“它们就在你的身边”——在新科技发展的近未来，社交网络上流传着被称为“全息幽灵”(Hologram Ghost)的真假不明的怪奇现象的传闻。初中一年级学生天之河宙，因为启动了父亲失踪后留下的被称为“生命手环 数码器-V-”(Vital Bracelet Digivice-V-)的神秘设备，开始能看到大家看不见的未知生物——“数码兽”。

从与父亲所托付的顽皮数码兽“伽马兽”相遇的那天开始，宙就被卷入了各种怪奇现象中。盗取人类时间的“缝口男”，或是在夜晚徘徊并掳走人类的“木乃伊男”……全息幽灵，就在大家身边伺机而动。由此开始，便是无人知晓的世界背后的故事。宙、伽马兽和伙伴们一起，踏入了生存着数码兽们的不可思议的世界中。

故事的舞台设定在一所寄宿制学校为了特殊目的设定的特殊班级“黑组”中，班上的成员全部都是名义上的归国转学生，但是她们实际上都是接受某项暗杀特定同班同学任务的杀手，来源背景也各不相同。

为争夺杀死万能许愿娘一之濑晴而战的杀手少女们治愈人心的故事。

故事的主角东 兔角(兔爷)是由另一所杀手学校培育的顶尖杀手，她也是接受学校的负责人的命令来到黑组准备暗杀事项的，但是在看到预定目标一之濑晴之后改变了想法，决定以一之濑晴的保护者身份站在舞台上。本身战斗力惊人，原在学校中唯一通过测试的人(有愧死结构,无法杀人)。虽然看起来像是男孩子，但是人家是女孩子，而且胸部是B。

另一位主角一之濑晴则有谜一样的背景，总是笑着的少女，总是据消息她的父母兄弟姐妹朋友全部因为她而死去了。本人也经历过非常多的谋杀之后活了下来，全身布满伤痕。

这样的一之濑晴依然发誓要从黑组活下来顺利毕业。虽然一开始就知道其他同学都是来暗杀她的，仍然在开学之初送给每人一个手工手机挂坠，希望能够与大家好好相处这样就不会有人再因为自己死去了。

19世纪末，阿尔比昂王国控制一种名为“Cavorite”的物质而成为世界强国。但因为贫富悬殊问题，导致基层市民爆发革命，爆发后不久，首都伦敦被巨大的墙壁断开以致东西分隔。

而在伦敦内，有五位少女就读于一所传统与礼仪的名门学校·梅菲尔女王学校。她们伪装成一般的女高中生，并在这个城市内展开间谍活动。

少女们活用各自的能力，在影之世界来回飞奔。

在东西分裂的伦敦所展开的，少女们的谍战动作剧!“我们是什么?”“间谍。是满口谎言的生物”