本作品叙述30名或想人生重来、或对生活感到不满、或是绝望、或是纯粹好奇心的年轻男女前往乌托邦的故事。他们参加了一个非常可疑的巴士旅游，目的地是传闻长久以来被闭锁、无从确定其存在的梦幻聚落“纳鸣村”。在这里能够过着不受现世羁绊束缚的乌托邦生活的说法，以都市传说般的形式私下流传。

本作用语

纳鸣村(ななきむら)

原型为山梨县道志村。

地图上毫无记载的神秘村庄，在一众都市传说耳濡目染下，无法确认全部的真面目。

后期揭露村子一直改变形态去迎合走进内部的群众，并会在人们面前衍生影射心理阴影的怪物现象“纳鸣”。

纳鸣(ナナキ)

一种能将人类心灵具像化的“现象”。这些现象会随着本人的创伤深度和持续时间，而呈现不同大小、伤害、恐怖程度，甚至智慧、被其他人感知和沟通的能力。虽说跨越心理阴影能够使纳鸣现象结束，并逃出村子;但就此放弃或是置之不理，会令人失去支持身心的重要一环，进而引发丧失情感和生存动力的恶果。

梨川村

往纳鸣村路上最后所见，能从地图和纪录确认存在的村落。

叩桥而过(鉄橋を叩いて渡る)

原为“石橋を叩いて渡る”，中文有三思而行、摸著石头过河、谨言慎行、万分小心之意。

步步皆迷雾(一寸先は霧)

原为“一寸先は闇”，中文有前途未卜之意。

四仔河上飘(よっつんの川流れ)

原为“河童の川流れ”，中文有善泳者溺于水，和人有失手、马有乱蹄之意。

和尚的背德(坊主の不道徳)

原为“坊主の不信心”，中文有言行不一，不能以身作则之意。同义的谚语还有“医者の不養生”、“儒者の不身持ち”等。

故事发生在面积占据东京都的三分之一，居住着230万名人口且其中八成人口是学生的巨大都市“学园都市”。学园都市的学生均会接受超能力开发，借由药物、催眠术与通电刺激等方式取得超能力。能力者以范围和威力分为无能力者Level 0至超能力者Level 5。

主角御坂美琴是学园都市中仅七位超能力者Level 5的其中一人，排行第三。她是拥有操纵电击能力的“电击使”，因其特有的绝招(将硬币以音速的3倍的初始速度发射)“超电磁炮Railgun”而得名。

本作通过美琴的视角来描绘学园都市的平常而不平凡的日常生活，也叙述学园都市秘密进行非人道性质的实验，从而使大家对于本作及本篇《魔法禁书目录》的背景(世界观中科学侧)的认识慢慢变得清楚。