1878年（明治11年）。在明治维新之后，为了处理日本国内的士族叛乱这类犯罪者，将他们大部分都送到了监狱里，但是逃狱事件时有发生。于是政府就在滋贺县的琵琶湖里浮着的巨树中建造了绝对不可能逃狱的监狱“狱门处”，将重犯全都送了进去。而负责最后阶段护送的“渡桥者”一职则是由湖边“昙神社”的“昙之三兄弟”担任。

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“京乃圆（まどか）”是个打从心底热爱自己故乡千叶县鸭川之海的女高中生，同时也是一人社团“鸭女运动服社”的成员，以“要是遇到需要帮助的人就要挺身而出”作为中心精神进行社团活动的17岁少女。

某日她与神秘的美少女“兰（ラン）相遇，第一眼就认为对方是同类的圆，热烈地想要邀请她一同加入运动服社中。此时又有一位不可思议的转学生“麦波（ムギナミ）”转入了圆的班级中，面对着一口气增加成三人的社团，他们能不能守护好鸭川呢……？

故事发生在千叶县鸭川，京乃圆（石原夏织 配音）是一位平凡的十七岁少女，就读于私立鸭川女子高中。生性活泼善良的京乃圆喜欢帮助他人，因此成立了名为“Jersey部”的团体，虽然京乃圆是这个团体里的唯一成员，然而，能够一步一步实现自己的理想，京乃圆感到十分幸福。

一次偶然中，京乃圆邂逅了名为兰（濑户麻沙美 配音）的神秘少女，尽管兰个性冷静沉默，但在她的身上，京乃圆还是感受到了和自己相似的气息。就这样，兰成为了京乃圆的同伴。之后，名为麦波（茅野爱衣 配音）的转校生亦加入了京乃圆的团体，当三人相聚之时，命运的齿轮开始了旋转。

东京大地震十年后，人们逐渐淡忘这场大灾难所带来的恐怖回忆，当时亲身经历这场灾难的男主角“五十岚丸太”，却因当时的意外丧失记忆。现今的丸太与其他同学过着普通而平凡无奇的每一日，但这一切并未带来永久的幸福，而是死亡的开始。某天，一名红色男子“赤之男”突然现身学校，并将所有丸太的同班同学杀害，并置入一个红色核心在丸太的体内。原本见到事实的丸太以为将被赤之男杀死，醒来却躺在医院得以幸存，但这活着却彻底改变他的命运。被拯救后的丸太，表面虽在辨护律师“玉木常长”帮忙下，最后仍被莫名冠上莫须有的罪名予以起诉，最后的判决竟是处以“死刑”，被强迫送至民营化的监狱“DEADMAN WONDERLAND（死囚乐园）”。死囚乐园是以东京复兴为目的，在日本建立唯一的民营化刑务所，表面上是为了各种囚犯而建立，并让人观光的乐园，但其实是个利用死囚互相厮杀，并借此吸引大量金钱投资，把拥有特殊能力的死囚做为实验的不祥之地。在这充满绝望的“乐园”里，丸太先与死囚乐园的看守长“真纪奈”见面，了解此乐园对各种刑犯的残酷，绝望下，与青梅竹马的神秘少女“白”再次相遇，并展开对抗死亡命运的战斗……

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