故事设定在24世纪。彼时人类在火星上进行地球化改造工程，由于两极冰帽融解的水量超乎预期，全星球有90%被海洋覆盖，因而被称为“水星”(Aqua)。在此星球上有个以过去被称为“水都”的威尼斯为范本所建造的城市新威尼斯(Neo-Venezia)，因其仿古的建筑与承袭传统的生活方式而广受观光客喜爱;而其中有一种驾驶贡多拉穿梭于运河之间、带领观光客游览整座城市的职业，称为领航员(Undine)。

出身于地球(故事中称为“行星Manhome”)的水无灯里，以成为能独当一面的领航员为目标而来到新威尼斯，在“亚利亚公司”(Aria Company)见习;身为半熟手的她，每天都持续练习操控贡多拉及观光导览。《水星领航员》便是在描写灯里以及她身旁的朋友在一年四季中的日常生活点滴。

在本作品里出现的Undine(本意为水之精灵温蒂妮)指的是专为观光导览的贡多拉操控者。能从事的只有女性，是Aqua的明星职业。

领航员手上是否有戴手套为能力的指标：见习生的手为双手套(Pair)，半熟手为单手套(Single)，能独当一面的老手则无手套(Prima)。这是因为有本事的领航员不必使用过多的力量即可操控贡多拉、手也不大会起水泡，所以也就没有戴手套保护的必要了。

Pair 升级 Single 的测验是操控贡多拉到达称为“希望之丘”的地点，而此为测验内容、其位置与路程皆禁止泄漏;要升格为Prima，虽须通过贡多拉协会特定的考验，但升级并无明确标准，一般是交由各家公司或负责指导的前辈，关于测验的方法或标准完全由主考官决定。Prima 的平均升格年龄为18～20岁，成为 Prima 后便可允许为自己取个通称。

可以自由营业载客的只有无手套，单手套需有负责指导的无手套陪同。渡船(Traghetto)则允许单手套自行营业的，费用上比起Prima 较为便宜，也是由于 Prima 所操控的贡多拉较为安全之故。灯里经常使出“不收取费用，而以朋友的名义乘船”的钻漏洞招数，因为“规则上所禁止的是单手套以下的领航员所控船之营业行为，并非禁止让人一同乘船”，而周遭的人们也会默许。此招的发明者是以消磨时间为目的而想免费乘船的看火人阿晓;动画里的发明者则是小爱，只是后来阿晓也免费乘船。此外，单手套也能以助手的身份搭乘无手套所操控的贡多拉，动画中却有身为双手套的艾里须搭乘雅典娜或晃所操控之贡多拉的场面，小说里同样也有雅典娜的贡多拉让艾里须搭乘的情况。在月刊Undine第3集(18月号)里，艾里须操纵贡多拉，却在有雅典娜搭乘的情况下接受采访，想来也是用这个招数来随机应变。

领航员的制服为统一，夏天为类似水手服的衬衫(亚利亚公司的设计有很大的不同，衬衫的前襟为西服领，只有后领还保留水手服的形式)、贴身衣则为下䙓带有开口的连衣裙，再加上帽子、鞋子、和半指手套，胸口系上领结;冬季服饰方面，从长袖连衣裙的上面、肩膀的地方披着系有领结的短斗蓬(手套的设计也和夏天不同)。每家公司的服饰花样、帽子、领结、鞋子、手套、及连衣裙下䙓的开口位置不尽相同，成为各家公司的特色。另外在袖子和帽子上则带有各家公司的标识。

某高中美术部部员御厨仁为了参加地区美展，手雕了一座精灵像。没想到精灵像突然爆裂，残骸中出现一位少女薙，并且自称为神。薙要求住在仁的家以及靠仁清除镇上的“秽气”（“穢れ”，其片假名为“ケガレ”），于是仁和薙的同居生活开始了……

天上掉下美少女的故事已经落伍了，今次是美少女破土而出！

高中生御厨仁用古树的木材雕刻了精灵像木雕，本打算以此参加地区展览会。不想搬运中，木雕掉在地上，竟然突然变出一位蓝发美少女！

这是怎么回事？漫画中美少女出现，住进主角家的荒唐剧情难道要发生在仁身上了吗？正当仁因这突如其来的变化而不知所措之际，少女开口说道：“吾乃产土神也。”

这位叫做薙的少女自称是神灵显灵，手拿动画片中的魔法棒去消灭“秽”。但是无论怎么看，薙不过是个爱耍大小姐脾气的可爱女孩。

仁，面对这位破土而出的少女，到底该怎么办？

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天狐空幻（以下简称空）是三槌家守护神。然而三槌家的末代祭司美夜子去世后已无嗣后，于是空奉三槌家之命前往保护美夜子之子高上兄弟。原文中的“稲荷さま”原先指的不是狐仙，而是狐仙、妖狐侍奉的神，因为狐狸是稻荷神的注册商标，因此日本称法力高强的狐仙为稻荷神，并在各地都有供奉。故事的“天狐空幻”，就是因为法力高强被奉为稻荷神的代表之一。

高上透拥有遗传自三槌家的强大灵力，最后成为妖怪的下手对象。三槌家的长老（姥姥）预测到这件事情，便命高上兄弟的舅舅将兄弟俩召回。此外，为了驱除想接近三槌传人的妖怪，将因为调皮捣蛋而被封印上百年的守护神─“天狐空幻”放出来，以此保护高上兄弟。因为三槌家一脉单传，代代祭司只传三槌家的女性，而高上兄弟的母亲美夜子过世之后，三槌家正式宣告后继无人。因此，空以“高上家的守护神”身份，跟着高上兄弟回到东京。而原本专门侍奉三槌家的守护女“蛟”，也因此成为了“高上家的守护女”。

然而，私人的守护神能否自在的使用五行法术，必须得到当地土地神的允许。而当地的土地神─“惠比寿”（出自日本的“七福神”），却是个视财如命、心怀鬼胎，恶作剧之心不下天狐空幻的“便利商店店长”。而且还有许许多多的妖怪，都看上了高上兄弟是三槌家的传人，纷纷想要接近…

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