妖怪，精灵，众神，超自然生物，这些普通人不会感知，通常被称为“ANOTHER”。在东京23区所有的区政府中，还存在着不为人知的“夜间地区交流科”。 这是解决“超自然事件”的特殊部门。本作主人公“宫古新”是被分配到这个部门的社会新人，这样的他在新宿御苑处理入部以来第一宗事件中竟发现可以听见“ANOTHER”的对话！还被ANOTHER称之为“安倍晴明”！？

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鸣海孝之是一位面临考试的三年级学生，每天平平凡凡地生活。他与死党平慎二及水泳部主将速濑水月一直是好友的关系。后来他认识了一直对他有好感的凉宫遥。在速濑水月穿针引线下向孝之表白成功。

同样喜欢孝之的正是他的好朋友速濑水月，她知道孝之和凉宫遥开始恋爱后变得迷失。在暑假结束的一天，当孝之正赶往与凉宫遥约会途中遇到速濑水月，她以生日的借口希望孝之买一只戒指作为生日礼物，怎知这就是恶梦的开始：当孝之来到与凉宫遥的约会地点时，看到一个已经在处理中的伤害现场以及染血的蝴蝶结，那人就是为了等待迟到的鸣海孝之而遇上车祸的凉宫遥。

三年后，孝之放弃大学深造而成为餐厅侍应，水月放弃游泳而成为OL，两人过着同居生活。一天孝之收到凉宫遥苏醒的消息，但凉宫遥的记忆还停留在三年前，孝之、水月及凉宫遥的家人欺骗凉宫遥，说她在昨天遇到车祸。孝之在这三年里仍然无法忘记凉宫遥，正面临影响三人命运的交叉点。由于电视动画版是依据游戏版水月路线的结局，2007年推出OVA版(游戏中凉宫遥结局)。

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1973年外星生物BETA入侵地球后，明斯克巢穴的BETA自1983年开始向欧洲入侵。由于1978年由欧洲联军所发动的巴莱奥罗格斯作战失败，隔年波兰遭到沦陷后，东德成为抵御BETA的前线并且陷入困境。东德国家人民军最强的陆军第666战术机中队“黒之宣告”(Schwarzesmarken)的队员提奥多尔和中队长爱丽丝蒂娜在战场上解救凯蒂亚之后开始展开的欧洲战场故事。