一位小学5年级学生天野景太在暑假中的时候偶然发现了树下摆着一台破旧的扭蛋机，于是用硬币扭出扭蛋’硬币扭出扭蛋之后，打开了一个神秘的扭蛋。扭蛋中飞出了一个 自称为“妖怪执事” 的妖怪[威斯帕]。威斯帕它必须要用“妖怪pad”查询妖怪！从此以后，景太就可以用妖怪手表看到身边出现的各种不可思议的妖怪了。遇到困难的时候可以用妖怪徽章召唤妖怪朋友们呢!

将日本的历史、神话、民间故事、童话结合在了一起的异界日本为舞台，谜样怪物“噬神者”突然出现，神与人组起共同战线，与其对抗了百年之久。最后靠着太阳神・天照大御神架设起的三大结界，总算结束这场长久的斗争。

转眼时光流逝，来到幻历十三年。此时的日本三大结界其一不知被谁所毁。世态又逐渐开始动荡不安。故事的开端是伫立于西海上的鬼之岛，伴随着复活的噬神者与袭击，一名鬼的后裔与少女相遇，让历史的齿轮开始转动，异世界的恶魔，并且背后还有虎视眈眈的迷之集团，他和同伴将一同战斗的故事。