蔷薇战争时代，被诅咒的具有两性身体的理查德，为了夺得绝对有利的权利，竟然不惜开始着手要取得王权。

十五世纪赫赫有名的两大家族──红蔷薇兰开斯特与白蔷薇约克所掀起的蔷薇战争。

约克王朝的最後一任国王「理查三世」，因为一个不为人知的天大秘密，一出生就被母亲视为恶魔之子。无法受到母亲关爱的理查，便将协助自己的父亲登上王位视为活下去的最大动力。

在一次偶然的机会下，理查遇到了一位自称牧羊人的神秘男子，他的人生也开始有了转变。以威廉·莎士比亚的历史剧《亨利六世》《理查三世》为原案描绘的禁断的暗黑幻想故事开幕了!

故事发生在面积占据东京都的三分之一，居住着230万名人口且其中八成人口是学生的巨大都市“学园都市”。学园都市的学生均会接受超能力开发，借由药物、催眠术与通电刺激等方式取得超能力。能力者以范围和威力分为无能力者Level 0至超能力者Level 5。

主角御坂美琴是学园都市中仅七位超能力者Level 5的其中一人，排行第三。她是拥有操纵电击能力的“电击使”，因其特有的绝招(将硬币以音速的3倍的初始速度发射)“超电磁炮Railgun”而得名。

本作通过美琴的视角来描绘学园都市的平常而不平凡的日常生活，也叙述学园都市秘密进行非人道性质的实验，从而使大家对于本作及本篇《魔法禁书目录》的背景(世界观中科学侧)的认识慢慢变得清楚。