设定
人类的负面情绪累积混杂后会形成咒灵并对人类造成危害，日本每年不明死亡或失踪年均超过1万人大部分因此造成，只有使用被称为咒力的能量才得以祓除，而负责祓除的人称为咒术师。由于咒术师是利用负面能量(具体分为咒力和术式)与咒灵现场战斗的人，常常亲眼经历无辜杀害或悲惨死状，他们面对死亡时不可能不带有悔恨恐惧或愤怒，所以常见他们每一个战斗时总会呈现一副狰狞或者感到兴奋的模样，因此带出个人战斗风格和各自性格阴暗短处，而平常生活训练中咒术师也必须自主学会控制汲取负面情绪如杀意作为咒力。日本有两间咒术教育机构，分别位于东京和京都的咒术高等专门学校。咒物是带有强大咒力的物品，通常因难以破坏而被咒术高专保管，若经过妥善封印，可以当作地方设施辟邪。一旦出现事故，就派遣咒术高专相关人员进行处理。
剧情
高中生虎杖悠仁的祖父在逝世前嘱托他要尽可能助人，并希望他能在众人簇拥下死去。虎杖悠仁遇见来学校寻找特级咒物的伏黒惠，他为了解救因咒物而身陷危机的学长姊，吞下诅咒的手指，让“宿傩”这种诅咒跟自己合而为一。他得知只有自己能对付宿傩后，认为这是自己的使命，便加入东京咒术高专，成为最强咒术师五条悟的学生，和伏黑惠、钉崎野蔷薇成为同学。
宿傩不断地想支配虎杖的肉体。在对抗某个咒灵时，虎杖为了击败它而让宿傩控制了自己的身体，虽然宿傩轻易地取胜，但也将虎杖杀死。在宿傩和虎杖缔下誓约后，他便将虎杖复活。虎杖接受训练后，跟随咒术师七海参与实战，他们击退了由对人类的负面情绪产生的咒灵“真人”。真人决定与诅咒师夏油一派合作，共创一个只有诅咒、没有人类的世界，为了达此目的，他们要抑制五条悟并集齐宿傩的二十根手指，让宿傩取回完整的力量。
在东京与京都的咒术高专交谊会中，京都的校长下令杀掉身为宿傩容器的虎杖。在团体对战竞赛中，虎杖透过与东堂的切磋，学会控制咒力的方法。在双方热战方酣之际，真人和花御等特级咒灵入侵交谊会，取得高专保管的手指。五条在学生时代的过去表明，夏油在某次任务后对保护非咒术师的信念开始动摇，并想创造一个只有咒术师存在、不再有咒灵的世界，因此和五条分道扬镳。夏油之后遭五条杀死，但遗体被不明人士利用。
夏油一派以涩谷平民为人质，逼五条孤身对阵，尽管五条展现压倒性的强势，但他还是被以特级咒物“狱门疆”封印，虎杖等人动身营救他。
曾为咒术师的诅咒师一派，与现今身负除妖重责的咒术师们，各自为了自身的目的而相互战斗，一段惊天动地的咒术大战，逐步在日本上演。
故事发生在一个与现代社会相近，但充斥着被称为“恶魔”的怪物横行的世界。恶魔是带着动植物、概念等所有事物的名称而诞生，超越人类智慧的怪物。人们认为该名称越是恐怖，恶魔的力量就越大。恶魔可以透过补充人类的血液维持力量和治愈伤势。占据人类尸体的恶魔称为“魔人”，虽有人类的外貌，但人格是恶魔，但有少数可保持理性的特例。恶魔猎人是指与恶魔缔结契约，以消灭恶魔为业的人，包括政府辖下的“公安对魔特异课”和民间的恶魔猎人。
故事大纲
贫困的少年电次为了偿还亡父留下的巨额债务和生计，与链锯恶魔波奇塔合作猎杀恶魔。某夜，电次遭到丧尸恶魔暗算并被肢解，濒死前，波奇塔自愿以契约的方式和电次的心脏结合，让他重获新生并拥有变身成链锯人的力量，代价是电次必须让波奇塔看到他的梦想。电次宰了债主后，被公安对魔特异课第4课收留，与早川秋和搭档帕瓦同住。
在脱离有一餐没一餐的日子后，电次开始思考自己的梦想。虽然电次的上司玛奇玛把电次当狗一样对待，但电次还是对她一见钟情，且特别想揉她的胸部。他在击败蝙蝠恶魔后，搭档帕瓦为了报答他而答应让他揉胸部，但电次却在揉完后感到空虚并陷入困境。在经玛奇玛指点后，电次了解到应该注重心灵上的交流，玛奇玛也和他约好只要打倒枪之恶魔就帮他实现愿望。枪之恶魔盯上了电次的心脏，前民间恶魔猎人泽渡茜便与它缔约，取得大量枪支后动用黑帮暗杀对魔特异课的成员。电次的多位同事因此阵亡，残存的成员被整并成一课，由玛奇玛统领。在玛奇玛派部下击溃黑帮后，也追查出枪之恶魔的动向。
虽然电次倾心于玛奇玛，但在他因避雨邂逅了于咖啡店打工的蕾洁后，心意一度动摇。然而蕾洁是枪之恶魔的同伴，在蕾洁表明自己只是想获得链锯的心脏，并使用炸弹恶魔的能力逼电次就范后，双方展开激战。电次获胜后相约与她远走高飞，但蕾洁却在与电次见面前被玛奇玛拦下并遭到杀害。在与蕾洁的战斗中，电次身为链锯人的身份透过新闻开始广为人知，各国恶魔猎人纷纷出动暗杀他。
为了保护电次，公安派出了大批人马，在与杀手的激战中死伤惨重，电次则中了杀手“圣诞老人”的暗算而倒地。圣诞老人等人召唤了地狱恶魔，将激战范围内的电次等人送进地狱。面对地狱中强大无比的黑暗恶魔，许多公安和杀手都惨遭杀害。圣诞老人因为完成与黑暗恶魔的契约——将链锯恶魔的心脏带给它，因而得到了黑暗恶魔力量，企图杀死玛奇玛。玛奇玛前往地狱将还活着的电次等人拉回人间，随后让电次与圣诞老人开战。经过一番苦战，电次成功消灭了圣诞老人，之后回归普通的日常生活，并照顾在战斗中身心受创的帕瓦。
公安准备对枪之恶魔发起讨伐，然而玛奇玛却告诉电次、秋和帕瓦，枪之恶魔早已被击败，如今它被分成好几个肉片由各个国家保管。此次行动名义上是讨伐枪之恶魔，实际上是为了抢夺其他国家的肉片，也就是国与国的战争。不久，秋透过签约的未来恶魔看见了未来——自己和帕瓦都将被电次所杀。为了改变未来，秋寻求玛奇玛的帮助，并愿意付出所有与她签定契约，只求电次和帕瓦幸福。结果玛奇玛“支配”了秋的存在，使用他和其他她支配的人一起迎击美国派来先发制人的枪之恶魔。
战斗告一段落后，在玛奇玛的设计下，变成枪之魔人的秋找到了电次，在回忆停留在过去的情况下无意识地攻击电次，电次不得已只能变成链锯杀了他。秋的死让电次濒临崩溃，于是使用当初与玛奇玛的约定（杀死枪之恶魔就帮他实现愿望），让自己变成玛奇玛的“狗”，服从她的指挥，如此一来就不用感到痛苦。然而契约成立后，玛奇玛随即杀了帕瓦，并揭露电次封闭的回忆——他童年时差点被酗酒的父亲所杀，结果为了自保就杀害了父亲——来摧毁电次的心智，使他彻底服从自己。
由公安岸边发动的讨伐玛奇玛行动随即开始，玛奇玛命令电次出击，使他转换成完全的链锯恶魔型态，瞬间摧毁了对方的战力。面对岸边的质问，玛奇玛坦白了自己的立场。链锯恶魔在因为濒死而转换成波奇塔型态之前，是只要有人呼救就会出动的“地狱的英雄”（不过呼救者是恶魔的话也会被链锯杀掉），其攻击力可和地狱的恶魔匹敌，还拥有强大的再生能力，更重要的是被其所吃的恶魔将会永远被抹除。而玛奇玛是链锯恶魔的崇拜者，身为与日本政府签约的“支配恶魔”，她希望能让链锯恶魔屈服，再支配着它将苦难消灭，创造人人幸福的世界。玛奇玛唤出以前和链锯恶魔激战过的存在以及支配的人围攻链锯恶魔，链锯恶魔因为民众的声援而弱化，最后被玛奇玛打败。
帕瓦凭借著电次生前喝下她的血液复活，将电次救走，虽然电次已无生存欲望，但帕瓦立下电次将来一定要重新去找转生后的她的契约，将血液都交给电次让他复活。复活后的电次在岸边的帮助下休养，并看到电视上大家的声援而振奋精神。电次变成链锯，只身前往墓地和玛奇玛对峙。玛奇玛带着大量她支配的人，以数量优势攻击电次。电次斩杀了玛奇玛手下的大将，但身负重伤。玛奇玛意图彻底打倒他，于是让他恢复再战斗，最后徒手挖出了波奇塔的心脏，宣告自己的胜利。然而她所战胜的链锯只是波奇塔变成的，维持人类状态的电次混在玛奇玛支配的公安里头，趁着这时用帕瓦血液制成的链锯砍杀玛奇玛。电次早已察觉，玛奇玛眼里一直就只有链锯恶魔，没有电次这个“人类”的存在，所以偷袭才能得手。
战斗结束后，电次将玛奇玛的身体烹煮后吃了下去，打算将她吸收来共担罪业。岸边将没有记忆的支配恶魔本体那由多从中国带回来，为了避免再次被日本政府利用，于是交给电次照顾。在梦境中，波奇塔告诉电次，自己的愿望是被人拥抱，但因为力量太过强大而难以实现，而电次已经帮它实现了，所以它希望电次也能实现支配恶魔的愿望——与人建立对等的关系。在波奇塔的建议下，电次抱着那由多沉沉睡去。故事的最后，电次进入高中就读，并继续担任铲除恶魔的链锯人。
这世界上存在一个类似黑洞，能够夺去一切物质的-“无明领域”。
随着无明领域的发生，无数被称为“戒者”(imashime)的异形生物就会蠢蠢欲动，伺机要把人类拉进绝望的深渊。
在这个混沌的世界里，有8名少年少女被召集起来，共同调查无明领域的秘密、抵抗异形生物的入侵。
在危机之中，现在与过去的命运复杂地交错著，他们是否能够带来光明的救赎呢?
全人类只能倚靠这最后一丝希望了……
无明领域(無明領域)
10年前于东京出现、直径数十公里的黑色空间。出现的理由及科学法则皆不明。于无明领域内，不论生物及非生物皆会被“尸钢化”。此外，在无明领域的影响下，人类会出现强烈的幻觉、意识混浊及记忆出现混乱等症状，最终会丧失自我。
发生初期因无明领域的自我扩张速度较慢，避难对应的工作还能展开，因此当时东京的遇难人口比例较少。但因失踪者超过50万，大量市民前往东京都邻近附近的县市避难，导致总受影响人数超过4000万人，使东京作为首都的机能被破坏，而日本的政治以及经济活动亦受到相当大的打击。
日本、世界各国以及各个机关都曾经几度进入无明领域进行调查，但每次皆出现有调查队成员遇难的结果。现时，无明领域外围边缘地区至数公里外的范围为缓冲地带，禁止任何人进入。第零种特殊灾害认定区域。
于本作出现的“久久能树(九々ノ木)”能抑制无明领域。在久久能树范围内戒缚无法入侵，而它的果实久久果在在久久能树范围外，可以暂时抵抗戒缚入侵。
尸钢(屍鋼(シバガネ))
于无明领域内以及其影响下，因未知的力场现象使生物及非生物的构成物质改变，并变成或生成类似金属结晶的物质。
生物被感染后，感染部位及精神的感觉会变得敏锐。
戒者(イマシメ)
普遍被认为是死者留下的负面情感与无明领域反应的产物，但实际上活人的强烈情感亦能产生。
由金属结晶聚合而成，即使受到攻击也可立即修复，必须把特制的钉射入要害才能将其消灭。
骸(躯(むくろ))
被称为“无明领域”的看门人。
有传言指听到“躯”的歌声的人会于九日内死去。
实际上躯是读岛岛民为了报复想要毁了他们一族的人们而将躯复活。
神隐孩子(神隠しの子供たち)
10年前从无明领域中离开并平安生还的奇迹之子。
读岛(読島(ヨミジマ))
篠目、皆志及鸫出生地。保管躯的核心的地方，因被无明石保护而没有于地图显示位置。居于读岛的一族拥有能利用心灵感应来交谈的特殊能力，且信奉著无明石。
10年前，因皆志的姐姐美明向夏入透露了岛民能用心灵感应来交谈的事，并曾带领夏入进岛，夏入亦于岛上建立了IX的研究设施。其后夏入为证明自己的理论，率领大量IX的人强行带走大量岛民。岛民被带至IX的相关设施，被夏入用作人体实验以证明其理论。最后被带走的岛民皆因接受人体实验的关系而全部死亡，只有少部分没有被带走的岛民生存。同时夏入为消灭曾经进行非法人体实验的证据而进行烧村。其后仍生存的岛民为了向毁灭他们的人们复仇而将驱复活，并由篠目、皆志及鸫三人把驱带至东京，进行无明石祭祀后便产生了无明领域。
岛上种植了大量久久能树，在10年前被烧村后全部枯萎。
复兴支援企业体IX(復興支援企業体イクス)
以川田原市九字町为本部所构成的企业体，有众多企业参与。主要目的为复兴因无明领域而遭受沉重打击的日本的产业及经济，主要从事制造业。
Gargouille(ガルグイユ)
无名领域特别调查队的驾驶员培训组织。
Vess(ヴェス(Vess))
通用多臂重型机器，为一个半人形机器人。由IX开发并贩售于市面上。
久久能智学院已使用此机器来进行竞赛等，而在学的学生也用以作为考试用。
Gargouille 使用的调查训练机为应对戒者已经改造过设备。
MA-Vess(マヴェス(MA-Vess))
用于调查无明领域内部的极限环境作业用机体。
搭载有保护搭乘者不受无明领域各种现象影响的机能，是调查队的实战装备。虽然原因不明，但拥有可以变化为3种不同形态的变形机能。
银(アージェント(Argent))
一号机，MA-Vess的原型机。由赤司驾驶，L.I.M 中为青司。
黑貂(セーヴル(Sable))
二号机。原本由兵斗驾驶，在后期则改由真亚梦驾驶，L.I.M 中为艾米露。
赤红(ギュールズ(Gules))
三号机。由皆志驾驶，L.I.M 中为篠目。最后一集被皆志拒绝后不久改由赤司驾驶。
白金(シロガネ(Shirogane))
由青司驾驶的 MA-Vess 前原型机。