东京篇

主角绯村剑心流浪至东京，因为神谷薰的挽留而留在东京。其后认识了明神弥彦、相乐左之助及高荷惠等人，又与前幕府杀手鹈堂刃卫、御庭番众首领四乃森苍紫决斗，其间剑心经历了多次战斗，令剑心自觉慢慢变回昔日的刽子手拔刀斋(千人斩拔刀斋)(人斩り抜刀斎)。最后在与幕末时代的对手前新撰组第三小队组长斋藤一决战及得知志志雄一党的阴谋后，独自前往京都与志志雄一党对决。(漫画、电视动画)

京都篇

前维新志士志志雄真实及他的同党正在秘密活动，目的是推翻明治政府，由他带领日本成为强国。剑心为了阻止志志雄的计划得逞，独自离开东京前往京都。后来剑心的同伴亦逐一赶到京都寻找剑心，剑心从师傅比古清十郎身上学会飞天御剑流的最终奥义“天翔龙闪”后，与其同伴相乐左之助及斋藤一、四乃森苍紫联手，终于打败了志志雄一党。(漫画、电视动画)

漫画及电视动画的东京篇及京都篇在故事上大致相同。在京都篇完结后，由于当时漫画只是刚开始连载人诛篇，跟不上电视动画的制作进度，因此电视动画另行制作了岛原篇、胜海舟篇、由太郎篇(黑骑士团篇)及风水篇。但受到原作版本的读者批评与原作版浪客剑心的世界观相异，因此后期收视不太理想，在风水篇后便终止制作。

追忆篇

故事发生于剑心在幕末身为长州派维新志士时担当刽子手的年代(东京篇之前的故事)。故事讲述剑心与第一任妻子雪代巴的过去，解明了剑心左边面颊的十字疤之谜。OVA故事共分四幕，第四幕尾段雪代巴为阻挡敌人向剑心发出最后一撃的同时，亦被剑心一剑杀死，临死前用自杀的小刀在剑心面上划上一刀，与未婚夫清里和剑心死斗时划下的一刀，交织成剑心脸上的十字疤。漫画版的追忆篇连载于人诛篇初期剑心的回忆自述，而OVA则独立讲述剑心的过去。(漫画、OVA)

OVA版本的追忆篇内容虽然与漫画原著并无太大出入，但其风格却与之前的电视动画版大大不同。彻底摆脱了少年漫画的风格，特别是拔刀斋出招时其没有像过往一般大喊出必杀技名称，而一般很难于少年漫画及电视动画中出现的大量血花四溅的残酷场面亦一一呈现。坊间对此等手法毁誉参半，例如其血腥露骨的场面可能不适合原作的主要读者(小学生、中学生)，但亦得到一般未看过原作的人支持。而本作于日本海外评价亦相当高，在美国的销售亦曾登上全年DVD销售榜的第7位。

人诛篇

雪代巴之弟雪代缘当年亲眼看到姐姐死于剑心的刀下，长大后集合了“六人同志”，向剑心展开复仇行动(在上海流浪垂死之际被好心日本家庭收留，却因为只想练能攻克剑心武功的念头而杀死对方一家并取走武功秘笈单刀法而自练出倭刀术以及其绝招虎伏绝刀势)。由于雪代缘的阴谋，使剑心一度以为神谷薰被杀而意志消沈(神谷薰之死令当时少年JUMP周刊的读者引起一阵回响)。最后剑心回复斗志并打败雪代缘，雪代缘持着其姊的日记消失在剑心等人面前。(漫画)

番外篇

结束连载以后以SP模式连载两个番外篇，分别是《早春樱花》及《弥彦的逆刃刀》。前者提到了结局之后众人各自的新旅程，如左之助的世界一圈之旅到了蒙古。后者是弥彦以神谷活心流行侠仗义的活跃篇。

第零幕

2012年初由日本漫画杂志“JUMP SQ”公开了《浪客剑心》将于八月号开始推出新连载《第零幕》，与1999年结束的连载相隔十三年的新篇章。

北海道篇

2017年9月连载的新续篇，故事发生在“人诛篇”后5年(1885年)，绯村剑心和神谷薰动身前往北海道寻找薰的父亲神谷越路郎，同时和环游世界回来的左之助、在日本流浪的宗次郎、在北海道服刑的安慈、与调往北海道的斋藤一重逢。就连新撰组的永仓新八，也将在“北海道篇”出现。

剧情描述一位12岁少年小杰·富力士寻找父亲——金·富力士的故事。猎人（HUNTER）一词是故事设定的世界中各种领域的社会菁英。此外，此本作的角色及设定用语请参考以下条目介绍。

猎人试验篇 No.001－038（单行本1卷 - 5卷）

自小生长在鲸鱼岛的小杰小时候因误入母狐熊的势力范围，就快要被攻击时，一名路过、名叫凯特的男子救了他。原来凯特是他的父亲──金的徒弟，凯特告诉小杰许多关于他的父亲及猎人相关的事情，因此小杰对金及猎人这个职业有很大的憧憬。他在考试的过程中结识酷拉皮卡、雷欧力、奇犽等好友，并与西索结下再战之缘。最后，在互相帮助下小杰通过试验成为猎人。

揍敌客家族篇 No.039－043（单行本5卷）

小杰、酷拉皮卡和雷欧力皆通过了猎人试验，为了带回回到家族的奇犽，三人往奇犽的家出发。三人顺利地来到奇犽家门口却无法进去，原来要进入揍敌客家必须打开沉重的“试炼之门”，否则就会被看门犬视为入侵者后咬死。后来在大门看守人皆卜戎的协助下，三人终于具备开门的能力，往本邸前进。被囚禁在家的奇犽在得知小杰等人已来到家中，在与父亲长谈后便前往与其会合；虽然奇犽的母亲反对父亲这么做，但奇犽的父亲却意味深长的表示，奇犽总有一天会再回来。

在奇犽还未与三人会合的空档，揍敌客管家梧桐对三人进行“猜铜板”考验，并透过此考验给予小杰忠告。四人再次团聚后，雷欧力为了准备医学院的考试要离开，奇犽和小杰则一起行动，酷拉皮卡则在猎人试验时，从西索口中得知幻影旅团线索与西索约在九月友克鑫市碰面，在那之前准备利用猎人身份开始工作与寻找族人的眼睛“火红眼”，四人相约在九月一日友克鑫市见。

天空斗技场篇 No.044－063（单行本5卷 - 7卷）

小杰为了要再次与西索交手，便与奇犽一起去天空竞技场修练顺便赚钱。在那里，奇犽和同年的智喜对战，并对智喜未知的力量感到疑惑，两人见到智喜的师父云古、得知那是神秘的念能力，云古便协助他们开发这种力量。因为小杰在修行“凝”时，所放出来的念能力，表现令西索激赏，也因此西索答应与小杰展开战斗的约定。虽然结果是西索轻松胜利，不过小杰也终于还了西索在试验时给予协助的人情，之后小杰和奇犽跟着云古和智喜修练，某天疾斗及狸狈多以卑鄙手段逼迫两人与他们展开战斗，但最终结果由小杰和奇犽获得胜利，此战过后两人也离开天空竞技场，决定回到鲸鱼岛。

返回鲸鱼岛篇 No.064－070（单行本8卷）

小杰与奇犽回到小杰生长的故乡──鲸鱼岛。而后米特阿姨把小杰父亲金?富力士所留下的小箱子交给小杰。小杰从而得知“贪婪之岛”（G.I）的存在。

拍卖会篇 No.071－119（单行本8卷 - 13卷）

主角4人再次在友克鑫市相遇。故事世界中最大规模的拍卖会在友克鑫市举行。小杰、奇犽和雷欧力涌进各种方法筹集资金购买名称为“贪婪之岛”的游戏，这是藏有金的线索的游戏，在过程中也与酷拉皮卡的仇人幻影旅团发生冲突。最后小杰和奇犽顺利得到玩游戏的资格，四人再次各自旅程。

贪婪之岛篇 No.120－185（单行本13卷 - 18卷）

小杰与奇犽进入由金与他的朋友们所制作──猎人专用的梦幻电玩游戏《贪婪之岛》，当他们进入游戏之没过多久就见识到此游戏的危险之处──并遇到了神秘少女比司吉，她看不下去小杰和奇犽的战斗方式，要他们拜自己为师，之后两人在比司吉的指导下修行并且一路闯关，在最后打倒了贪婪之岛中的凶恶玩家炸弹魔甘舒，并取得一百张卡片、破关成功。

蚁王篇 No.186－318（单行本18卷 - 30卷）

小杰与奇犽使用贪婪之岛破关奖品打算去找金。但是在那里等著的并不是金，而是凯特。凯特他们在未确认生物的探索和调查中，发现巨型嵌合蚁的残骸，一行人前往NGL。小杰和奇犽了解嵌合蚁的强大，在凯特的牺牲下逃出NGL。在讨伐队还尚未准备完全之际，嵌合蚁王诞生了。王率领直属护卫队和一部分士兵，在背后统治东果陀共和国，打算进行‘选别’（挑选）。为了防止更多的人死亡以及为凯特报仇，小杰一行人再次向嵌合蚁挑战。

十二支会长篇 No.319－339（单行本30卷 - 32卷）

十二支登场，尼特罗会长于嵌合蚁之役死后，从猎人协会会长退位，开始选拔新的猎人协会会长。全世界的猎人为了新的猎人会长选举一事纷纷开始活动；另一方面，奇犽为了拯救伤重的小杰而再度回到揍敌客家族。

暗黑大陆篇 No.340－ （单行本32卷 - ）

有天自称尼特罗之子的比洋德·尼特罗在卡丁帝国支持下向全世界发表招募同伴前往暗黑大陆的影片，在十二支们接获V5所发出的“追捕比洋德”命令的同一时间，比洋德主动前来被逮捕并要求交换条件──十二支需陪同他一起至暗黑大陆。同时雷欧力和酷拉皮卡加入十二支并接替十二支的子、亥之位置。

金以No.2身份加入比洋德雇用前往暗黑大陆的专家团队，后来当卡丁帝国的船发出后，和其他包括12支的猎人也登上船，酷拉皮卡成为第八王妃奥伊特和第十四王子的保镖，其目的为第四王子手上收藏的族人眼睛。船的目的地为邻近暗黑大陆边界的假想“新大陆”，航行过程中，王位争夺战正式展开。

游戏本传《绯色的碎片》系列

故事主角春日珠纪因父亲调到非洲工作，因此她被叫到外祖母家所在的季封村去，和外婆一起生活。被叫去的真正原因是因为一把名为“鬼斩丸”的刀因某种原因封印开始减弱，而导致村里的神明纷纷骚动了起来，又因主人公的体内流着玉依血脉，被称为“玉依姬”，而玉依姬自太古以来代代都继承著封印“鬼斩丸”的使命。

同时，五位被称为“守护者”守护玉依姬的少年们出现了。游戏中就是描写珠纪在对抗阻止封印的谜样组织逻格斯的过程中，和“守护者”之间产生的恋情。

游戏本传爱藏版《绯色的欠片 茜色的追忆》，追加游戏本传的部分剧情补述。附加外传作品《绯色的碎片 在那片天空下》则交代“鬼斩丸”被封印后，珠纪正式继承玉依姬身份和其他守护者们的互动，并分别经历情人节和秋祭（DS游戏版则追加圣诞节篇章）的事件。

《翡翠之雫 绯色的碎片2》系列

该作故事设定于鬼斩丸封印半年后，一座被高山围绕的沿海村落－锦律见村，主角高千穗珠洲是居住于锦律见村的水杜珠洲学院高中2年级学生，历代负责守护海神神社的最高位海神巫女“玉依姬”的继承者。长年以来，锦律见村的“玉依姬”肩负着祭奉龙神的使命，维护着锦律见村的和平。直至剧情初始时，龙神因故发狂，开始在锦律见村兴风作浪，珠洲的母亲暨先任玉依姬高千穗彩子为平息龙神的愤怒，牺牲自己的生命，连珠洲的义姊八坂真绪亦于抢救珠洲的过程中，不慎遭海啸卷入海里，虽然珠洲为母亲和义姊的遭遇感到哀伤，但还是强忍丧亲之痛，继承母亲的遗志成为继任玉依姬。

历劫归来的真绪再度和珠洲相会，但此时的真绪不仅性情丕变，沾染污浊的邪气，甚至还威胁珠洲将象征最高位海神巫女“玉依姬”的证明“玉依姬的勾玉”亲手交给她，否则将对其不利，转而动身离开珠洲的面前。为了寻回真绪并发掘后者产生异变的实情，珠洲决定踏上旅程，还陆续邂逅几名拥有特殊力量，被称为“守护者”的少年，进而和“守护者”谱出恋情。

本作关于玉依姬和守护者的世界观和历史设定有别于《绯色的碎片》和《白华之槛》，其攸关于丰玉姬和玉依姬的叙述，系取材于日本神话丰玉姬分娩并托子于玉依姬的典故。在《绯色的碎片》登场的珠纪和守护者们，将以协助者的身份客串登场。

《真·翡翠之雫》则是《翡翠之雫》经过剧情重制的游戏版本，在DS版附有“桃花祭”的后日谈结局。

《苍黑之楔 绯色的碎片3》系列

《苍黑之楔》的剧情背景，建立于“鬼斩丸”被封印一年后的夏天，季封村产生的异变忽然袭向珠纪和守护者们，为了查明幕后的真相，珠纪等人决意再次迎接挑战并阻止世界的毁灭。DS平台的游戏版本，附有“红陵祭”的后日谈剧情，叙述珠纪和众角色们参加红陵学院文化祭的经过。

外传资料片《苍黑之楔 迎向明天》补充说明《苍黑之楔》事件落幕后的翌年春天，通过应届入学测验的珠纪和守护者们接获大学的录取通知，面临即将来临的毕业典礼和生活变化，众人进而流露彼此间的心路转折，终结自《绯色的碎片》本传起始的系列故事。剧情模式共分为“大家的结业式”和“与你的结业式”两个篇章，“大家的结业式”为众角色的共同故事线，依据主人公的选择令剧情产生些许变化；“与你的结业式”系承续《苍黑之楔》和指定角色发展出Goodending后的续篇故事线，为主人公和个别角色的恋情作出总结。

《白华之槛 绯色的碎片4》系列

故事背景建立于距离《绯色的碎片》千年前的平安时代，该作主角词纪系当代肩负守护和封印鬼斩丸使命的“玉依姬”，因为幼年时期身为先任玉依姬的母亲卯纪之死，深陷咎责之情而无法从过去的囚梏解脱。然而随着其和“守护者”们的邂逅和相恋，词纪的命运亦逐步产生了变化。《白华之槛》的游戏本片共有15种结局，每位可攻略对象个别有Bad ending、Normal ending、Good ending的结局模式，其中仅有一个结局承接《绯色的碎片》和《苍黑之楔 绯色的碎片3》系列的历史设定。

附属外传《白华之槛 四季之诗》，则是额外描述词纪在世界恢复和平后，和其他守护者互动所发生的故事。《四季之诗》分为“春”、“夏”、“秋”、“冬”四个篇章，部分原本于《白华之槛》无法攻略的角色，将于《四季之诗》成为可攻略的对象。

该作是《绯色的碎片》和《苍黑之楔 绯色的碎片3》系列的前传，并补充说明部分《绯色的碎片》和《苍黑之楔 绯色的碎片3》登场角色的祖先的经历。

《绯色碎片 新玉依姬传承》系列

主角藤森沙弥是居住于寒名市的高中2年级学生，原本过着极其平凡的生活。某个月夜，沙弥偶然和名为鬼崎刀真的持刀少年相遇，之后却经常发现无人查觉的诡异气息和谜样生物，加上几名神秘的少年们不断地接近她，令其深陷苦恼之中。后来沙弥在险遭不明生物袭击之际，被先前于月夜里邂逅的刀真所救，以刀真为首、集结在现场的五名少年，宣称沙弥正是他们负责守护的“玉依姬”，而他们则是随侍在玉依姬身边的“守护者”，环绕在沙弥和守护者之间的冒险故事就此展开。

《新玉依姬传承》是绯色碎片系列里，唯一将剧情背景设定于现代都市的作品。守护者皆由《绯色的碎片》的配音员担纲演出。

动画剧情

某一日，平凡的女生春日朱纪(三宅麻理惠 配音)在回老家的途中遭到了魔物的攻击，索性被少年鬼崎拓磨(杉田智和 配音)所救。之后，惊魂未定的朱纪被祖母告知，长久以来，村中封印着一把名为“鬼斩丸”的妖刀。而此刻，妖刀的魔力开始渐渐苏醒，从而吸引了大量魔物前来聚集。作为“玉衣”的唯一后人，朱纪拥有着将妖刀再次封印的能力和责任，为此，一场华丽的冒险就此展开。

在朱纪的身边，出现了被称为“守护五家继承人”的男子们，保护朱纪的安全，就是他们的职责所在。除了鬼崎拓磨之外，还有傲娇自负的鸦取真弘(冈野浩介 配音)，冷静温柔的狐邑祐一(浪川大辅 配音)，年长可靠的大蛇卓(平川大辅 配音)等人。在斩妖除魔的同时，朱纪也和这些可靠的保护者们产生了深深的羁绊。