东京都立程久保高中二年级的少女川岛南，去看住院的好友宫田夕纪，决定代替已住院的夕纪，帮忙加入棒球部当经理。南上任后，目标定为带着棒球部打进甲子园。

但南平日全是看而不做，不知怎样才好时，在书店内误拿了一本美国管理学大师彼得·德鲁克（Peter Drucker）1973年著作的管理学入门书《管理：任务、责任、实践》（Management: Tasks, Responsibilities, Practices）。《管理》里面写的是企业经营和组织论的本质工作。

南看完这本书，深受感动，决定采用其书内的人事管理模式，思考着顾客的定义、市场、管理学及创新的重要性，将其管理知识运用在棒球部内的管理改革上，一步步把棒球部重新架构。南的棒球部管理现在开始，并带领棒球部前往朝甲子园迈进……。

少女艾琳与母亲苏洋相依为命的住在斗蛇众的村子里，由于苏洋的医术精湛，斗蛇众将斗蛇中特别善战的“牙”交由苏洋照顾。有一天，村里所有的“牙”一夜间全部死亡，苏洋因此受到处刑。艾琳虽然努力想拯救母亲却失败，沦为孤儿后受到养蜂人约翰的帮助。与约翰同住期间，艾琳在山中遇见翱翔天际的野生王兽，受到王兽飞翔的英姿吸引，艾琳决心与母亲一样成为兽医。于是由约翰引荐给过去好友艾萨尔教导师长所在的卡札姆王兽保护场住校学习。

想要了解、帮助王兽、并与它们一起生活的艾琳成长得飞快。但她发现人类用来驱使王兽与斗蛇的无声兽笛会使动物们有短时间的僵硬。她开始对兽笛是否会对它们的身体产生负担一事产生了疑问。她开始试着去与王兽进行交流，用自己优秀的记忆力，将它们的发音正确记下来，并完美地再现。在越来越了解王兽的生态之谜时，虽然不是出于艾琳的本意，却自然地成为了真王与大公之外的又一新生力量。不久之后，艾琳就站在了能够左右王国命运的立场上……

每集列表

中央线版

作品名为“奇迹列车~欢迎来到中央线~”，此为本系列的第一版本。本次角色包括东京、新宿、中野、立川及吉祥寺5站以主。中央线版推出过小说及漫画，动画则只是1集OVA。

大江户线版

作品名为“奇迹列车~欢迎来到大江户线~”，此为本系列最新的版本。本次角色包括都厅前、新宿、六本木、汐留、月岛及两国6站以主。

本次也推出过小说及漫画，但另外更有13集动画。

故事设定

大江户线列车外观，使用了都营12-000型4号车作为蓝本。但是，在车厢内却是使用1号车的装修。但是，对于喜欢1号车的车掌（12号）来说，4号车的外观也无所谓。

整列车最前头的地方是驾驶室，也是车掌的房间。但是，除了德川、六本木、月岛之外的人，也不知道里面的内容。在第7话中，看见车掌在房间内穿着浴衣出来，也是令全体唯一知道的内容。

在最后一集，也只有一个独立的场景给予六本木及月岛进去。

当一个女性遇上麻烦的地方，当经过票务机，就会自动派入奇迹列车之内，直至由“车站”完成任务为止。虽然是只给予女性，但是也有误乘的问题（第9集是男性乘坐的）。当然，在故事设定中，车务员小明也是其中一个遇上麻烦的女性。

除了车掌12号之外，其他人也不可以给予命令式行动。