无印
一支企图征服海洋的民族——帕哒拉萨族，原本被亚夸·蕾吉娜女神封印在海底，但此道封印在某日遭解除，之后该族首领卡酷特（凯特）及其手下接连侵略了印度洋、南太平洋、南大西洋、北大西洋、北极海等美人鱼王国，并掳走其中几位美人鱼公主。
主角七海露西亚是来自北太平洋王国的美人鱼公主，为了救活一个男孩而将自己的真珠给了他。七年后，她为了寻回真珠而来到陆地，并再次遇上了这位男孩——堂本海斗，但如果直接告诉海斗她真正的身份，就会化为泡沫，因此她努力的要让海斗察觉。露西亚也遇上了因王国被侵略而在陆地流亡的南、北大西洋的美人鱼公主——宝生波音和洞院丽娜，为了恢复海洋世界的和平，她们必须聚集七位美人鱼公主，让亚夸·蕾吉娜女神得以重生。在找寻其他公主的过程中，她们利用真珠的力量，用歌声对抗敌人；然而，她们后来发现了一位消失的美人鱼公主与海洋世界纷乱的关联，且海斗的身世也藏着不为人知的秘密……
Pure
在结束了与卡酷特（凯特）的战役之后，露西亚、波音与丽娜以外的美人鱼公主们各自回到自己的祖国重建家园，海斗也决定前往夏威夷寻根，与露西亚约定后会有期。但原本平静的海洋中，却突然出现了一位叫“美克尔”的神秘人物，让海底世界蒙上一层诡异气氛，同时也传来海斗失踪的消息……
aqua
剧情设定主角为露西亚的女儿，七海露琪亚。
黑之契约者
十年前，被称为地狱门的不可侵领域突然出现在东京。 真正的星空消失，取而代之的是虚假的星星。世界各地开始出现被称为“契约者”的超能力者。这些本是普通人类的能力者丧失冲动的情感，只遵循“合理性”而行动。围绕“门”的谜团，各国势力和契约者们展开了殊死的利益争夺。“门”里出现的未知事物，昭示这个世界不可避免的走向终结。在静谧绝望的黑暗中，人类、契约者和Doll之间上演着一幕幕人间故事。
漆黑之花
“东京大爆炸”后数周。离奇的连续杀人案件，持有神秘黑花的契约者，如乌云般笼罩这座城市。其中，还有仍然徘徊在这座城市的契约者——BK201的身影。
接受黑花移植的女高中生——月森梓，变成了拥有超出想像之力量的“觉醒者”，并开始了她的复仇。随着事件的深入，与潘朵拉、“组织”和黑花有关的新的黑幕渐渐浮出水面……
流星之双子
东京大爆炸的两年之后，以冬季的俄罗斯为舞台，契约者黑以及少女苏芳两人的相遇，展开全新的故事。
名词解说
“门”(ゲート)
第一季10年前，由谜之光束贯通地球形成口径10公里的未知领域。两个“门”分别是位于巴西的“天堂门”(ヘブンズ・ゲート)和位于东京的“地狱门”(ヘルズ・ゲート)。伴随着门的出现，平流层以外的空间变成不可侵入区域。除太阳以外的天体都从天空中消失，夜空被“虚假的星空”所取代。“门”导致契约者和Doll的出现，并产生多种神秘物质和物种。其内部弥漫着特殊的粒子(“门”粒子)，是各种物理现象都被扭曲的死亡区域。
“门”的流出物质和衍生技术对人类社会产生深远的影响，也被各国视为极重要的资源而垂涎。围绕“门”的利益争夺曾导致南美的大战，而日本则将地狱门的主权移交给联合国以避免遭受战祸。第一季5年前以来，天国门已被半径1500公里的隔绝领域包围，人类可以接触的仅剩地狱门。后者亦被500米高的巨大围墙保护起来禁止一般人进入。研究证实一旦把门消灭，地球上所有的契约者也会随之消失。
“门”的出现和变异都被三鹰文书在50年前所预言。第二季结尾随着复制地球的完成，地狱门也随之“打开”。到底是谁、出于何种目的创造了“门”，门内产生出来的又是什么，人们无从知晓。只是“门”的存在昭示著许多年以后某种事物的开端，同时也是世界走向终结的开始。
契约者(契約者)
随着“门”的出现，由人类突变而来的超能力者。成为契约者不需任何理由，而是随机的。典型的契约者，其精神构造为利己的合理性思维，会采用最有效的办法来达到目的，故一般显得冷酷无情。契约者还须为能力的使用而支付“代价”(自身的强制行为或变化)，这也是“契约者”之名的由来。契约者可能持有相同的能力，但代价的内容和支付方式却多种多样。能力和代价之间并无绝对的关联。
契约者和虚假星空里的星星一一对应。使用能力时有光谱反应，死亡时则化为流星坠落。通常经由天文部分析过的契约者之星都会被安排一个梅西耶编号。契约者发动能力的另一标志现象是瞳孔亮起红光，身上则释放出青色的拉塞尔诺普特放射光。
一直不支付代价的契约者会变成“延迟支付者(Moratorium)”而无法控制自己的能力，最终则彻底丧失自我成为Doll。亦有一次付清代价(如失去本体)的特例。根据奥莱优的说法，契约者是未能完全从人类变成Doll的“残次品”。
除以上特点以外，契约者和普通人类没有区别。契约者和契约者结合，生下的后代一如常人，并不见得拥有契约能力。
Doll(ドール)
契约者的同类。同样因为“门”的出现而由人类突变而来，也会随“门”的消灭而灭绝。看上去完全丧失感情和自主意识，如人偶一般，没有收到指令就无法自己行动(但故事中出现的Doll往往有例外之举)。通常会被灌输用以维持最低限度生活能力的人格程序。
虽然没有契约者一般的超能力，但可通过一定触媒放出名为“观测灵”的隐形分身(能被契约者所见)，常用于进行大范围谍报活动。除被情报机关收容外，外形漂亮的Doll也会在黑市被作为赏玩物品高价交易。
在“进化”程度上高于契约者。拥有可以彼此沟通的精神网络，即Doll Network。Doll也在进化之中，变得拥有独立人格和人形化的观测灵。若有感情的长久共处会加速这种进化，且感情越不安定加速越快。