为了成为顶尖一流的农民，青年阿尔?韦恩不断苦心钻研农民相关技能，终于把最后一项农民技能也练到MAX。然而，自从他的农民技能臻至登峰造极时，他的生活却开始急转到迥然而异的方向……在出乎意料的转折之下，踏上异于农民之人生旅程的──最强农民冒险奇幻谭第一弹。

初学将棋的扑克脸高一生：田中步，喜欢着棋艺高超又容易害羞的学姊八乙女漆。虽然经常直率地说出怦然心动的台词，却暗自发誓，要用将棋赢过学姊才能告白。在这宛如棋局般一攻一防的恋爱对弈中，步一次又一次地战败，他究竟能不能顺利赢过漆，并成功告白?在步步进攻的局势下，究竟哪一方才能稳住内心不受动摇，赢得最终胜利?

故事发生在面积占据东京都的三分之一，居住着230万名人口且其中八成人口是学生的巨大都市“学园都市”。学园都市的学生均会接受超能力开发，借由药物、催眠术与通电刺激等方式取得超能力。能力者以范围和威力分为无能力者Level 0至超能力者Level 5。

主角御坂美琴是学园都市中仅七位超能力者Level 5的其中一人，排行第三。她是拥有操纵电击能力的“电击使”，因其特有的绝招(将硬币以音速的3倍的初始速度发射)“超电磁炮Railgun”而得名。

本作通过美琴的视角来描绘学园都市的平常而不平凡的日常生活，也叙述学园都市秘密进行非人道性质的实验，从而使大家对于本作及本篇《魔法禁书目录》的背景(世界观中科学侧)的认识慢慢变得清楚。