1992年，成为大学生的上原芽衣子开始在“电脑商店R”打工。电脑商店R其实也在开发、销售美少女游戏，店铺2楼即为“Alcohol Soft”的开发室。芽衣子擅长绘画，店长(“店长”)六田胜觉得她有前途，带她去2楼代替跑路的员工当副美。芽衣子对电脑没什么了解，美少女游戏更是一窍不通，但还是在其他前辈员工指导下努力完成美术工作。芽衣子获主美下田香织赏识，之后的作品也被拉去帮忙，后在香织推荐下担任原画，成为原画家。

不久，香织受《心跳回忆》《DESIRE》等触动，主张制作“不只有H，且是认真描写恋爱的游戏”，遭到店长和编剧“僵尸”(五味川清)反对，未能达成一致。香织感到今后的美少女游戏可能性巨大，决定瞒着店长，拉上僵尸做完最后的大作当礼物，之后从Alcohol Soft辞职。结果店长挥泪留住香织，引发僵尸不满。公司内出现香织的Alcohol Soft和僵尸的SPIRITS SOFT两个品牌。

香织在Alcohol Soft专心当制作人，公司招进女高中生双胞胎キキララ当新编剧。芽衣子原画的新生Alcohol Soft游戏第1作发售。作品大受欢迎，Alcohol Soft招募新人才，扩大规模。

时间来到1996年，当时美少女游戏正从PC-98(DOS)转移至Windows平台。Alcohol Soft也准备转移至Windows，程序员“守”(六田守)讨厌Windows，声言辞职，被キキララ说服留下。店长打算将作品移植至游戏机，和Diamond Studio著名制作人市谷合作，却碰上Diamond Studio倒闭，市谷跑路。出资1亿日元的Alcohol Soft逃过破产但损失巨大，游戏机移植计划也打了水漂。

芽衣子自荐出任下一作品的企划，称想要推出以Comiket为舞台、同人志为题材的游戏。香织认可芽衣子的激情，同时担心芽衣子的企划会否受大众认可。后来在僵尸的建议下，成功找到办法解决问题。美少女游戏专门杂志越来越多，特集文章全被竞争对手企业“Shooting Star”独占，店长出手反击。不久，芽衣子企划的Alcohol Soft新作《Comic Paradise》发售。

绪山真寻本来是个沉迷色情游戏的自宅警备员，某天喝了天资聪慧直接跳级上大学的妹妹绪山美波里研制的怪药后，醒来发现自己变成女儿身。从一开始的不安、抗拒，到变的越来越女性化。后来上了初中，也认识了许多新同学。她们之间会擦出怎么样的火花呢？

鸣海孝之是一位面临考试的三年级学生，每天平平凡凡地生活。他与死党平慎二及水泳部主将速濑水月一直是好友的关系。后来他认识了一直对他有好感的凉宫遥。在速濑水月穿针引线下向孝之表白成功。

同样喜欢孝之的正是他的好朋友速濑水月，她知道孝之和凉宫遥开始恋爱后变得迷失。在暑假结束的一天，当孝之正赶往与凉宫遥约会途中遇到速濑水月，她以生日的借口希望孝之买一只戒指作为生日礼物，怎知这就是恶梦的开始：当孝之来到与凉宫遥的约会地点时，看到一个已经在处理中的伤害现场以及染血的蝴蝶结，那人就是为了等待迟到的鸣海孝之而遇上车祸的凉宫遥。

三年后，孝之放弃大学深造而成为餐厅侍应，水月放弃游泳而成为OL，两人过着同居生活。一天孝之收到凉宫遥苏醒的消息，但凉宫遥的记忆还停留在三年前，孝之、水月及凉宫遥的家人欺骗凉宫遥，说她在昨天遇到车祸。孝之在这三年里仍然无法忘记凉宫遥，正面临影响三人命运的交叉点。由于电视动画版是依据游戏版水月路线的结局，2007年推出OVA版(游戏中凉宫遥结局)。

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