公元2195年，谜一般的兵器群“木星蜥蜴”突然出现，并以压倒性的战斗力占领了火星的殖民地以及月球的背面。地球的各地均有被称为“郁金香”的母舰降落。与此同时，民间企业尼尔加重工(ネルガル重工，NERGAL)完成了实验战舰ND-001抚子号(ナデシコ，Nadesico, 纳迪斯高/力高号)的建设。

即使是对着木星蜥蜴的兵器，装备在抚子号上的兵器依然具有技术上的优势，包括扭曲力场(Distortion Field)防护罩以及重力波炮，使得抚子号成为了当时唯一能与木星蜥蜴抗衡的战舰。在人员的任命上，由于采取了“能力一流，不问性格”的选拔方针，结果使得整艘舰的工作人员都是些有点“特殊性格”的人。

火星出生的主角天河明人，在一次偶然的机会遇见了儿时玩伴御统百合香。想再次与百合香相会的明人，一直跟在她的后面，并意外地登上了准备出港的抚子号。其后明人虽然被聘请为抚子号的厨师，但却发生了一些意外，使得明人要驾驶舰载的机动兵器艾斯特巴利斯(Aestivalis)进行战斗……

本故事就讲述一班在抚子号上的成员的经历，他们一方面和木星蜥蜴作战，另一方面又要在地球政府吞并的压力下力求独立自主，而他们随着不断的战斗，渐渐揭开隐藏在背后的惊人事实真相……

徘徊于世间的亡者之魂，在大地森林中生息的精灵，以及崇高的神佛们，他们被人类称作为“灵”。在人类的世界里，有少部分的人能够与他们自由的交流，并且能够随意操控某种常人无所可及的力量，这些人便通称为“通灵人”。

罗侯星和计都星是秘教中象征“破灭”的神秘之星。每500年会一起接近地球，相传会为地球带来大灾难。每当此时，就会出现一位救世主，将500年一次的“破坏”转为重大的“再生”。“通灵人大赛”便是为此而每500年举行一次，胜利者可得到代表一切的伟大精灵“The Great Spirit”的祝福，而成为“通灵王”。

主角为13岁的通灵人麻仓叶，为了实现“能够过着无忧无虑的生活”之愿望和与未婚妻恐山安娜的约定，从老家出云出发到东京修行。越接近比赛开始之时，开始有来自世界各地的通灵人，怀抱各自的梦想聚集到日本东京参加东京通灵人预赛。

叶在这段期间内为了存活并变的更强，接受各式各样的考验，碰到各式各样的伙伴与敌人，心灵与力量随之成长茁壮。直到正式比赛开始，要跟随帕契族出发到美国时，遇到了一位自称“未来王”的人，名叫叶王，野心是创造一个“只有通灵人的世界”，将所有的人类毁灭。而此时麻仓家为了阻止祖先传下来的罪孽，将一切实情与秘笈“超.占事略决”交予安娜，要她前往通灵人大赛，并将这背负的使命传达给叶。

然而乐天的叶，选择了另一种做法。