初中二年级学生天野雪辉习惯远离所有人，以一个“旁观者”的角度把亲眼所见的事记录在自己的手机中。他唯一的朋友，是在梦中空想的时空神宙斯，连带着其小使魔姆鲁姆鲁。在日益的交流下，宙斯对于雪辉的价值观感到相当有趣，决定正式推行某个计划。

一天，天野雪辉发现手机的日记出现了不应出现的内容，这日记竟然记录了未来发生在雪辉身边的事，包括考试内容和遇到的危险等，拥有绝对预知的能力令雪辉感到大为欢乐。然而，雪辉亦发现自己被一位神秘的同班同学──我妻由乃纠缠着，而对方亦知道宙斯的存在，甚至也有一部未来日记，记载的是预知雪辉所有动向的“雪辉日记”。之后，宙斯将拥有未来日记的十二个人召唤到“因果律大礼堂”说明自己的计划，原来是因为掌管时空的宙斯寿命即将到达尽头，因此要利用“未来日记”来选出一位继承自己的人。游戏规则为：未来日记持有者要循着自己手上能预知未来的日记，找出其他的持有者，并展开你死我活的生存游戏，而最后生存的人将会成为宙斯的继承者，掌握支配时空的“神之座”。由于雪辉的日记有强大的无差别特性，他旋即被众人视之为头号歼灭目标。真正站在他这一边的，就只有疯狂追随的我妻由乃。

被宙斯编号为1st的天野雪辉和2nd的我妻由乃，就此一同邂逅其他持有者，亦在机缘下牵连了身边的同学和一位刑警等等。于充满背叛和苦衷的言辞中，雪辉多次在战斗中倒下，只能倚赖由乃的高度战斗力，然而我妻由乃不时显现出过分病态的一面，令雪辉不时怀疑我妻由乃的可靠性。随着游戏发展，雪辉惊觉这个一直在身边“扶持”的女孩，可能隐瞒了许多惊天动地的真相。这除了动摇雪辉的信任外，亦使他不得不直接面对世界崩坏的大事……

这是一个从世界毁灭开始的故事——星宫映司，曾经许下了“毁灭世界”的愿望。十年前，世界遭受原因不明的大规模破坏而一度濒临灭亡。那其实是映司年幼时的“愿望”，在偶然间实现所造成的后果!

具有将“愿望”化作“能力”的能力者“ORDER”正横行于世界。而在与转学生红铃相遇后，映司的命运将大幅动荡!

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故事开始时土宫神乐的母亲刚刚过世，父亲为了继承白叡必须到各地除灵无法分心照顾女儿神乐，于是谏山黄泉就向父亲请命照顾土宫神乐。神乐因此开始跟黄泉住在一起。神乐得知黄泉的工作是兼职于国土环境省里面的退魔师，专门负责清除恶灵。二年后神乐也加入了环境省做兼职。在与黄泉的朝夕相处中，姐妹之情日益加深，而黄泉和环境省的另一个同伴饭纲纪之在父母之命下订了婚。 黄泉的表姐谏山冥素来对黄泉不满，觉得黄泉夺走了本该属于自己的地位。而其除灵过程中不幸被A级恶灵三途河和宏所杀，并被赐予杀生石复活，成为了恶灵。

以恶灵身份复活后的冥开始了自己的报复和夺权。不久，她便杀死谏山家当主(黄泉的养父)，帮自己父亲坐上当主之位，继而剥夺了谏山黄泉的一切。冥对黄泉的嫉恨仍然没有解除，她将失意的黄泉约在郊外，将杀害黄泉父亲的事实告诉黄泉刺激黄泉，本想将愤怒的黄泉斩杀，却不料反被黄泉杀死。此后，A级恶灵三途河和宏出现将黄泉打成重伤，全身神经几乎全被切断。受伤期间，黄泉受到环境省的质疑和调查，又被解除婚姻，未婚夫更是不见踪影，就连神乐也因为怀疑她而流着泪跑出了病房。失去了一切支柱的黄泉被三途河趁虚而入，植入杀生石，堕入了无底的深渊。 受杀生石的影响，黄泉无法控制自己开始到处杀戮。她不仅杀死近半的环境省队员，还导致神乐的父亲身负重伤，不治而逝。黄泉很快成为众矢之的，各路除灵组织和环境省都开始对她进行追杀，就连未婚夫和神乐也必须加入追捕黄泉的行列。最终，谏山黄泉与继承了土宫家灵兽白叡的土宫神乐终于展开了决战。