江户时代存在着武士。有个拥有不死之身，被称为百人斩的〝万次〞。他遇见矢志要替父母报血仇的少女凛。她要万次在寻仇之旅上当她的保镳，他起初拒绝，但在凛身上看到已逝妹妹的影子后改变心意。为了向对凛灭门的剑道集团—逸刀流报仇，他们展开连身为不死之身的万次都备感胁迫的激烈生死格斗。

日本江户时代的1792年，拥有不死之身的剑士万次，发誓杀一千个恶人来赎百人斩的罪。遇到身负血仇的孤女凛后，他决定帮助其报仇。一路遭遇凛的仇人“逸刀流”，旨在剿灭逸刀流的幕府密探“无骸流”以及其他种种势力或个人。

设定中的不死之身，是通过一种西藏的秘术──血仙虫来实现。一旦成为血仙虫的寄主，无论是脑袋上开个洞，或是手脚砍断，都能及时被血仙虫修补好。为万次种上血仙虫的八百比丘尼就是这样活了八百岁。

该片改编自沙村广明所著同名漫画，讲述了拥有不死之身的独眼剑客万次与双亲被剑客组织“逸刀流”杀死的少女凛相遇，为她担任保镖并帮助她复仇的故事 。 传说中恐怖的百人斩剑客万次，他因为失去妹妹而找不到生存的意义，且被神秘的老太太强行给予了“永恒生命”，即使伤痕累累，也可以重生，拥有着想死也不死不掉的“不死之身”。漫长的时光里，他的剑术也日渐迟钝，生命对于他而言，不过是永恒而孤独的生存。有一天，发誓替被杀死的双亲复仇的少女凛求助于万次。看着与妹妹相似的凛，万次决定保护凛，并且帮助她报仇。“不死之身”的万次被迫展开一场殊死决斗 。此次属于该漫画重拍!

日本江户时代的1792年，拥有不死之身的剑士万次，发誓杀一千个恶人来赎百人斩的罪。遇到身负血仇的孤女凛后，他决定帮助其报仇。一路遭遇凛的仇人“逸刀流”，旨在剿灭逸刀流的幕府密探“无骸流”以及其他种种势力或个人。

设定中的不死之身，是通过一种西藏的秘术──血仙虫来实现。一旦成为血仙虫的寄主，无论是脑袋上开个洞，或是手脚砍断，都能及时被血仙虫修补好。为万次种上血仙虫的八百比丘尼就是这样活了八百岁。

本作的故事发生在游戏发售后一年的2010年，背景为现代日本，舞台从涩谷转移至秋叶原。其世界观与前作CHAOS;HEAD共通，但两部作品之间并无直接关系。

故事开始于2010年7月28日，“未来道具研究所”社团的两人，冈部伦太郎和椎名真由理去秋叶原广播会馆参加中钵博士的时间旅行理论发表会，见到了年仅18岁就在《科学》杂志上发表学术论文的天才少女牧濑红莉栖。发表会结束不久后，在会馆8楼深处，冈部发现了身上满是鲜血的红莉栖。惊慌失措的他带着真由理立刻离开会馆，给社团另一成员桥田至发送一条电子邮件告知这一事件。然而发送后的瞬间，冈部愕然发现街道人群消失，广播会馆及周围早已因不明人造卫星坠落缘故被封锁，没有人记得他所经历的事件。

数小时后，冈部和阿至在大学讲习现场再次遇见红莉栖，引发一阵骚乱。对冈部所说的话感到兴趣而至“未来道具研究所”的红莉栖偶然见到了冈部他们进行的实验，一连串研究发现冈部发送的电子邮件在一周前被收到!“未来道具研究所”研制的未来道具8号“电话微波炉(暂名)”竟然具备着将电子邮件发送到过去这一时间机器的功能。此时，冈部他们还不知道，这一发明，和他那封送到过去的电子邮件，已经影响了整个世界的未来……

作品中从架空的事物到实际存在的企业、大学、商品都以真名登场，现实中流传的都市传说、阴谋论、网络语言等话题也有提及。故事的核心由自称为未来人、实际上存在的网络人物约翰·提托所流传的话语、通过主人公的言行和手机进行操纵的游戏系统、网络上流传的“la jodaso stiana(食堂之男)”等为主题的小故事等构成，并借此虚实结合地展开故事。其开始时稍难理解，过半时突然展开。其中多有伏笔，结尾一气呵成。有评论称本作品“通关后还想消除记忆再来一次”。