜利者可成为魔界统治者。最后雷禅昔日打架朋友“烟鬼”获胜，他订立了“不准干扰人间界”规定，希望每三年举行一次比赛。最后，幽助和藏马回到了人间界，飞影则继续留在魔界。

设定

故事中除了“人界”以外，另有“灵界”和“魔界”。灵界是人类死去后灵魂会前往的地方，而魔界则是妖怪居住的地方。

相对于妖怪的“妖力”，有天分并经过训练的人类可以发出“灵力”，并用于战斗中与之抗衡。

妖怪实力等级之分是S>A>B>C>D>E

同一级也有分为上中下的等级。例如暗黑武术大会后，飞影得知户愚吕(弟)妖力是B级上等，而自己则是B级中等。

魔界洞穴篇中，身为人类的仙水忍拥有与S级妖怪同等的实力。剧中提到目睹幽助被杀后的藏马、飞影及桑原皆提升到A级，但三人合力依然无法伤到仙水。随后幽助因魔族大隔世复活且觉醒了S级妖力，能与仙水打成平手。

9人的灵界特防队合力能制服A级妖怪，而小阎王的魔封环能封印S级妖怪。但在深不可测的魔界，灵界只能控制第一层的一半，因此在魔界与人界之间布下一道令A级或以上的妖怪无法通过的结界，仅有B级或以下的妖怪能透过空间扭曲的大小来往人界。

S级只是灵界对于妖力强大到足以令其束手无策的妖怪所给予的统称。魔界广大深远，即使同为S级妖怪，彼此之间实力也可能会有天壤之别，例如魔界三强的国王妖力皆达一百万以上，但各自阵营的次强者皆只有数十万;或雷禅仅是操控幽助，也能轻松杀死同样拥有S级实力的仙水。

东京篇

主角绯村剑心流浪至东京，因为神谷薰的挽留而留在东京。其后认识了明神弥彦、相乐左之助及高荷惠等人，又与前幕府杀手鹈堂刃卫、御庭番众首领四乃森苍紫决斗，其间剑心经历了多次战斗，令剑心自觉慢慢变回昔日的刽子手拔刀斋(千人斩拔刀斋)(人斩り抜刀斎)。最后在与幕末时代的对手前新撰组第三小队组长斋藤一决战及得知志志雄一党的阴谋后，独自前往京都与志志雄一党对决。(漫画、电视动画)

京都篇

前维新志士志志雄真实及他的同党正在秘密活动，目的是推翻明治政府，由他带领日本成为强国。剑心为了阻止志志雄的计划得逞，独自离开东京前往京都。后来剑心的同伴亦逐一赶到京都寻找剑心，剑心从师傅比古清十郎身上学会飞天御剑流的最终奥义“天翔龙闪”后，与其同伴相乐左之助及斋藤一、四乃森苍紫联手，终于打败了志志雄一党。(漫画、电视动画)

漫画及电视动画的东京篇及京都篇在故事上大致相同。在京都篇完结后，由于当时漫画只是刚开始连载人诛篇，跟不上电视动画的制作进度，因此电视动画另行制作了岛原篇、胜海舟篇、由太郎篇(黑骑士团篇)及风水篇。但受到原作版本的读者批评与原作版浪客剑心的世界观相异，因此后期收视不太理想，在风水篇后便终止制作。

追忆篇

故事发生于剑心在幕末身为长州派维新志士时担当刽子手的年代(东京篇之前的故事)。故事讲述剑心与第一任妻子雪代巴的过去，解明了剑心左边面颊的十字疤之谜。OVA故事共分四幕，第四幕尾段雪代巴为阻挡敌人向剑心发出最后一撃的同时，亦被剑心一剑杀死，临死前用自杀的小刀在剑心面上划上一刀，与未婚夫清里和剑心死斗时划下的一刀，交织成剑心脸上的十字疤。漫画版的追忆篇连载于人诛篇初期剑心的回忆自述，而OVA则独立讲述剑心的过去。(漫画、OVA)

OVA版本的追忆篇内容虽然与漫画原著并无太大出入，但其风格却与之前的电视动画版大大不同。彻底摆脱了少年漫画的风格，特别是拔刀斋出招时其没有像过往一般大喊出必杀技名称，而一般很难于少年漫画及电视动画中出现的大量血花四溅的残酷场面亦一一呈现。坊间对此等手法毁誉参半，例如其血腥露骨的场面可能不适合原作的主要读者(小学生、中学生)，但亦得到一般未看过原作的人支持。而本作于日本海外评价亦相当高，在美国的销售亦曾登上全年DVD销售榜的第7位。

人诛篇

雪代巴之弟雪代缘当年亲眼看到姐姐死于剑心的刀下，长大后集合了“六人同志”，向剑心展开复仇行动(在上海流浪垂死之际被好心日本家庭收留，却因为只想练能攻克剑心武功的念头而杀死对方一家并取走武功秘笈单刀法而自练出倭刀术以及其绝招虎伏绝刀势)。由于雪代缘的阴谋，使剑心一度以为神谷薰被杀而意志消沈(神谷薰之死令当时少年JUMP周刊的读者引起一阵回响)。最后剑心回复斗志并打败雪代缘，雪代缘持着其姊的日记消失在剑心等人面前。(漫画)

番外篇

结束连载以后以SP模式连载两个番外篇，分别是《早春樱花》及《弥彦的逆刃刀》。前者提到了结局之后众人各自的新旅程，如左之助的世界一圈之旅到了蒙古。后者是弥彦以神谷活心流行侠仗义的活跃篇。

第零幕

2012年初由日本漫画杂志“JUMP SQ”公开了《浪客剑心》将于八月号开始推出新连载《第零幕》，与1999年结束的连载相隔十三年的新篇章。

北海道篇

2017年9月连载的新续篇，故事发生在“人诛篇”后5年(1885年)，绯村剑心和神谷薰动身前往北海道寻找薰的父亲神谷越路郎，同时和环游世界回来的左之助、在日本流浪的宗次郎、在北海道服刑的安慈、与调往北海道的斋藤一重逢。就连新撰组的永仓新八，也将在“北海道篇”出现。